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- PDB-4ufr: Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-2 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ufr
タイトルStructure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-2 (Fu1Fu2)
要素
  • LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5
  • R-SPONDIN-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / WNT / LGR / RSPO
機能・相同性
機能・相同性情報


trachea cartilage morphogenesis / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / oocyte differentiation / lung growth / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / Regulation of FZD by ubiquitination / dopaminergic neuron differentiation / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis ...trachea cartilage morphogenesis / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / oocyte differentiation / lung growth / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / Regulation of FZD by ubiquitination / dopaminergic neuron differentiation / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / bone mineralization / inner ear development / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor activity / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / regulation of cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Glycoprotein hormone receptor family / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain ...Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Glycoprotein hormone receptor family / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 / R-spondin-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zebisch, M. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of R-Spondin 2 in Complex with the Ectodomains of its Receptors Lgr5 and Znrf3.
著者: Zebisch, M. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Structure summary
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32015年9月23日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5
B: R-SPONDIN-2
C: LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5
D: R-SPONDIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,65412
ポリマ－135,9984
非ポリマー6558
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-74.7 kcal/mol
Surface area49030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.148, 59.777, 112.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 5 / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 49 / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 6 7 / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR HG38 / LGR5


分子量: 54052.348 Da / 分子数: 2 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 32-487 AND RESIDUES 538-544 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UNSTRUCTURED LOOP REPLACED WITH SHORT LINKER, A488-H537 TO NGNNGD
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O75473
#2: タンパク質 R-SPONDIN-2 / CYSTEINE-RICH AND SINGLE THROMBOSPONDIN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / CRISTIN-2 / MCRISTIN-2 / ROOF ...CYSTEINE-RICH AND SINGLE THROMBOSPONDIN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / CRISTIN-2 / MCRISTIN-2 / ROOF PLATE-SPECIFIC SPONDIN-2 / RSPO2


分子量: 13946.869 Da / 分子数: 2 / 断片: FU1-FU2, RESIDUES 39-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BFU0
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 25 %W/V PEG3350, 0.200 M LITHIUM SULPHATE, 0.100 M BIS-TRIS PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.009
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→69 Å / Num. obs: 62167 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→110.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 23.344 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26172 1184 1.9 %RANDOM
Rwork0.20805 ---
obs0.20909 60900 90.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å20.71 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→110.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8722 0 34 150 8906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.97312200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.847319507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.48951117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.8724.141396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.511151498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.661549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8693.0794480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8683.0784479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9374.6115590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4363.3184497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 50 -
Rwork0.362 2902 -
obs--59.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3197-0.74823.07380.66150.19954.55960.183-0.0497-0.6914-0.1047-0.01430.09990.7463-0.1314-0.16880.3914-0.00630.05630.06940.00810.116717.065-15.681819.9634
21.54540.21170.37563.32860.84792.4839-0.0154-0.0960.00440.02220.0931-0.47330.06290.287-0.07770.2310.06790.03260.0936-0.00360.074135.76961.648534.418
31.7083-1.13-1.66933.5521.63954.98920.0459-0.07320.24650.11350.0078-0.4782-0.34870.3426-0.05370.4017-0.0542-0.01620.0594-0.01670.121726.047431.758854.421
42.7159-3.1743-0.74663.99832.0788.0626-0.134-0.1704-0.32050.2576-0.05830.5994-0.1951-1.47870.19230.62160.04120.2090.3162-0.05660.47595.376735.258666.9096
57.3357-1.1795-0.11876.2619-1.38128.7004-0.0228-0.009-0.4278-0.13870.00121.37820.2455-0.93980.02160.46460.071-0.04490.3651-0.13810.379310.18-3.676439.7267
65.78311.38610.574810.9324-5.608111.9458-0.47290.81881.5264-0.7387-0.05090.1498-0.9896-0.82180.52380.51980.1642-0.11210.46630.07320.498921.525611.219920.042
78.6115-0.6118-0.60641.33370.42222.89210.00770.07380.9316-0.11580.10560.215-0.6409-0.2711-0.11330.3584-0.02580.06210.07420.02420.1838-5.148257.672899.7174
81.867-1.5735-1.48913.78471.41522.0288-0.0596-0.24930.22810.29340.2767-0.5168-0.04680.4174-0.21710.2778-0.11070.05590.1298-0.0810.107818.279239.667498.3443
91.1185-0.1157-0.75942.93191.85175.17750.1002-0.059-0.17860.26110.015-0.17990.35340.3808-0.11520.2989-0.0050.06880.0369-0.01310.096220.12189.616676.0356
104.73040.8986-2.23670.60960.92079.69860.1770.5586-0.191-0.1927-0.0990.22070.4153-1.3481-0.0780.6395-0.024-0.24760.2237-0.0760.46558.70916.14954.5563
118.07811.23252.41827.60040.43979.9979-0.05480.50990.1981-0.79470.00190.8163-0.0312-0.75650.05290.3218-0.05840.05320.2594-0.08080.1887-0.556245.437580.3934
128.9433.4268-3.300111.9907-6.459212.12230.0018-0.6288-1.50760.5230.26780.3790.8055-1.1687-0.26960.4729-0.13070.0290.42080.05360.4693-0.862430.4999102.7827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2A130 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3A292 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4A438 - 544
5X-RAY DIFFRACTION5B40 - 95
6X-RAY DIFFRACTION6B96 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 129
8X-RAY DIFFRACTION8C130 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9C292 - 437
10X-RAY DIFFRACTION10C438 - 544
11X-RAY DIFFRACTION11D40 - 95
12X-RAY DIFFRACTION12D96 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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