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- PDB-4u77: BTB domain from Drosophila CP190 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u77
タイトルBTB domain from Drosophila CP190
要素Centrosome-associated zinc finger protein CP190
キーワードTRANSCRIPTION / BTB fold / dimer / peptide binding groove
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear axial expansion / chromatin insulator sequence binding / heterochromatin boundary formation / polytene chromosome band / POZ domain binding / polytene chromosome / chromatin looping / pericentriolar material / regulation of cytoskeleton organization / condensed chromosome ...nuclear axial expansion / chromatin insulator sequence binding / heterochromatin boundary formation / polytene chromosome band / POZ domain binding / polytene chromosome / chromatin looping / pericentriolar material / regulation of cytoskeleton organization / condensed chromosome / spindle microtubule / microtubule binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosome-associated zinc finger protein Cp190
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Allemand, F. / Cohen-Gonsaud, M. / Labesse, G. / Nollmann, M.
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2014
タイトル: Chromatin Insulator Factors Involved in Long-Range DNA Interactions and Their Role in the Folding of the Drosophila Genome.
著者: Vogelmann, J. / Le Gall, A. / Dejardin, S. / Allemand, F. / Gamot, A. / Labesse, G. / Cuvier, O. / Negre, N. / Cohen-Gonsaud, M. / Margeat, E. / Nollmann, M.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Derived calculations
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7963
ポリマ－16,6261
非ポリマー1702
水93752
1
A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190
ヘテロ分子

A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5936
ポリマ－33,2522
非ポリマー3404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)84.979, 84.979, 40.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Centrosome-associated zinc finger protein CP190 / Protein enhancer of mod(mdg4)4-1 / dMAP190


分子量: 16626.199 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-134 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cp190, E(mod)4-1, CG6384 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24478
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Na/K PO4 1.6 M, HEPES 0.1 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→42.49 Å / Num. all: 11252 / Num. obs: 11252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→36.797 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 1020 4.78 %
Rwork0.1913 --
obs0.1937 11252 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→36.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数983 0 10 52 1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0371369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.687370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0302-2.13720.33771350.28472914X-RAY DIFFRACTION100
2.1372-2.27110.27141490.24742887X-RAY DIFFRACTION100
2.2711-2.44640.26131380.21462898X-RAY DIFFRACTION100
2.4464-2.69250.27681550.21962902X-RAY DIFFRACTION100
2.6925-3.0820.23731610.20322874X-RAY DIFFRACTION100
3.082-3.88230.23691580.18212903X-RAY DIFFRACTION100
3.8823-36.8030.22131240.16972929X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79383.04563.58444.2914.07935.0886-0.30760.46120.0073-0.30270.412-0.2788-0.28090.9141-0.13540.3919-0.14060.01450.91330.10160.6058-18.689934.75259.2529
24.38532.4999-0.65313.2394-1.4375.3661-0.06170.2152-0.4811-0.16630.108-0.30980.45271.2496-0.04010.27690.05950.0190.6091-0.08690.5255-25.717822.39792.8346
33.0631-0.58873.34264.32340.05618.3234-0.08830.21220.3883-0.034-0.0435-0.0492-0.12840.30790.0660.2144-0.04860.02160.2915-0.00360.4098-37.288931.64990.0584
40.787-0.21070.58290.0839-0.02690.3212-0.17190.3254-0.1596-0.1357-0.0341-0.0921-0.01950.1165-0.04450.332-0.06290.03850.3830.0530.4788-31.275931.34142.6586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:52)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 53:90)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 91:121)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'S' and (resseq 20:232)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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