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- PDB-4ud1: Structure of the N Terminal domain of the MERS CoV nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ud1
タイトルStructure of the N Terminal domain of the MERS CoV nucleocapsid
要素N PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / AMMONIUM ION / N protein
類似検索 - 構成要素
生物種MIDDLE EAST RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Papageorgiou, N. / Lichiere, J. / Ferron, F. / Canard, B. / Coutard, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / : 2016
タイトル: Structural characterization of the N-terminal part of the MERS-CoV nucleocapsid by X-ray diffraction and small-angle X-ray scattering.
著者: Nicolas Papageorgiou / Julie Lichière / Amal Baklouti / François Ferron / Marion Sévajol / Bruno Canard / Bruno Coutard /
要旨: The N protein of coronaviruses is a multifunctional protein that is organized into several domains. The N-terminal part is composed of an intrinsically disordered region (IDR) followed by a ...The N protein of coronaviruses is a multifunctional protein that is organized into several domains. The N-terminal part is composed of an intrinsically disordered region (IDR) followed by a structured domain called the N-terminal domain (NTD). In this study, the structure determination of the N-terminal region of the MERS-CoV N protein via X-ray diffraction measurements is reported at a resolution of 2.4 Å. Since the first 30 amino acids were not resolved by X-ray diffraction, the structural study was completed by a SAXS experiment to propose a structural model including the IDR. This model presents the N-terminal region of the MERS-CoV as a monomer that displays structural features in common with other coronavirus NTDs.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Data collection
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32016年3月2日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N PROTEIN
B: N PROTEIN
C: N PROTEIN
D: N PROTEIN
E: N PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,53014
ポリマ-89,0445
非ポリマー4879
91951
1
A: N PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8272
ポリマ-17,8091
非ポリマー181
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9884
ポリマ-17,8091
非ポリマー1793
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: N PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9884
ポリマ-17,8091
非ポリマー1793
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: N PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9012
ポリマ-17,8091
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: N PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8272
ポリマ-17,8091
非ポリマー181
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.648, 67.021, 60.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
N PROTEIN / NUCLEOCAPSID


分子量: 17808.729 Da / 分子数: 5 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (NTD), RESIDUES 1-164 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MIDDLE EAST RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS (ウイルス)
プラスミド: PMCOX20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS (NEW ENGLAND BIOLABS) / 参照: UniProt: T2B9R0
#2: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : H4N
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: NAACETATE 0.1M, AMS04 2M, pH 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→48.26 Å / Num. obs: 32509 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 55.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.23
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
PHENIXデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BXX
解像度: 2.48→48.26 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 3291 6 %
Rwork0.2281 --
