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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u9z | ||||||
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タイトル | Structure of the alpha-tubulin acetyltransferase alpha-TAT1/Mec-17 in complex with CoA | ||||||
![]() | Alpha-tubulin N-acetyltransferase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GNAT superfamily fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-tubulin N-acetyltransferase / tubulin N-acetyltransferase activity / alpha-tubulin acetylation / microtubule bundle / Cilium Assembly / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / NLRP3 inflammasome complex assembly / dentate gyrus development / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly ...alpha-tubulin N-acetyltransferase / tubulin N-acetyltransferase activity / alpha-tubulin acetylation / microtubule bundle / Cilium Assembly / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / NLRP3 inflammasome complex assembly / dentate gyrus development / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / response to pain / cilium assembly / neuron development / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to mechanical stimulus / clathrin-coated pit / mitotic spindle / microtubule cytoskeleton organization / spermatogenesis / microtubule / axon / focal adhesion / Golgi apparatus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yuzawa, S. / Sumimoto, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of alpha-TAT1/Mec-17 in complex with CoA 著者: Yuzawa, S. / Kamakura, S. / Sumimoto, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 753.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 754.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3vwdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22933.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Tris, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17372 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.042 / Net I/av σ(I): 12.121 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 63548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VWD 解像度: 1.802→31.976 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.01 Å2 / Biso mean: 25.1548 Å2 / Biso min: 8.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.802→31.976 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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