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- PDB-4ubw: Apo structure of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ubw
タイトルApo structure of the 3-ketoacyl-CoA thiolase FadA5 from M. tuberculosis
要素Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
キーワードTRANSFERASE / degradative thiolase / apo / Mycobacterium tuberculosis / cholesterol metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / cholesterol catabolic process / fatty acid beta-oxidation / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schaefer, C.M. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 米国, 8件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB630 ドイツ
German Research FoundationFZ82 ドイツ
National Institutes of HealthAI092455 米国
National Institutes of HealthAI085349 米国
National Institutes of HealthAI065251 米国
National Institutes of HealthHL53306 米国
National Institutes of HealthRR021008 米国
NSFBIO1039771 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: FadA5 a Thiolase from Mycobacterium tuberculosis: A Steroid-Binding Pocket Reveals the Potential for Drug Development against Tuberculosis.
著者: Schaefer, C.M. / Lu, R. / Nesbitt, N.M. / Schiebel, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_audit_support / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
B: Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,33636
ポリマ－84,6932
非ポリマー2,64234
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.250, 128.250, 114.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 / Probable acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 (Acetoacetyl-CoA thiolase)


分子量: 42346.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: apo structure of FadA5 / 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv / 遺伝子: fadA5, Rv3546, P425_03688, RVBD_3546 / プラスミド: pSD31
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I6XHI4

-
非ポリマー , 5種, 195分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 0.1 M Mes pH 6.1, 5% DMSO, 1.8 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→52.02 Å / Num. obs: 25129 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ubv

4ubv


解像度: 2.7→51.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 23.376 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24808 1264 5 %RANDOM
Rwork0.17112 ---
obs0.17508 23813 93.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---3.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→51.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5724 0 142 161 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196085
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.968238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4145812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48223.435262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.47715987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6271560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8363.0493156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0344.5663955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2053.4752928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.44825.7429661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 106 -
Rwork0.246 1601 -
obs--88.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7019-0.04490.1040.2311-0.11141.2870.0786-0.07570.0364-0.0116-0.09060.03690.0809-0.10030.01210.0238-0.0085-0.02390.0827-0.04020.0818-12.196436.2156-3.0468
20.8540.00620.2960.21290.36271.27750.14210.1520.03260.0246-0.0621-0.03190.06150.1107-0.08010.04460.027-0.01920.1093-0.01110.066310.740333.3376-26.1319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 391
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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