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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uc5 | ||||||
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タイトル | Neisseria Meningitidis DAH7PS-Phenylalanine regulated | ||||||
![]() | PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DAHPS SHIKIMATE PATHWAY PHENYLALANINE TYPE 1A | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heyes, L.C. / Lang, E.J.M. / Parker, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Calculated Pka Variations Expose Dynamic Allosteric Communication Networks. 著者: Lang, E.J. / Heyes, L.C. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 525.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 434 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4hsnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 38712.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 343分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PHE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PHE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-PHE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.3 詳細: 0.1 M TRIS HCL (PH 7.3), 0.2 M TRIMETHYL-AMINO-N-OXIDE (TMAO), 600UM MNSO4 AND 15-20% (W/V) PEG 2000MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→47.82 Å / Num. obs: 79522 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4HSN 解像度: 2.19→74.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 16.258 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.584 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→74.74 Å
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拘束条件 |
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