[日本語] English
万見
- PDB-4ueo: Open state of galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase from E. coli... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ueo
タイトルOpen state of galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase from E. coli, with zinc in the catalytic site.
要素GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase / galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase activity / galactitol catabolic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactitol 1-phosphate 5-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Kohring, G.W. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / de las Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Enantioselective Oxidation of Galactitol 1-Phosphate by Galactitol-1-Phosphate 5-Dehydrogenase from Escherichia Coli
著者: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Kohring, G.W. / Cortes-Cabrera, A. / Sanchez-Murcia, P.A. / Gago, F. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE
B: GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1877
ポリマ－74,8602
非ポリマー3275
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-97.5 kcal/mol
Surface area27860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.306, 76.906, 108.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE


分子量: 37430.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0A9S3, galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.28245
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28245 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.23 Å / Num. obs: 47058 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A2C

4a2c


解像度: 2→44.235 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 2376 5.1 %
Rwork0.1943 --
obs0.1975 46912 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5254 0 5 276 5535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4097278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6081952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04080.3821310.30892580X-RAY DIFFRACTION95
2.0408-2.08520.32191230.27992558X-RAY DIFFRACTION96
2.0852-2.13370.3311260.25452597X-RAY DIFFRACTION96
2.1337-2.18710.27191590.23722576X-RAY DIFFRACTION97
2.1871-2.24620.41061200.30652485X-RAY DIFFRACTION93
2.2462-2.31230.2851230.22422615X-RAY DIFFRACTION97
2.3123-2.38690.26811370.21462616X-RAY DIFFRACTION97
2.3869-2.47220.2951370.21722600X-RAY DIFFRACTION97
2.4722-2.57120.27961580.20772602X-RAY DIFFRACTION98
2.5712-2.68820.28851220.20232647X-RAY DIFFRACTION98
2.6882-2.82990.24671430.20372629X-RAY DIFFRACTION98
2.8299-3.00720.251460.20532617X-RAY DIFFRACTION99
3.0072-3.23930.25871550.19692630X-RAY DIFFRACTION98
3.2393-3.56510.2441570.18062661X-RAY DIFFRACTION99
3.5651-4.08070.22031500.16812648X-RAY DIFFRACTION99
4.0807-5.140.22391560.14942703X-RAY DIFFRACTION100
5.14-44.24530.24181330.18492772X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.81260.9339-0.42966.23963.48574.97190.1094-0.3009-0.14-0.05340.2146-1.0658-0.06620.6096-0.2640.39790.03420.04480.3615-0.00570.442425.379-6.5505-4.3446
20.6034-0.2934-1.52372.91671.56573.9004-0.0790.0662-0.2502-0.1752-0.1179-0.04950.11350.03740.17460.21610.0284-0.02560.2632-0.01830.240512.8306-4.16355.3014
30.96520.7463-0.96822.4325-0.38293.43660.1499-0.1477-0.0510.2099-0.2502-0.0071-0.24820.24260.08750.2105-0.01090.02440.26560.00350.248512.77314.756720.6682
46.7526-1.4750.65546.4077-0.52721.529-0.12730.4265-1.0947-0.08040.4998-1.93760.0721.1778-0.47230.6651-0.12830.27430.5655-0.27521.310431.80596.36013.0294
51.4023-2.274-1.8614.88642.24963.4792-0.6668-0.74230.32381.33690.9612-0.72510.55850.7464-0.19180.72570.095-0.02160.5506-0.15490.5101-4.2622-10.248662.6043
63.4303-4.0187-2.55466.58060.29415.548-0.2864-0.55220.16730.7209-0.0522-0.27240.17720.65330.36380.4637-0.02990.07010.4017-0.00140.3864-9.3019-7.617356.878
72.40710.0191-3.51334.5822-2.31267.62140.0583-0.06560.03990.4161-0.0643-0.1235-0.35990.1190.00330.2975-0.03220.05180.3275-0.05590.3158-7.9683-7.66247.2457
81.58130.1466-1.38261.9878-0.9392.6209-0.1506-0.1769-0.21910.0774-0.1791-0.06550.29870.18380.30910.3422-0.00350.09260.26880.01770.28654.6355-20.63433.9741
91.43740.25062.38073.86622.54635.1425-0.4226-0.8287-0.16171.99170.9355-0.83350.51841.5594-0.27341.10690.3921-0.06080.8543-0.06620.54672.0467-22.899960.3453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 79 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 80 THROUGH 183 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 322 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 323 THROUGH 346 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 46 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 47 THROUGH 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 80 THROUGH 155 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 156 THROUGH 322 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 323 THROUGH 346 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る