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- PDB-4u6o: STRUCTURE OF THE CAP-BINDING DOMAIN OF INFLUENZA VIRUS POLYMERASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6o
タイトルSTRUCTURE OF THE CAP-BINDING DOMAIN OF INFLUENZA VIRUS POLYMERASE SUBUNIT PB2
要素Polymerase basic protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / PB2 SUBUNIT / INFLUENZA VIRUS / CAP-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vRNP Assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Viral mRNA Translation / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fukushima, K. / Takimoto-Kamimura, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STRUCTURE OF THE CAP-BINDING DOMAIN OF INFLUENZA VIRUS POLYMERASE SUBUNIT PB2
著者: Fukushima, K. / Takimoto-Kamimura, M.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
B: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9684
ポリマ－37,7782
非ポリマー1902
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15930 Å2
2
B: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子

A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9684
ポリマ－37,7782
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area1470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.218, 64.377, 64.765
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 18889.006 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 318-483 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03428
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1mM Na-Malonate(pH7.0), 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 74594 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.919 / Net I/av σ(I): 19.695 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 285961
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.323.80.48836340.98294.6
1.32-1.353.80.43736710.99495.6
1.35-1.373.80.38936350.99295.5
1.37-1.43.80.33736710.96995.6
1.4-1.433.80.28636840.99196.4
1.43-1.463.80.23936730.99595.4
1.46-1.53.80.20436971.01397.1
1.5-1.543.80.17336881.06396.3
1.54-1.593.80.15437001.06596.5
1.59-1.643.80.12537380.97497.9
1.64-1.73.80.10437490.89297.4
1.7-1.763.90.08537090.8197.3
1.76-1.843.80.0737790.71797.7
1.84-1.943.90.06337450.74898.1
1.94-2.063.90.06437960.95798.5
2.06-2.223.90.05838030.90598.7
2.22-2.453.90.05237880.71698.7
2.45-2.83.90.05138450.70599.2
2.8-3.533.80.05338470.82799.2
3.53-503.70.05937421.10794.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKLデータスケーリング
精密化解像度: 1.3→38.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 0.958 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 3489 5 %RANDOM
Rwork0.2089 66068 --
obs0.2099 69557 90.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.81 Å2 / Biso mean: 18.594 Å2 / Biso min: 10.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→38.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2555 0 10 258 2823
Biso mean--25.59 30.89 -
残基数----322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0222817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8981.9633812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7655375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06222.231130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94215576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6091536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.21975
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0710.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0740.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3661.51802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6322795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.76131153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1654.5995
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 95 -
Rwork0.233 2138 -
all-2233 -
obs--39.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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