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- PDB-4uf3: Deerpox virus DPV022 in complex with Bim BH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uf3
タイトルDeerpox virus DPV022 in complex with Bim BH3
要素
  • Antiapoptotic membrane protein
  • Bcl-2-like protein 11
キーワードVIRAL PROTEIN / DPV022 / DEERPOX VIRUS / APOPTOSIS / BCL-2 / BIM BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / meiosis I / mammary gland development / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / tube formation / cellular response to glucocorticoid stimulus / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NRAGE signals death through JNK / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / thymocyte apoptotic process / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / B cell homeostasis / host cell membrane / host cell mitochondrion / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / FLT3 Signaling / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / cell-matrix adhesion / kidney development / post-embryonic development / positive regulation of protein-containing complex assembly / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / microtubule binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Antiapoptotic membrane protein / Apoptosis regulator DPV022
類似検索 - 構成要素
生物種Deerpox virus
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Burton, D.R. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2015
タイトル: Structural basis of Deerpox virus-mediated inhibition of apoptosis.
著者: Denis R Burton / Sofia Caria / Bevan Marshall / Michele Barry / Marc Kvansakul /
要旨: Apoptosis is a key innate defence mechanism to eliminate virally infected cells. To counteract premature host-cell apoptosis, poxviruses have evolved numerous molecular strategies, including the use ...Apoptosis is a key innate defence mechanism to eliminate virally infected cells. To counteract premature host-cell apoptosis, poxviruses have evolved numerous molecular strategies, including the use of Bcl-2 proteins, to ensure their own survival. Here, it is reported that the Deerpox virus inhibitor of apoptosis, DPV022, only engages a highly restricted set of death-inducing Bcl-2 proteins, including Bim, Bax and Bak, with modest affinities. Structural analysis reveals that DPV022 adopts a Bcl-2 fold with a dimeric domain-swapped topology and binds pro-death Bcl-2 proteins via two conserved ligand-binding grooves found on opposite sides of the dimer. Structures of DPV022 bound to Bim, Bak and Bax BH3 domains reveal that a partial obstruction of the binding groove is likely to be responsible for the modest affinities of DPV022 for BH3 domains. These findings reveal that domain-swapped dimeric Bcl-2 folds are not unusual and may be found more widely in viruses. Furthermore, the modest affinities of DPV022 for pro-death Bcl-2 proteins suggest that two distinct classes of anti-apoptotic viral Bcl-2 proteins exist: those that are monomeric and tightly bind a range of death-inducing Bcl-2 proteins, and others such as DPV022 that are dimeric and only bind a very limited number of death-inducing Bcl-2 proteins with modest affinities.
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32021年6月30日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.plasmid_name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antiapoptotic membrane protein
B: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9082
ポリマ－22,9082
非ポリマー00
水1267
1
A: Antiapoptotic membrane protein
B: Bcl-2-like protein 11

A: Antiapoptotic membrane protein
B: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8164
ポリマ－45,8164
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area9110 Å2
ΔGint-69.7 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.389, 94.389, 45.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Antiapoptotic membrane protein / DPV022


分子量: 19633.271 Da / 分子数: 1 / 断片: BCL-2, UNP RESIDUES 1-155 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deerpox virus (strain W-1170-84) (ウイルス)
株: W-1170-84 / 遺伝子: DpV84gp022 / プラスミド: pDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08FF8, UniProt: Q08FX8*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3274.691 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3, UNP RESIDUES 141-166 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細STRUCTURE FROM CONSTRUCT RESIDUES 1-155

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 % / 解説: IODINE DERIVATIVE
結晶化pH: 5.5
詳細: 17% PEG 8000, 0.2M MES PH 5.5, 0.2M AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95370, 1.5498
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: SILICON MIRRORS (ADAPTIVE AND U-BENT)
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (SI111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21.54981
反射解像度: 2.7→94.39 Å / Num. obs: 6039 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 65.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→19.99 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES FROM 1 AND 2 AND FROM 138 TO 155 ARE MISSING IN DPV022. IN BIM,THE RESIDUES 50 AND 55 AS WELL AS 74-76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 273 4.6 %
Rwork0.2051 --
obs0.2059 5980 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1271 0 0 7 1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5671731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.347493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7004-3.39950.34991280.25322780X-RAY DIFFRACTION100
3.3995-19.99040.19381450.19052927X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19420.6479-0.18525.26443.21832.9959-0.38550.18170.1259-0.53820.20950.42090.05370.10910.35870.66880.0442-0.11420.8037-0.05030.39874.49913.241819.8123
26.25062.79031.55166.82142.03277.45430.1397-0.22780.8820.4430.1958-0.153-0.60460.9269-0.37670.6635-0.13180.05050.7538-0.08840.500389.053527.83874.7412
36.36321.8678-1.62775.1342-4.47693.8040.0966-1.08781.09070.78830.3098-0.0666-0.39680.115-0.4620.6841-0.07870.03510.5481-0.2090.581984.532627.33319.3474
43.4885-2.68961.65424.16730.7122.92420.01791.25711.13870.0067-0.6907-0.1777-0.0553-0.63330.61871.0567-0.04260.14010.72860.02550.649984.430225.0992-6.5493
52.7041-0.17051.22533.3683-3.69064.4318-0.59511.58051.8084-0.43630.6493-0.2362-1.64672.48720.36931.026-0.1709-0.15791.4591-0.06881.238197.17732.8979-0.5536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 31 THROUGH 87 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 88 THROUGH 117 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 56 THROUGH 73 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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