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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uce | ||||||
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タイトル | N-terminal globular domain of the RSV Nucleoprotein in complex with the Nucleoprotein Phosphoprotein interaction inhibitor M72 | ||||||
要素 | NUCLEOPROTEIN核タンパク質 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / NUCLEOCAPSID (カプシド) / PHOSPHOPROTEIN / ANTIVIRAL COMPOUNDS / HALOGEN BOND (ハロゲン結合) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Respiratory syncytial virus genome replication / Respiratory syncytial virus genome transcription / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / helical viral capsid ...Respiratory syncytial virus genome replication / Respiratory syncytial virus genome transcription / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / Evasion by RSV of host interferon responses / PKR-mediated signaling / カプシド / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A2 (RSウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Ouizougun-Oubari, M. / Pereira, N. / Tarus, B. / Galloux, M. / Tortorici, M.-A. / Hoos, S. / Baron, B. / England, P. / Bontems, F. / Rey, F.A. ...Ouizougun-Oubari, M. / Pereira, N. / Tarus, B. / Galloux, M. / Tortorici, M.-A. / Hoos, S. / Baron, B. / England, P. / Bontems, F. / Rey, F.A. / Eleouet, J.-F. / Sizun, C. / Slama-Schwok, A. / Duquerroy, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015 タイトル: A Druggable Pocket at the Nucleocapsid/Phosphoprotein Interaction Site of the Human Respiratory Syncytial Virus. 著者: Ouizougun-Oubari, M. / Pereira, N. / Tarus, B. / Galloux, M. / Lassoued, S. / Fix, J. / Tortorici, M.A. / Hoos, S. / Baron, B. / England, P. / Desmaele, D. / Couvreur, P. / Bontems, F. / Rey, ...著者: Ouizougun-Oubari, M. / Pereira, N. / Tarus, B. / Galloux, M. / Lassoued, S. / Fix, J. / Tortorici, M.A. / Hoos, S. / Baron, B. / England, P. / Desmaele, D. / Couvreur, P. / Bontems, F. / Rey, F.A. / Eleouet, J.F. / Sizun, C. / Slama-Schwok, A. / Duquerroy, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uce.cif.gz | 188.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uce.ent.gz | 151.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/4uce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/4uce | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26266.316 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 31-252 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A2 (RSウイルス) プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03418 #2: 化合物 | ChemComp-MZS / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL MGS- AND C-TERMINAL -LEHHHHHH AMINO ACIDS COMES FROM CLONING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93223 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93223 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→40 Å / Num. obs: 8454 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 52.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3.1 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 61.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WJ8 解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8704 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.479
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原子変位パラメータ | Biso mean: 72.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.3 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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