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万見
- PDB-4u8h: Crystal Structure of Mammalian Period-Cryptochrome Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u8h
タイトルCrystal Structure of Mammalian Period-Cryptochrome Complex
要素
  • Cryptochrome-2
  • Period circadian protein homolog 2
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN/TRANSCRIPTION / transcriptional repression / zinc-binding / CIRCADIAN CLOCK PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / regulation of sodium-dependent phosphate transport / Cry-Per complex / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of fat cell proliferation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lactate biosynthetic process / histone methyltransferase binding ...regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / regulation of sodium-dependent phosphate transport / Cry-Per complex / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of fat cell proliferation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / lactate biosynthetic process / histone methyltransferase binding / lipid storage / glycogen biosynthetic process / pre-mRNA binding / RNA polymerase binding / protein phosphatase inhibitor activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / white fat cell differentiation / regulation of neurogenesis / response to light stimulus / photoreceptor activity / regulation of vasoconstriction / phosphatase binding / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of protein ubiquitination / FAD binding / regulation of insulin secretion / response to ischemia / transcription corepressor binding / nuclear receptor binding / response to activity / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / response to insulin / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / kinase binding / histone deacetylase binding / circadian rhythm / protein import into nucleus / glucose homeostasis / single-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / nuclear speck / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Period circadian protein homolog bHLH-like domain / Period circadian-like, C-terminal / : / Period protein 2/3C-terminal region / Period circadian protein homolog 3-like, PAS-A domain / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / PAS fold-3 ...Period circadian protein homolog bHLH-like domain / Period circadian-like, C-terminal / : / Period protein 2/3C-terminal region / Period circadian protein homolog 3-like, PAS-A domain / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / PAS fold-3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / PAS fold / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / PAS domain / PAS repeat profile. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Period circadian protein homolog 2 / Cryptochrome-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Nangle, S.N. / Rosensweig, C. / Koike, N. / Tei, H. / Takahashi, J.S. / Green, C.B. / Zheng, N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA107134 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM007750 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Molecular assembly of the period-cryptochrome circadian transcriptional repressor complex.
著者: Nangle, S.N. / Rosensweig, C. / Koike, N. / Tei, H. / Takahashi, J.S. / Green, C.B. / Zheng, N.
履歴
登録2014年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-2
C: Cryptochrome-2
B: Period circadian protein homolog 2
D: Period circadian protein homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7396
ポリマ－144,6094
非ポリマー1312
水86548
1
A: Cryptochrome-2
B: Period circadian protein homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3703
ポリマ－72,3042
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
2
C: Cryptochrome-2
D: Period circadian protein homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3703
ポリマ－72,3042
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.675, 97.675, 163.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-2


分子量: 58368.676 Da / 分子数: 2
断片: Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain, residues 1-510
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry2, Kiaa0658
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R194
#2: タンパク質 Period circadian protein homolog 2 / mPER2 / Circadian clock protein PERIOD 2


分子量: 13935.588 Da / 分子数: 2 / 断片: CRY binding domain, residues 1095-1215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Per2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O54943
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 % / 解説: Diamond
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M NaCl, 15% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→42.738 Å / Num. obs: 37522 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 18.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MLP

4mlp


解像度: 2.798→42.738 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 1880 5.01 %Random selection
Rwork0.2052 ---
obs0.2088 37522 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→42.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9292 0 2 48 9342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34512954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4573556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.798-2.87390.4441430.32112687X-RAY DIFFRACTION98
2.8739-2.95840.39321400.28082751X-RAY DIFFRACTION100
2.9584-3.05390.33551420.2452739X-RAY DIFFRACTION100
3.0539-3.1630.30871470.23712734X-RAY DIFFRACTION100
3.163-3.28960.30571460.21512747X-RAY DIFFRACTION100
3.2896-3.43930.32291480.22192730X-RAY DIFFRACTION100
3.4393-3.62050.28731360.22282770X-RAY DIFFRACTION100
3.6205-3.84720.28941460.19632743X-RAY DIFFRACTION100
3.8472-4.1440.29441450.18712730X-RAY DIFFRACTION100
4.144-4.56060.22881470.17332756X-RAY DIFFRACTION100
4.5606-5.21950.23571430.18492755X-RAY DIFFRACTION100
5.2195-6.57220.29121430.22022768X-RAY DIFFRACTION99
6.5722-42.74270.25091540.19542732X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.4943 Å / Origin y: 24.4242 Å / Origin z: -8.6096 Å
111213212223313233
T0.1807 Å2-0.0119 Å2-0.0383 Å2-0.6269 Å20.1965 Å2--0.3263 Å2
L0.5384 °20.1447 °20.2689 °2-0.2193 °2-0.152 °2--0.2928 °2
S0.1652 Å °0.0778 Å °0.0691 Å °-0.1713 Å °0.0343 Å °-0.0545 Å °0.0674 Å °-0.1498 Å °0.1233 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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