PDB-4u7n: Inactive structure of histidine kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u7n

タイトル

Inactive structure of histidine kinase

要素

Histidine protein kinase sensor protein

キーワード

TRANSFERASE / Histidine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to phosphate starvation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Cai, Y. / Hu, X. / Sang, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Conformational dynamics of the essential sensor histidine kinase WalK.
著者: Cai, Y. / Su, M. / Ahmad, A. / Hu, X. / Sang, J. / Kong, L. / Chen, X. / Wang, C. / Shuai, J. / Han, A.

履歴

登録	2014年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u7n.cif.gz	190.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u7n.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/4u7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/4u7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u7oSC 4zkiC 5c93C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z0i-d 3foa-4 1z5s-d 2nom-d 7jwk-2 2o8s-d 7bqa-d 6mny-d 4o3w-2 3k6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Histidine protein kinase sensor protein

B: Histidine protein kinase sensor protein

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.599, 91.599, 97.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Histidine protein kinase sensor protein 分子量: 31653.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 370-624 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 株: JDM1 / 遺伝子: hpk1, JDM1_0052 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6VIM1, UniProt: A0A0M3KKX3*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.69 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 4000 / PH範囲: 5.6-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→25 Å / Num. obs: 36426 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 37.594
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U7O

4u7o

解像度: 3.2→23.387 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2848	3162	10.57 %
R_work	0.2509	-	-
obs	0.2546	29907	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→23.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3394	0	0	0	3394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.17	4657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.98	1291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.2477	0.3879	204	0.3428	1096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2477-3.2983	0.4277	176	0.3565	1126	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2983-3.3522	0.2232	64	0.3103	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3522-3.4099	0.3704	116	0.3105	1160	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4099-3.4717	0.3489	188	0.3013	1104	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4717-3.5382	0.3692	204	0.3055	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5382-3.6102		0	0.3101	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6102-3.6884	0.3664	208	0.2746	1110	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6884-3.7739	0.3199	184	0.3049	1087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7739-3.8678		0	0.2593	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8678-3.9719	0.3126	192	0.2679	1138	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9719-4.0882	0.289	195	0.2723	1088	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0882-4.2194	0.4141	148	0.254	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2194-4.3693	0.2901	44	0.2743	1240	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3693-4.543	0.3464	178	0.2757	1099	X-RAY DIFFRACTION	99
4.543-4.7481	0.2157	189	0.2466	1119	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7481-4.9962		0	0.2289	1262	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9962-5.3058	0.2987	167	0.2476	1153	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3058-5.7099	0.3444	191	0.2565	1110	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7099-6.2745	0.3121	192	0.2637	1103	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2745-7.1595		0	0.2311	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1595-8.9358	0.2403	176	0.2024	1131	X-RAY DIFFRACTION	99
8.9358-23.388	0.2043	146	0.2144	1023	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1619	-0.913	-0.194	1.3931	0.175	3.4627	0.4148	0.1575	-0.6018	-0.1911	0.1321	-0.074	0.2729	-0.8874	0.059	1.188	-0.0656	0.0051	0.6704	0.1985	1.0774	-4.779	27.6755	-16.0236
2	3.4282	1.5764	-0.0916	3.9941	-2.2685	1.5159	0.613	-0.6062	0.3613	-0.4306	-0.9591	-0.3954	1.1908	1.9937	-0.2683	1.2045	0.8074	0.0154	1.6559	0.3457	0.8285	-17.4651	48.8679	-26.5245
3	1.6556	0.4613	0.2114	2.5864	-1.4172	2.393	-0.0323	0.0888	0.3685	0.3922	0.6173	0.751	-0.1771	-0.7514	-0.6534	1.0622	0.0609	0.0819	0.5177	0.1954	1.0235	-3.8672	25.6142	-7.3201
4	3.0417	-0.8052	-0.6495	3.5937	-1.658	1.3454	0.6186	0.9381	-0.6454	-0.0557	-0.7874	-0.2449	-1.0773	1.3422	-0.0495	1.2336	-0.639	0.0216	1.6472	0.2647	0.8488	-17.5544	4.2214	2.8839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 386 THROUGH 446 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 447 THROUGH 610 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 386 THROUGH 444 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 445 THROUGH 610 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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