PDB-4uaf: Importin alpha 1 delta IBB in complex with Influenza PB2 nuclear ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uaf

タイトル

Importin alpha 1 delta IBB in complex with Influenza PB2 nuclear localization domain

要素

Importin subunit alpha-1
Polymerase basic protein 2

キーワード

PROTEIN BINDING / importin karyopherin complex NLS

機能・相同性

機能・相同性情報

Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.698 Å

データ登録者

Pumroy, R.A. / Cingolani, G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM074846	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100888	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular Determinants for Nuclear Import of Influenza A PB2 by Importin alpha Isoforms 3 and 7.
著者: Pumroy, R.A. / Ke, S. / Hart, D.J. / Zachariae, U. / Cingolani, G.

履歴

登録	2014年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uaf.cif.gz	216.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uaf.ent.gz	170.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uaf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uadC 4uaeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kuy-d 4uae-d 3t59-4 3s94-1 6hg3-1 4uad-d 5ajd-6 4dg7-3 4ift-d 3s94-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (11) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Importin subunit alpha-1

E: Polymerase basic protein 2

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.131, 90.188, 100.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha 分子量: 50461.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 9339.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Victoria/3/1975 H3N2 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P31345
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.49 M Na phosphate monobasic 0.91 M K phosphate dibasic pH 6.9 PH範囲: 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→15 Å / Num. obs: 76101 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 48.5

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.698→14.963 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1927	3722	2.62 %	random selection
R_work	0.1646	-	-	-
obs	0.1654	141898	94.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.698→14.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3791	0	10	470	4271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	5279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.872	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6977-1.7192	0.2705	130	0.2674	4883	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7192-1.7418	0.2987	140	0.2656	5067	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7418-1.7656	0.26	137	0.2541	5126	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7656-1.7908	0.2582	136	0.2458	5049	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7908-1.8174	0.2434	137	0.2408	5075	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8174-1.8458	0.2609	142	0.2369	5144	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8458-1.876	0.2739	139	0.2251	5122	X-RAY DIFFRACTION	94
1.876-1.9083	0.2724	135	0.214	5058	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9083-1.9429	0.2192	140	0.2015	5152	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9429-1.9802	0.2265	135	0.182	5185	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9802-2.0205	0.2298	132	0.1772	5169	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0205-2.0644	0.1936	141	0.1632	5132	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0644-2.1122	0.1725	140	0.1577	5239	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1122-2.1649	0.1695	147	0.1543	5234	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1649-2.2233	0.1839	136	0.149	5237	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2233-2.2885	0.1578	142	0.1438	5209	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2885-2.3621	0.1662	141	0.1464	5245	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3621-2.4461	0.2034	145	0.1508	5270	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4461-2.5436	0.1815	146	0.148	5274	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5436-2.6588	0.1883	145	0.1592	5351	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6588-2.7981	0.1849	143	0.1497	5243	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7981-2.9721	0.1948	143	0.1605	5303	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9721-3.1995	0.1765	139	0.16	5266	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1995-3.5177	0.2076	140	0.1569	5208	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5177-4.0181	0.1655	137	0.1398	5056	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0181-5.0302	0.1891	121	0.143	4772	X-RAY DIFFRACTION	88
5.0302-14.9636	0.1701	113	0.1952	4107	X-RAY DIFFRACTION	76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8092	-0.3612	0.05	2.4282	0.4584	0.5863	0.0392	0.0097	-0.0121	0.0506	0.0247	0.0312	0.0628	-0.0588	-0.0752	0.1314	-0.0135	-0.0076	0.157	-0.0058	0.1238	4.4574	5.9144	-15.7731
2	1.9573	-0.2631	-0.9395	1.4909	0.558	1.7011	0.01	-0.444	0.179	0.1646	0.0544	-0.1191	-0.0029	0.235	-0.0106	0.1768	0.0038	0.0034	0.2725	-0.0745	0.2647	-6.1224	36.5134	13.8173
3	6.1473	0.5018	0.9203	2.1335	-0.4374	6.9576	-0.4586	-0.8655	0.6857	0.0868	0.0602	-0.2834	-0.1678	0.0227	0.3937	0.2475	0.0148	0.0044	0.4188	-0.142	0.5725	13.5965	38.4255	19.3614
4	5.1648	5.2336	4.8007	5.3109	4.864	4.4442	-0.0746	0.5336	-0.2323	0.111	0.0486	-0.7189	0.0909	0.1129	0.1483	0.5669	-0.1271	0.0288	0.6543	-0.0296	0.7331	14.5411	39.2672	10.1662
5	4.5403	0.3968	-0.867	3.4828	-5.3607	8.2807	-0.0309	-0.9222	0.5619	0.4826	-0.0501	-0.439	-0.7425	0.244	0.064	0.2914	0.064	-0.0326	0.5164	-0.2389	0.5568	14.4574	40.1082	20.5176
6	5.2269	4.7803	3.5267	4.4069	3.4461	4.4768	-0.0682	0.179	-1.5039	0.3799	-0.1469	-0.609	1.5285	0.098	0.0563	0.6645	0.0499	0.1969	0.4396	-0.1728	0.7067	0.793	25.8556	7.6167
7	5.2808	-1.5407	0.6266	6.133	-0.6923	2.28	0.1838	-0.7045	0.7537	0.746	-0.2427	0.9472	-0.2102	-0.6859	0.184	0.2376	-0.0254	0.0816	0.3072	-0.0423	0.2763	-2.9393	6.0423	-8.341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 72 through 278 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 279 through 496 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 687 through 709 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 710 through 720 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 721 through 736 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 737 through 747 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 748 through 758 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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