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- PDB-4u7x: Crystal structure of Fructokinase from Brucella abortus 2308 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u7x
タイトルCrystal structure of Fructokinase from Brucella abortus 2308
要素Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
キーワードTRANSFERASE / kinase / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


fructokinase / fructokinase activity / fructose metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fructokinase from Brucella abortus 2308
著者: Horanyi, P.S. / Fox III, D. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.
履歴
登録2014年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1875
ポリマ－34,0951
非ポリマー924
水1,45981
1
A: Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
ヘテロ分子

A: Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,37410
ポリマ－68,1902
非ポリマー1848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area3460 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.900, 103.900, 61.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB / Fructokinase


分子量: 34094.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: cscK, BAB1_0112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YNY7, fructokinase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M Sodium Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 20243 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 39.91 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 33.45 / Num. measured all: 331382
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.150.9220.4944.6814498147914790.52100
2.15-2.210.9540.385.9713737141614160.4100
2.21-2.280.9660.3167.413724139913990.333100
2.28-2.350.9830.2668.6213054133913390.28100
2.35-2.420.9850.37611.2825118131013100.385100
2.42-2.510.990.30413.7224863127312730.312100
2.51-2.60.9920.2416.6223948123912390.247100
2.6-2.710.9960.16822.3322912118211820.173100
2.71-2.830.9980.13127.8422241114711470.134100
2.83-2.970.9980.10133.3721089109410940.104100
2.97-3.130.9990.07641.8320162104210420.078100
3.13-3.320.9990.0649.85189559899880.06199.9
3.32-3.550.9990.04561.42177629329320.046100
3.55-3.8310.0468.91166748848840.041100
3.83-4.210.03575.79150078068050.03699.9
4.2-4.710.03283.01138657517500.03399.9
4.7-5.4210.03281.08119826576570.033100
5.42-6.6410.03279.34102725735730.033100
6.64-9.3910.02684.3878404604590.02799.8
9.3910.0237436792882750.02495.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.614

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.465 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1018 5.04 %Random
Rwork0.2152 19177 --
obs0.217 20195 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.74 Å2 / Biso mean: 50.5043 Å2 / Biso min: 22.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 4 81 2432
Biso mean--55.92 47.62 -
残基数----313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9963299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.801857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.21080.34631360.303326972833100
2.2108-2.34930.3641500.298126642814100
2.3493-2.53060.35541450.302527112856100
2.5306-2.78530.31821360.27427082844100
2.7853-3.18820.29461590.256227312890100
3.1882-4.01650.23711470.195327622909100
4.0165-46.47680.17991450.16042904304999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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