PDB-4u96: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u96

タイトル

Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB

要素

DARPin
Multidrug efflux pump subunit AcrB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / DARPin / multidrug efflux protein

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Pos, K.M.

引用

ジャーナル: elife / 年: 2014
タイトル: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB
著者: Eicher, T. / Seeger, M.A. / Anselmi, C. / Zhou, W. / Brandstaetter, L. / Verrey, F. / Diederichs, K. / Faraldo-Gomez, J.D. / Pos, K.M.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u96.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u96.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u96_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u96_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4u96_validation.xml.gz	139.9 KB	表示
CIF形式データ	4u96_validation.cif.gz	205.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u8vC 4u8yC 4u95C 4dx5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j8s-d 4u8v-d 4dx5-d 4u8y-d 3noc-d 6sgt-d 4u95-d 3nog-d 4dx6-d 5nc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Multidrug efflux pump subunit AcrB

B: Multidrug efflux pump subunit AcrB

C: Multidrug efflux pump subunit AcrB

D: DARPin

E: DARPin

ヘテロ分子

384 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.790, 160.770, 246.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B 分子量: 114650.180 Da / 分子数: 3 / 変異: R971A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質	DARPin 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 9% PEG4000, 7.3% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.9 Å / Num. obs: 290078 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 8.5 % / Net I/σ(I): 7.74
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 2.726 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4dx5

4dx5

解像度: 2.2→48.901 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	14506	5 %
R_work	0.1958	-	-
obs	0.1983	290058	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25951	0	237	2368	28556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	26688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.17	36240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.741	9720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	4293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3948	429	0.3562	8133	X-RAY DIFFRACTION	89
2.225-2.2512	0.3717	466	0.3363	8860	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2512-2.2786	0.3493	481	0.3068	9124	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2786-2.3075	0.3569	480	0.3086	9136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.3378	0.3446	480	0.2972	9105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3378-2.3699	0.3327	481	0.2956	9168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4037	0.3394	482	0.274	9131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4396	0.3144	481	0.2688	9152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.4777	0.3185	481	0.265	9130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.5183	0.3202	484	0.2491	9205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.5618	0.2969	483	0.2367	9155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6083	0.2916	482	0.2363	9169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.6585	0.2895	481	0.2308	9151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7128	0.2784	485	0.2213	9205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7128-2.7717	0.2867	483	0.214	9177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.8362	0.2775	484	0.2153	9190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8362-2.9071	0.2584	483	0.2013	9194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-2.9857	0.2539	486	0.1907	9224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.0736	0.2559	484	0.1875	9185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0736-3.1728	0.2381	487	0.1795	9254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1728-3.2861	0.2302	488	0.1719	9251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2861-3.4177	0.2217	486	0.1676	9251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4177-3.5732	0.2153	486	0.159	9245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5732-3.7615	0.1856	488	0.151	9251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7615-3.9971	0.1936	488	0.149	9281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9971-4.3055	0.196	491	0.1521	9334	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3055-4.7385	0.194	492	0.147	9337	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7385-5.4234	0.1906	493	0.1492	9383	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4234-6.8299	0.2417	498	0.1754	9458	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8299-48.9128	0.2125	513	0.1881	9713	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.534	0.1151	-0.2163	0.3275	-0.0628	0.6929	0.1384	-0.0066	0.2846	0.0273	-0.0041	0.0808	-0.3489	-0.0458	-0.0431	0.3065	0.0111	0.0807	0.1886	-0.0313	0.3052	29.8178	-15.2256	-16.9832
2	0.3225	-0.0566	0.0726	0.2723	-0.203	0.4147	0.0357	0.1854	0.0171	-0.1098	-0.0307	0.0365	0.0714	-0.0791	-0.0098	0.2143	0.0072	-0.0294	0.292	-0.0333	0.257	28.9518	-42.9613	-52.0915
3	0.4554	0.1317	-0.1135	0.1831	-0.1179	0.5549	0.0412	0.0326	0.0237	-0.0072	-0.0143	-0.0003	-0.0682	0.0711	-0.0142	0.1522	-0.001	0.0047	0.1532	0.0022	0.1888	67.5852	-27.4957	-34.2897
4	1.1923	0.0378	0.681	0.9356	-0.0546	1.7179	-0.0455	0.0314	-0.0016	0.0027	0.017	0.1974	-0.0342	-0.2501	0.0426	0.2789	-0.1488	-0.0091	0.3575	-0.077	0.4071	0.8086	-74.8853	-23.4653
5	0.8592	-0.3481	-0.0952	1.6802	0.2415	1.1587	0.0052	-0.4429	0.1986	0.4028	0.0369	-0.3278	-0.2337	0.069	-0.0409	0.4385	-0.1414	-0.0384	0.7451	-0.1098	0.2621	46.7657	-38.4748	28.0186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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