PDB-4ud4: Structural Plasticity of Cid1 Provides a Basis for its RNA Termin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ud4

タイトル

Structural Plasticity of Cid1 Provides a Basis for its RNA Terminal Uridylyl Transferase Activity

要素

POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

キーワード

TRANSFERASE / URIDYLYLTRANSFERASE ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

polyuridylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / UTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Yates, L.A. / Durrant, B.P. / Fleurdepine, S. / Harlos, K. / Norbury, C.J. / Gilbert, R.J.C.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural plasticity of Cid1 provides a basis for its distributive RNA terminal uridylyl transferase activity.
著者: Yates, L.A. / Durrant, B.P. / Fleurdepine, S. / Harlos, K. / Norbury, C.J. / Gilbert, R.J.

履歴

登録	2014年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ud4.cif.gz	278.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ud4.ent.gz	226.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ud4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ud4_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ud4_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	4ud4_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	4ud4_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/4ud4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/4ud4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ud5C 4e7xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fhv-d 4fh5-d 4e80-4 4e8f-1 4fhy-d 4e8f-2 4fhw-d 2pn1-d 4gps-d 4ep7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

B: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

ヘテロ分子

83.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.960, 62.290, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)	76.34, 81.08, 63.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	POLY(A) RNA POLYMERASE PROTEIN CID1 / CAFFEINE-INDUCED DEATH PROTEIN 1 / CAFFEINE-INDUCED DEATH SUPPRESSOR 1 URIDYLYLTRANSFERASE 分子量: 41663.445 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) プラスミド: PGEX-6P-TCID1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 参照: UniProt: O13833, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 20MM HEPES, 200MM NACL, 0.5MM TCEP, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→45.9 Å / Num. obs: 79749 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E7X

4e7x

解像度: 1.74→45.903 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	3999	5 %
R_work	0.1721	-	-
obs	0.1736	79738	96.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→45.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5171	0	12	366	5549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	7187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.708	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	913

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.7605	0.3394	134	0.2803	2611	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7605-1.782	0.373	141	0.2697	2616	X-RAY DIFFRACTION	96
1.782-1.8045	0.2903	118	0.2525	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8045-1.8283	0.2752	140	0.246	2642	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8283-1.8533	0.2554	150	0.2383	2586	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8533-1.8798	0.2732	143	0.2278	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8798-1.9078	0.2619	142	0.2289	2555	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9078-1.9377	0.2783	137	0.2224	2626	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9377-1.9694	0.2389	133	0.2015	2635	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9694-2.0034	0.2238	124	0.2001	2608	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0034-2.0398	0.2449	141	0.1939	2648	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0398-2.079	0.2282	143	0.1885	2609	X-RAY DIFFRACTION	96
2.079-2.1215	0.2261	142	0.1805	2591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1215-2.1676	0.2096	126	0.1805	2638	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1676-2.218	0.2214	144	0.1808	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
2.218-2.2735	0.2251	137	0.1726	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2735-2.335	0.2188	132	0.1732	2653	X-RAY DIFFRACTION	97
2.335-2.4037	0.2134	139	0.1784	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4037-2.4813	0.2278	146	0.1885	2629	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4813-2.5699	0.2237	130	0.1806	2682	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5699-2.6728	0.2084	127	0.1824	2614	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6728-2.7944	0.2132	147	0.1793	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7944-2.9418	0.2178	135	0.1791	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9418-3.126	0.2245	154	0.1842	2613	X-RAY DIFFRACTION	97
3.126-3.3673	0.2092	130	0.1822	2568	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3673-3.7061	0.1838	128	0.1624	2589	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7061-4.242	0.155	151	0.1423	2570	X-RAY DIFFRACTION	95
4.242-5.3432	0.1647	147	0.1444	2552	X-RAY DIFFRACTION	94
5.3432-45.919	0.1935	138	0.1542	2489	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8581	3.014	0.4894	3.3181	-0.394	2.4247	-0.0235	0.0246	-0.6924	-0.3643	-0.2982	-0.672	0.1884	0.5617	0.2699	0.3701	0.0926	0.0865	0.3315	0.0967	0.3452	28.1528	-13.9299	-28.0141
2	4.9525	-1.152	-1.9957	1.6778	0.5326	7.8878	0.2264	-0.4918	0.0297	0.234	0.1189	-0.1216	-0.6138	0.4777	-0.2115	0.4158	-0.0857	-0.0156	0.622	0.1577	0.4178	42.629	2.3885	-32.0445
3	2.7877	0.2274	-0.3111	0.8918	-0.1665	1.7635	0.0787	0.2119	-0.0036	-0.2963	-0.1237	-0.2044	-0.1116	0.2131	0.1084	0.3759	0.0292	0.0426	0.2758	0.0202	0.2714	20.659	-5.1089	-27.6321
4	3.1581	0.7134	-0.3108	3.3772	0.017	2.8427	0.1762	-0.3833	0.1698	0.157	-0.0965	-0.0339	-0.3323	0.0339	-0.06	0.2715	0.0133	0.0486	0.2806	-0.0528	0.1955	11.5949	-0.3943	-15.9239
5	1.7445	-0.321	-0.8641	2.3148	-1.1298	1.7351	0.0803	0.5627	0.4664	-0.6689	-0.0041	0.0068	-0.5733	-0.0414	-0.0384	0.4891	0.1041	0.0676	0.3326	0.0322	0.3287	11.1481	5.2033	-30.7536
6	0.7788	-1.5932	1.1238	5.8336	-1.4074	1.9556	-0.1862	0.9329	-0.3465	-0.9948	-0.0191	0.5784	0.288	-0.4556	0.2087	0.6139	0.0028	-0.1309	0.5687	-0.1075	0.4855	2.1265	-15.6986	-38.4075
7	6.2157	-0.907	3.5895	2.5187	-1.4553	5.792	-0.0079	-0.3502	0.402	0.3966	-0.2207	-0.2439	-0.5992	0.2744	0.2794	0.3568	-0.0774	0.0132	0.3018	0.0231	0.2588	49.7685	33.6315	6.8732
8	4.9594	-1.0647	-1.0405	3.989	-1.14	6.4703	0.057	-0.5155	-0.2299	0.349	-0.3239	-0.4139	-0.2844	0.7718	0.1903	0.3356	-0.0953	-0.0781	0.5413	0.1446	0.3902	57.844	21.8644	17.5469
9	2.2634	0.1935	-0.9936	1.4606	-0.3869	2.5084	-0.0443	-0.0178	-0.2085	-0.0853	-0.0891	-0.1951	0.0693	0.1396	0.1204	0.1765	0.0046	0.0059	0.1973	0.016	0.2568	50.6858	21.3552	-6.5043
10	3.3052	-0.5236	-0.6513	3.5898	-0.9569	2.5572	-0.1151	-0.2137	-0.5356	0.1279	0.0277	0.2681	0.2517	-0.1731	0.0704	0.3016	-0.0386	0.0331	0.298	0.0095	0.3232	40.058	15.302	0.438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 40 THROUGH 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 147 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 148 THROUGH 224 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 225 THROUGH 304 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 305 THROUGH 361 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 362 THROUGH 379 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 41 THROUGH 101 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 102 THROUGH 158 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 159 THROUGH 304 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 305 THROUGH 380 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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