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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2giu
タイトルHuman estrogen receptor beta ligand-binding domain in complex with compound 45
要素Estrogen receptor beta
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / ER-BETA / AGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FBR / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID-BODY REFINEMENT / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: The discovery of tetrahydrofluorenones as a new class of estrogen receptor beta-subtype selective ligands.
著者: Wilkening, R.R. / Ratcliffe, R.W. / Tynebor, E.C. / Wildonger, K.J. / Fried, A.K. / Hammond, M.L. / Mosley, R.T. / Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N. / McKeever, B.M. / Nilsson, S. / Carlquist, ...著者: Wilkening, R.R. / Ratcliffe, R.W. / Tynebor, E.C. / Wildonger, K.J. / Fried, A.K. / Hammond, M.L. / Mosley, R.T. / Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N. / McKeever, B.M. / Nilsson, S. / Carlquist, M. / Thorsell, A. / Locco, L. / Katz, R. / Frisch, K. / Birzin, E.T. / Wilkinson, H.A. / Mitra, S. / Cai, S. / Hayes, E.C. / Schaeffer, J.M. / Rohrer, S.P.
履歴
登録2006年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5582
ポリマ－27,2221
非ポリマー3351
水1,06359
1
A: Estrogen receptor beta
ヘテロ分子

A: Estrogen receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1154
ポリマ－54,4452
非ポリマー6702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)64.530, 64.530, 251.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

HOH

21A-1020-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta


分子量: 27222.299 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN (Residues 260-500) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92731
#2: 化合物 ChemComp-FBR / (9aS)-4-bromo-9a-butyl-7-hydroxy-1,2,9,9a-tetrahydro-3H-fluoren-3-one


分子量: 335.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19BrO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Precipitant 1.8 M NaCl, 6% PEG 6000, 3% isopropanol, 50 mM Tris buffer pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.2→99.9 Å / Num. obs: 14390 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 28.51
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 64.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
SHELXL精密化
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: RIGID-BODY REFINEMENT
開始モデル: ER-BETA+GENIESTEIN

解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 702 5 %random
Rwork0.227 ---
obs0.227 13267 97.3 %-
all-13267 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 20 59 1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.271
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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