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- PDB-4udu: Crystal structure of staphylococcal enterotoxin E in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udu
タイトルCrystal structure of staphylococcal enterotoxin E in complex with a T cell receptor
要素
  • ENTEROTOXIN TYPE E
  • PROTEIN TRBV7-9, T-CELL RECEPTOR BETA-2 CHAIN C REGION
  • T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN, T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / SUPERANTIGEN / T CELL RECEPTOR / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / immune system process / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / immune system process / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / toxin activity / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...: / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 22 / V_segment translation product / T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant / Enterotoxin type E
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rodstrom, K.E.J. / Regenthal, P. / Lindkvist-Petersson, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structure of Staphylococcal Enterotoxin E in Complex with Tcr Defines the Role of Tcr Loop Positioning in Superantigen Recognition.
著者: Rodstrom, K.E.J. / Regenthal, P. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN, T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION
B: PROTEIN TRBV7-9, T-CELL RECEPTOR BETA-2 CHAIN C REGION
C: ENTEROTOXIN TYPE E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4966
ポリマ－77,3853
非ポリマー1113
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-66.3 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.134, 78.544, 180.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN, T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION


分子量: 22812.125 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAIN TRAV22, RESIDUES 1-112, CONSTANT DOMAIN TRAC1, RESIDUES 2-95
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 遺伝子: TRAC, TCRA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P01848, UniProt: A0A0B4J277*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN TRBV7-9, T-CELL RECEPTOR BETA-2 CHAIN C REGION / V_SEGMENT TRANSLATION PRODUCT


分子量: 27765.832 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAIN TRBV7-9, RESIDUES 20-115, CONSTANT DOMAIN TRBC2, RESIDUES 1-129
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 遺伝子: TCRBV6S4A1, TRBV7-9, TRBC2, TCRBC2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A0A5A3, UniProt: A0A5B9
#3: タンパク質 ENTEROTOXIN TYPE E / SEE


分子量: 26806.947 Da / 分子数: 1 / 断片: OB DOMAIN AND BETA GRASP DOMAIN, RESIDUES 25-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ENTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): UL 635 / 参照: UniProt: P12993

-
非ポリマー , 3種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE STRUCTURE CONTAINS EXTRACELLULAR TCR ALPHA VARIABLE AND CONSTANT DOMAINS. DATABASE REFERENCE IS ...THE STRUCTURE CONTAINS EXTRACELLULAR TCR ALPHA VARIABLE AND CONSTANT DOMAINS. DATABASE REFERENCE IS ONLY AVAILABLE FOR THE CONSTANT DOMAIN. ENGINEERED DISULPHIDE BOND BETWEEN THE TRAC AND TRBC DOMAINS. THE STRUCTURE CONTAINS EXTRACELLULAR TCR BETA VARIABLE AND CONSTANT DOMAINS. DATABASE REFERENCE IS ONLY AVAILABLE FOR THE CONSTANT DOMAIN. ENGINEERED DISULPHIDE BOND BETWEEN THE TRAC AND TRBC DOMAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 9 / 詳細: 15% W/V PEG 20000, 0.1 M GLYCINE PH 9.0, 0.1 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97628
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月6日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.81 Å / Num. obs: 31731 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 66.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SUPERANTIGEN FROM PDB ENTRY 1ESF AND TCR FROM PDB ENTRY 4UDT

1esf

4udt


解像度: 2.5→32.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8942 / SU R Cruickshank DPI: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.399 / SU Rfree Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.255
詳細: REFMAC 5.7, CNS 1.3, BUSTER 2. DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 1567 5.04 %RANDOM
Rwork0.2463 ---
obs0.2467 31093 97.43 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.4077 Å20 Å20 Å2
2--1.094 Å20 Å2
3---14.3137 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.521 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4862 0 3 50 4915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074981HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.946785HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1609SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes744HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4981HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion662SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5081SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3596 131 5.26 %
Rwork0.3107 2359 -
all0.3132 2490 -
obs--97.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76841.43812.66573.14422.14282.9714-0.004-0.1358-0.1381-0.1151-0.06130.10030.19580.13780.0653-0.1027-0.08650.10210.1757-0.0065-0.1433-33.28191.7824-12.9176
22.37241.59771.51191.9180.88140.94580.034-0.1375-0.13670.0884-0.03930.12030.09050.11190.0053-0.04820.03490.1335-0.0696-0.0539-0.0711-27.339810.2004-28.7462
32.68690.3527-0.71162.4664-0.3072.8188-0.0090.05910.3586-0.0707-0.0938-0.0133-0.30770.12470.1028-0.06880.0751-0.0168-0.13030.0569-0.10914.104539.9656-22.6509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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