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- PDB-4ug1: GpsB N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ug1
タイトルGpsB N-terminal domain
要素CELL CYCLE PROTEIN GPSB
キーワードCELL CYCLE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / BACTERIAL CELL DIVISION / BACTERIAL GROWTH REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION / Cell cycle protein GpsB / Cell cycle protein GpsB
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rismondo, J. / Cleverley, R.M. / Lane, H.V. / Grohennig, S. / Steglich, A. / Muller, L. / Krishna Mannala, G. / Hain, T. / Lewis, R.J. / Halbedel, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Bacterial Cell Division Determinant Gpsb and its Interaction with Penicillin Binding Proteins.
著者: Rismondo, J. / Cleverley, R.M. / Lane, H.V. / Grosshennig, S. / Steglich, A. / Moller, L. / Mannala, G.K. / Hain, T. / Lewis, R.J. / Halbedel, S.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
B: CELL CYCLE PROTEIN GPSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8536
ポリマ－17,5872
非ポリマー2664
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-45.1 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.186, 39.186, 164.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1071-

IMD

21A-1072-

IMD

31A-2056-

HOH

41B-2052-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CELL CYCLE PROTEIN GPSB / GUIDING PBP1-SHUTTLING PROTEIN / GPSB


分子量: 8793.698 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-73 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: EGD-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T2KYI1, UniProt: Q8Y614*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES 0.1M IMIDAZOLE 10% PEG 20K 20% PEG 550 MME 0.02M ALCOHOL MIX (AS PER MOLECULAR DIMESIONS MORPHEUS SCREEN), PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.85 Å / Num. obs: 20420 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 19.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WUJ

2wuj


解像度: 1.6→19.593 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 1992 9.8 %
Rwork0.1743 --
obs0.1783 20339 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1146 0 16 189 1351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061183
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8881593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.113434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.64010.23771390.18291297X-RAY DIFFRACTION100
1.6401-1.68440.24481360.18211265X-RAY DIFFRACTION100
1.6844-1.73390.20331410.18761286X-RAY DIFFRACTION100
1.7339-1.78990.22931440.1871301X-RAY DIFFRACTION100
1.7899-1.85380.21921370.18981275X-RAY DIFFRACTION100
1.8538-1.92790.22351390.18811265X-RAY DIFFRACTION100
1.9279-2.01560.22771410.17531283X-RAY DIFFRACTION100
2.0156-2.12180.21771420.18651313X-RAY DIFFRACTION100
2.1218-2.25450.20661380.17221305X-RAY DIFFRACTION100
2.2545-2.42830.24311430.17981314X-RAY DIFFRACTION100
2.4283-2.67210.22481420.17621301X-RAY DIFFRACTION100
2.6721-3.05750.25781440.18651337X-RAY DIFFRACTION100
3.0575-3.84740.20041480.16441350X-RAY DIFFRACTION100
3.8474-19.59450.18261580.16081455X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6236-1.58724.22430.5161-1.43913.8374-0.0489-0.3408-0.13120.00330.0962-0.029-0.0129-0.0581-0.03450.14520.02910.00540.27670.04130.1908-12.254413.762612.1375
24.2-2.22363.72272.7518-2.83084.9183-0.1927-0.28660.12840.19130.19980.112-0.3467-0.27510.00610.1540.0140.03840.1262-0.02040.1407-0.77317.292711.7972
33.1307-2.49782.45428.5176-6.28047.41870.02390.23110.2988-0.1378-0.2016-0.249-0.08580.15750.19340.07060.00460.00340.15080.0120.16164.504217.04531.827
47.0154-1.22256.3755.486-4.31818.87920.2023-0.2656-0.24840.2637-0.0039-0.22810.45020.6104-0.18280.1380.0269-0.03780.24990.01410.164514.54523.36223.7853
53.1245-3.12363.4694.6389-3.91134.19160.2932-0.0852-0.306-0.41740.09690.4450.4156-0.0685-0.39620.1101-0.0064-0.03510.1830.02620.2001-7.578314.26233.0805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 17 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 18 THROUGH 28 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 71 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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