obs0.2308 29457 94.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4839 0 32 51 4922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8566905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3661792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.51550.43741320.38992139X-RAY DIFFRACTION93
2.5155-2.5530.40811400.37252160X-RAY DIFFRACTION93
2.553-2.59290.43061260.35362121X-RAY DIFFRACTION93
2.5929-2.63540.39641330.36832150X-RAY DIFFRACTION94
2.6354-2.68080.36221280.35522153X-RAY DIFFRACTION92
2.6808-2.72960.45541270.37552088X-RAY DIFFRACTION93
2.7296-2.78210.39721330.35792193X-RAY DIFFRACTION94
2.7821-2.83890.34661370.34522111X-RAY DIFFRACTION93
2.8389-2.90060.36571460.3262171X-RAY DIFFRACTION93
2.9006-2.9680.38971340.32872051X-RAY DIFFRACTION92
2.968-3.04230.28011290.29182127X-RAY DIFFRACTION91
3.0423-3.12450.30361260.28062021X-RAY DIFFRACTION90
3.1245-3.21640.35911500.27272173X-RAY DIFFRACTION92
3.2164-3.32020.33241310.26672040X-RAY DIFFRACTION92
3.3202-3.43880.32721410.25132206X-RAY DIFFRACTION96
3.4388-3.57650.2711410.23042230X-RAY DIFFRACTION97
3.5765-3.73920.27841390.20432218X-RAY DIFFRACTION97
3.7392-3.93630.21611550.18992266X-RAY DIFFRACTION97
3.9363-4.18280.22121460.18092199X-RAY DIFFRACTION98
4.1828-4.50550.23871460.17262233X-RAY DIFFRACTION98
4.5055-4.95850.21891330.16832204X-RAY DIFFRACTION96
4.9585-5.6750.17771450.17422213X-RAY DIFFRACTION96
5.675-7.14620.23151280.18562168X-RAY DIFFRACTION95
7.1462-48.26920.26631450.21372284X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12620.5040.38661.33570.00240.3397-0.0312-1.57750.6796-0.1799-0.7884-0.8140.129-1.991-0.11980.62560.17710.00640.7234-0.34690.804652.919-56.432266.5057
21.69980.12970.94061.7761-0.26810.64-0.096-0.20990.0820.13710.1483-0.167-0.0545-0.332600.45810.0301-0.06470.51430.10520.473944.1943-28.727567.1995
3-0.2475-0.19520.1737-0.022-0.81130.2813-0.116-0.1761-0.13110.08960.2527-0.17260.1597-0.20370.00050.57770.0113-0.09880.42450.03020.492350.6533-38.061176.246
42.0827-1.2504-0.01641.92360.75732.9763-0.10370.09060.37030.19940.1096-0.01660.2595-0.11590.00030.3469-0.0104-0.03010.3720.03010.373543.231-32.833565.8092
50.1715-0.0562-0.08530.30130.56090.1772-1.0449-1.13280.79340.94690.3280.11170.5563-0.35780.00230.8507-0.06540.05260.746-0.21770.903255.8567-19.912691.0555
62.9958-0.7755-0.42931.8394-0.39720.67450.1626-0.06190.4594-0.0059-0.04980.247-0.0769-0.279400.4364-0.0335-0.0210.30920.00630.447526.6648-18.950491.4947
7-0.18150.02270.96110.171-0.2880.27560.5386-0.0227-0.04531.1513-0.5379-0.06331.13220.5687-0.05580.5777-0.1025-0.12620.5586-0.00440.395438.0164-17.1795100.0934
80.1766-0.049-0.1965-0.00270.02190.15490.2694-0.90080.1350.5614-0.9383-0.47230.90640.0334-0.00520.7273-0.1775-0.05110.95680.14740.638442.2032-9.7026111.314
92.50130.2081-0.29162.9994-0.69442.17310.0005-0.26990.0287-0.0696-0.15440.0418-0.0322-0.02850.00030.38040.039-0.0210.2567-0.03220.359130.7558-20.788390.7223
100.077-0.08140.07120.1025-0.0890.2538-0.01890.6812-0.2983-0.3897-0.19040.1215-0.87250.5323-0.00140.64730.0147-0.03810.90050.07960.72-2.5667-33.760778.9035
110.8187-0.07010.30990.00390.46660.49320.02050.1943-0.13620.0230.08080.017-0.3790.11540.00020.5532-0.10640.06120.4920.03220.49520.4865-51.207479.2709
120.64670.60430.3952-0.7612-0.32790.185-0.265-0.1090.0576-0.00020.06210.0556-0.1638-0.27840.00020.5220.00090.09250.5116-0.01620.429211.1498-45.496586.1628
132.94990.4657-0.11830.76751.19651.6446-0.14610.1849-0.1770.1118-0.0687-0.1241-0.2073-0.0874-0.00040.3909-0.08410.01160.426-0.02210.409119.2499-48.837978.1273
144.70841.4503-2.17791.04030.78415.08671.5075-1.47780.0118-1.36660.73870.622-1.05610.87490.37180.91240.39250.07220.21740.2691.024836.8092-56.9024100.0002
15-00.04440.03920.09040.02630.01630.1852-0.6922-0.23921.4441-0.0207-0.6612-0.47060.8667-0.00031.19710.1294-0.04841.0349-0.05930.620440.9311-51.5923117.606
161.6650.37380.17041.40741.18931.05350.11710.0131-0.00890.21170.0131-0.2562-0.15450.085-0.00010.42190.10710.02620.35530.0610.462238.6468-46.289101.682
