+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bqa | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of ASFV p35 | ||||||||||||
Components | 60 kDa polyprotein | ||||||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / ASFV / core-shell / p35 | ||||||||||||
Function / homology | viral capsid assembly / virion component / host cell perinuclear region of cytoplasm / 60 kDa polyprotein / Polyprotein pp62 Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | African swine fever virus | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.102 Å | ||||||||||||
Authors | Li, G.B. / Fu, D. / Chen, C. / Guo, Y. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
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Citation | Journal: Protein Cell / Year: 2020 Title: Crystal structure of the African swine fever virus structural protein p35 reveals its role for core shell assembly. Authors: Li, G. / Fu, D. / Zhang, G. / Zhao, D. / Li, M. / Geng, X. / Sun, D. / Wang, Y. / Chen, C. / Jiao, P. / Cao, L. / Guo, Y. / Rao, Z. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bqa.cif.gz | 232.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bqa.ent.gz | 194.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bqa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7bqa_validation.pdf.gz | 443.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7bqa_full_validation.pdf.gz | 449.3 KB | Display | |
Data in XML | 7bqa_validation.xml.gz | 23.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7bqa_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39042.984 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) African swine fever virus / Gene: CP530R, AFSV47Ss_0139 / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: A0A0A1E146, UniProt: Q65179*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M BIS-TRIS pH 6.0, 30% W/V Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1.07146 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07146 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.34 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 37964 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 5.8 % / CC1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 1940 / CC1/2: 0.862 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.102→48.723 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.28 / Phase error: 30.66
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.16 Å2 / Biso mean: 26.9837 Å2 / Biso min: 8.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.102→48.723 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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