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万見
- PDB-4uaj: Crystal structure of NqrF in hexagonal space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uaj
タイトルCrystal structure of NqrF in hexagonal space group
要素Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
キーワードOXIDOREDUCTASE / Vibrio cholerae / sodium translocation / NQR
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7019 Å
データ登録者Fritz, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the V. cholerae Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Steuber, J. / Vohl, G. / Casutt, M.S. / Vorburger, T. / Diederichs, K. / Fritz, G.
履歴
登録2014年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3104
ポリマ－32,3331
非ポリマー9783
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.220, 145.220, 90.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F


分子量: 32332.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 129-408 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: nqrF, VC0395_A1879, VC395_2406 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌)
参照: UniProt: A5F5Y4, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: Hexagonal crystals
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES NaOH pH 6.6, 2.2 M (NH4)2SO4, 0.6% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.534 Å / Num. obs: 15815 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 52.41 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rrim(I) all: 0.232 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 18.05 / Num. measured all: 375456
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.7-2.80.5861.4272.636085160815431.45996
2.8-2.90.7331.2523.1133818139013891.27899.9
2.9-30.881.0163.9429379120712081.038100
3-3.40.9560.6836.0986444356035600.698100
3.4-3.60.9880.3711.7729657123312330.378100
3.6-40.9970.2218.8843505181218120.225100
4-50.9990.1133.3356837240624060.113100
5-60.9990.134.9625115107710770.102100
6-1010.06148.8627330121312130.062100
1010.03266.6172863803740.03298.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U9U

4u9u


解像度: 2.7019→47.534 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 790 5 %Random selection
Rwork0.1892 ---
obs0.1914 15810 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7019→47.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 63 50 2358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5163233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.287873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004417
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7019-2.87120.31711270.2922412X-RAY DIFFRACTION99
2.8712-3.09280.32421290.25272458X-RAY DIFFRACTION100
3.0928-3.4040.26881300.21522474X-RAY DIFFRACTION100
3.404-3.89640.21521310.17572482X-RAY DIFFRACTION100
3.8964-4.90820.20071330.14692517X-RAY DIFFRACTION100
4.9082-47.54170.2121400.18052677X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20210.31030.24946.43280.51840.6428-0.0399-0.02830.3493-0.4744-0.16840.3858-0.7241-0.4650.27660.99780.0836-0.06750.3271-0.07890.479370.7921-5.9727-7.3116
24.4302-1.05430.90045.1892-0.85072.64470.13680.06830.569-0.5436-0.202-0.6066-0.50910.24450.18830.7141-0.01680.08830.2613-0.05840.438683.3245-11.3721-9.9276
36.3335-0.51250.63746.3126-0.97295.14510.0467-0.4663-0.3287-0.2533-0.0507-1.05070.71170.5197-0.03190.5740.0539-0.02720.3254-0.0110.458187.8795-20.3756-5.0178
42.38381.14-0.2574.3962-0.24812.32680.0278-0.04280.3469-0.4274-0.03580.3531-0.4142-0.2357-0.00980.66670.1046-0.06210.2688-0.06830.351768.9612-14.7449-9.6436
54.66491.09480.4978.4599-0.53417.56690.3823-0.27870.46950.388-0.39270.4918-0.1383-0.34710.06490.4028-0.0020.00970.311-0.03620.320960.2209-21.1766-0.4581
66.9604-1.32311.31528.0876-0.95855.97880.322-0.715-0.40840.5759-0.24610.49290.0694-0.3991-0.01710.5148-0.08830.03930.3606-0.0030.352562.6449-26.24885.7651
76.63363.18880.31296.45370.54825.8012-0.05440.0149-0.3018-0.9756-0.08960.92250.7497-0.61050.1590.649-0.0755-0.15260.387-0.06270.524256.8459-33.3859-8.9232
83.92366.1445-0.49719.6271-0.86132.094-0.96181.019-0.7192-1.44121.2957-0.00780.1963-0.6284-0.35660.9012-0.2071-0.21670.6509-0.00380.648558.7207-26.5596-17.113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 129 through 166 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 207 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 208 through 296 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 297 through 319 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 320 through 354 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 355 through 394 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 395 through 408 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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