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- PDB-4u8v: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for pr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u8v | ||||||
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Title | Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB | ||||||
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![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pos, K.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB. Authors: Eicher, T. / Seeger, M.A. / Anselmi, C. / Zhou, W. / Brandstatter, L. / Verrey, F. / Diederichs, K. / Faraldo-Gomez, J.D. / Pos, K.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4u8yC ![]() 4u95C ![]() 4u96C ![]() 4dx5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 114735.305 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D407N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 18317.566 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-LMT / #4: Chemical | ChemComp-MIY / ( | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.62 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.05M ADA, pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 8% PEG4000, 10% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.298→48.93 Å / Num. obs: 256709 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 7.4 % / Net I/σ(I): 11.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.298→2.38 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 2.398 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 99.68 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4DX5 Resolution: 2.298→48.932 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.298→48.932 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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