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万見
- PDB-4ucr: Fragment bound to H.influenza NAD dependent DNA ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ucr
タイトルFragment bound to H.influenza NAD dependent DNA ligase
要素DNA LIGASE
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold ...DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IWH / 8-hydroxy-2-methylquinoline-6-carboxamide / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hale, M. / Brassington, C. / Carcanague, D. / Embrey, K. / Eyermann, C.J. / Giacobbe, R.A. / Gingipali, L. / Gowravaram, M. / Harang, J. / Howard, T. ...Hale, M. / Brassington, C. / Carcanague, D. / Embrey, K. / Eyermann, C.J. / Giacobbe, R.A. / Gingipali, L. / Gowravaram, M. / Harang, J. / Howard, T. / Ioannidis, G. / Jahic, H. / Kutschke, A. / Laganas, V.A. / Loch, J. / Miller, M.D. / Murphy-Benenato, K.E. / Oguto, H. / Otterbein, L. / Patel, S.J. / Shapiro, A.B. / Boriack-Sjodin, P.A.
引用ジャーナル: Tetrahedron Lett. / 年: 2015
タイトル: From Fragments to Leads: Novel Bacterial Nad+-Dependent DNA Ligase Inhibitors
著者: Hale, M. / Brassington, C. / Carcanague, D. / Embrey, K. / Eyermann, C.J. / Giacobbe, R.A. / Gingipali, L. / Gowravaram, M. / Harang, J. / Howard, T. / Ioannidis, G. / Jahic, H. / Kutschke, A. ...著者: Hale, M. / Brassington, C. / Carcanague, D. / Embrey, K. / Eyermann, C.J. / Giacobbe, R.A. / Gingipali, L. / Gowravaram, M. / Harang, J. / Howard, T. / Ioannidis, G. / Jahic, H. / Kutschke, A. / Laganas, V.A. / Loch, J. / Miller, M.D. / Murphy-Benenato, K.E. / Oguto, H. / Otterbein, L. / Patel, S.J. / Shapiro, A.B. / Boriack-Sjodin, P.A.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9723
ポリマ－36,5131
非ポリマー4592
水4,900272
1
A: DNA LIGASE
ヘテロ分子

A: DNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9446
ポリマ－73,0272
非ポリマー9174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area7270 Å2
ΔGint-29.3 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.660, 137.660, 56.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2152-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA LIGASE / POLYDEOXYRIBONUCLEOTIDE SYNTHASE NAD(+) / NAD DEPENDENT DNA LIGASE


分子量: 36513.344 Da / 分子数: 1 / 断片: ADENYLATION DOMAIN UNP RESIDUES 1-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P43813, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-IWH / 1-(2,4-dimethylbenzyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide


分子量: 256.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O2
#3: 化合物 ChemComp-JCF / 8-hydroxy-2-methylquinoline-6-carboxamide


分子量: 202.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.09 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→38 Å / Num. obs: 28808 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 18.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→38.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8121 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.748 / SU R Cruickshank DPI: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.206
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3013 1440 5 %RANDOM
Rwork0.2508 ---
obs0.2533 28808 96.41 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.211 Å20 Å20 Å2
2---8.211 Å20 Å2
3---16.4221 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.352 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 34 272 2816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.989313HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1134SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes780HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5157HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion340SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5320SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3918 117 4.76 %
Rwork0.3708 2342 -
all0.3719 2459 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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