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- PDB-4u9u: Crystal structure of NqrF FAD-binding domain from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9u
タイトルCrystal structure of NqrF FAD-binding domain from Vibrio cholerae
要素Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
キーワードOXIDOREDUCTASE / sodium translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Fritz, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the V. cholerae Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Steuber, J. / Vohl, G. / Casutt, M.S. / Vorburger, T. / Diederichs, K. / Fritz, G.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,81610
ポリマ－64,0322
非ポリマー1,7848
水9,080504
1
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9085
ポリマ－32,0161
非ポリマー8924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9085
ポリマ－32,0161
非ポリマー8924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.430, 89.070, 90.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F


分子量: 32016.178 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 130-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nqrF, VC_2290 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X4Q8, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体

-
非ポリマー , 5種, 512分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 35% PEG4000, 0.1M citric acid NaOH, pH5, 0.2M magnesium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0, 1.07152, 1.07208, 1.0628
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年4月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.071521
31.072081
41.06281
Reflection数: 268967 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.13 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 50061 / % possible obs: 75.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
104561310.028
610221310.037
46673010.044
341309710.072
2.531522310.186
2.32.5639310.366
2.22.3308910.463
2.12.2270310.626
反射解像度: 1.55→45 Å / Num. obs: 86120 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.3 % / Biso Wilson estimate: 26.64 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 16.51 / Num. measured all: 1925204
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.55-1.650.4962.9870.9625453614686144533.07698.4
1.65-1.70.7831.8681.98145538604459841.90799
1.7-1.80.8921.2313.3224118510261101751.25799.2
1.8-1.90.9670.6946.28194160821881550.70999.2
1.9-20.9890.39510.74161691666666360.40399.5
2-30.9980.13824.6966774028402283490.14199.8
3-40.9990.07442.42150859703770360.076100
4-50.9990.0645.6553225254625440.06199.9
5-60.9990.05645.6923931114311410.05799.8
6-100.9990.05344.4925243127212700.05499.8
10-450.9990.05343.9270963873770.05497.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→40 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 4301 4.99 %
Rwork0.1618 81810 -
obs0.1635 86111 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.98 Å2 / Biso mean: 32.7921 Å2 / Biso min: 14.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 118 504 5098
Biso mean--24.97 42.42 -
残基数----557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4196569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0461787
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56760.41241470.46272670281798
1.5676-1.5860.45691460.39412621276798
1.586-1.60540.37611420.38842691283399
1.6054-1.62570.30341350.30872675281099
1.6257-1.64710.32981380.30632692283098
1.6471-1.66970.32551270.28562689281699
1.6697-1.69350.28431320.26112700283299
1.6935-1.71880.24681350.24372702283799
1.7188-1.74560.29441540.22542687284199
1.7456-1.77430.25331490.22572675282499
1.7743-1.80490.25041430.18812690283399
1.8049-1.83770.21461440.18842720286499
1.8377-1.8730.21981400.18672675281599
1.873-1.91130.22341420.19262696283899
1.9113-1.95280.23531450.18842748289399
1.9528-1.99820.22021420.192693283599
1.9982-2.04820.20081450.172727432888100
2.0482-2.10360.20941410.1612716285799
2.1036-2.16550.20051440.155827142858100
2.1655-2.23540.16591430.155327312874100
2.2354-2.31530.21291440.155727382882100
2.3153-2.40790.20471450.166227492894100
2.4079-2.51750.19591440.170327402884100
2.5175-2.65020.23211460.166227552901100
2.6502-2.81620.17031460.17527662912100
2.8162-3.03360.21261450.16927682913100
3.0336-3.33870.19781460.154127902936100
3.3387-3.82150.16281470.131627882935100
3.8215-4.81340.14961490.112528312980100
4.8134-39.97030.16881550.136129573112100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91660.2761-0.15240.25530.31090.45210.01980.2985-0.1621-0.0974-0.0171-0.0974-0.0943-0.06770.00190.23070.00760.01640.2681-0.03340.201622.195139.429612.2186
20.2197-0.3205-0.00460.4354-0.07770.0860.26880.1610.1155-0.0615-0.16460.0373-0.133-0.038-00.25050.01410.02730.2625-0.00930.203822.695249.841113.289
30.89840.48620.05061.65870.12450.24220.06390.099-0.18330.119-0.06880.10090.01970.0432-0.02340.1997-0.00090.02360.1878-0.03970.215116.142733.28719.3911
40.6457-0.091-0.54720.828-0.36820.42090.13010.0640.01410.1447-0.06670.0188-0.1064-0.0490.01030.2286-0.00570.02860.1781-0.03190.160423.245445.017318.8635
51.1495-0.47940.63850.5845-0.20670.69140.050.2403-0.31530.02330.0141-0.1088-0.06190.27450.01670.1957-0.0142-0.00480.2564-0.04210.28137.96835.004625.0537
60.60940.2036-0.3630.6476-0.3290.7692-0.108-0.3588-0.00450.32910.03190.0124-0.2164-0.0459-00.3618-0.021-0.03340.3603-0.01160.22535.136841.493238.6014
71.0933-0.1870.4450.75480.31360.24430.14560.0919-0.1443-0.2159-0.0906-0.11640.17520.1666-00.29210.0133-0.0190.19670.01710.224533.928626.1368-21.5521
80.33070.0372-0.17970.37090.29670.58950.1095-0.0389-0.1536-0.0473-0.02060.0220.2388-0.21860.1070.2551-0.0846-0.0850.23920.08150.258321.905922.6772-16.0101
91.31870.40370.8091.12640.24361.04240.2726-0.2855-0.1790.09070.00330.01260.3125-0.33950.43120.2479-0.0842-0.07850.28160.11550.235224.995624.617-10.7807
101.0940.44160.37140.27060.13541.29120.1548-0.03940.0237-0.0372-0.05120.01750.052-0.14020.01230.213-0.0089-0.00120.20060.03910.21528.289831.3148-15.2081
110.15-0.08150.18330.19890.18240.74820.11870.0676-0.0121-0.0210.0052-0.06110.00540.0788-00.1907-0.00780.02250.18180.00830.206544.76738.5706-11.431
120.09520.00790.20650.2614-0.12770.28080.1139-0.0938-0.39340.0829-0.0428-0.15880.29430.094300.23020.0065-0.02460.25770.04910.284943.034628.4315-3.7125
130.9206-0.40880.36640.17760.35211.32740.1402-0.37210.02140.13360.0388-0.0306-0.08220.19060.01470.2236-0.01340.00720.260.02450.222343.074838.59563.7778
140.0904-0.1961-0.15760.2840.37560.5470.0698-0.0578-0.01-0.23380.0899-0.2083-0.2831-0.21820.05980.27650.02810.06730.1911-0.00830.240636.490548.583-4.2592
150.5889-0.411-0.91240.69410.79051.55490.13130.32590.3407-0.5387-0.40380.4932-1.1094-1.0944-0.15210.57110.11390.02330.04990.09950.283134.606149.8246-10.4512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 130 through 153 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 154 through 174 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 243 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 244 through 275 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 276 through 354 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 355 through 408 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 166 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 167 through 185 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 186 through 222 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 223 through 275 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 276 through 311 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 312 through 329 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 330 through 369 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 370 through 394 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 395 through 407 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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