170.6567-0.68430.2960.76350.8370.0543-0.0535-0.1979-0.00250.1986-0.19180.18890.0719-0.1957-0.00020.4730.01880.08250.4545-0.00230.422231.2855-48.7052106.0301
180.90781.0568-0.85631.7424-2.35813.92160.92520.4496-0.57870.1077-0.8857-0.0247-0.8866-0.0353-0.12630.320.07780.10520.37-0.05770.582934.1517-40.913494.4009
19-0.132-0.21550.27270.4922-0.50810.1576-0.14840.8659-0.6453-0.02630.4051-0.62470.59020.6036-0.00030.75310.1684-0.03380.5538-0.02810.930838.2341-59.471496.3437
200.5507-0.2931-0.42870.29220.47560.8595-0.2649-0.41980.27551.21360.1879-0.81010.03890.80560.01040.72920.1223-0.17450.55650.12750.844446.815-48.6973110.2399
210.2001-0.0731-0.17060.0686-0.04480.11820.40520.79460.49770.04470.72340.0656-0.5201-0.25810.00230.6276-0.02010.0420.8669-0.1230.7339.978-23.9101112.0334
220.3595-0.0204-0.0751.86020.94491.5226-0.0941-1.03430.54521.66630.68370.52491.41331.24811.12071.06010.28910.28281.394-0.24370.67199.8439-30.3642129.5667
230.1131-0.5896-0.07151.1190.33680.49730.18990.0111-0.0607-0.1634-0.01660.24450.4499-0.0615-0.00010.4077-0.00740.0070.7395-0.05620.479514.5177-35.4895112.1601
240.9953-0.5324-0.30170.19180.07810.8363-0.2629-0.0132-0.08710.4873-0.1991-0.2416-0.30690.188-0.00030.514-0.008-0.02940.6206-0.04440.460719.3793-26.1483118.0076
250.521-0.58460.47190.4462-0.71371.00080.1698-0.0340.0780.2298-0.2579-0.15470.3077-0.4697-0.00070.3467-0.0441-0.02890.6399-0.02510.486321.201-34.3802111.2797
260.3694-0.6324-0.69110.35430.39520.4220.18550.60660.1023-0.1648-0.10410.4604-0.0434-0.5119-0.00110.44450.0765-0.02860.84770.00950.71867.3493-22.802108.3205
270.2915-0.00140.0150.3485-0.56430.7259-0.5949-1.0627-0.49570.51441.04641.09920.2992-0.08920.04560.55160.0580.12880.7921-0.07070.70526.8568-36.2621122.3184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 31 THROUGH 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 41 THROUGH 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 75 THROUGH 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 103 THROUGH 163 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 31 THROUGH 40 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 41 THROUGH 74 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 75 THROUGH 87 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 88 THROUGH 95 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 96 THROUGH 163 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESID 31 THROUGH 40 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 41 THROUGH 74 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 75 THROUGH 112 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 113 THROUGH 163 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN D AND (RESID 40 THROUGH 46 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND (RESID 47 THROUGH 54 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESID 55 THROUGH 81 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 82 THROUGH 124 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 125 THROUGH 134 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 135 THROUGH 149 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 150 THROUGH 163 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESID 40 THROUGH 46 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESID 47 THROUGH 54 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESID 55 THROUGH 78 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND (RESID 80 THROUGH 118 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND (RESID 119 THROUGH 134 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESID 135 THROUGH 149 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESID 150 THROUGH 163 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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