[日本語] English
万見
- PDB-4u6m: Crystal structure of DNA/RNA duplex obtained in the presence of S... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6m
タイトルCrystal structure of DNA/RNA duplex obtained in the presence of Spermine
要素
  • DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA/RNA / DNA/RNA hybrid duplex / antisense / DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kondo, J. / Nomura, Y. / Kitahara, Y. / Obika, S. / Torigoe, H.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of a 2',4'-BNA(NC)[N-Me]-modified antisense gapmer in complex with the target RNA.
著者: Kondo, J. / Nomura, Y. / Kitahara, Y. / Obika, S. / Torigoe, H.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: computing / diffrn_source ...computing / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _computing.pdbx_data_reduction_ds / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._computing.pdbx_data_reduction_ds / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6432
ポリマ－5,6432
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area3360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.090, 49.090, 45.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2981.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')


分子量: 2660.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Na Cacodylate, Spermine tetrahydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.52 Å / Num. obs: 5022 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.17 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 23.2 / Num. measured all: 51463 / Scaling rejects: 386
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.9-1.9710.250.3585.751395001.371299.8
1.97-2.0510.650.2477.653485011.0711100
2.05-2.1410.110.24849694881.1935100
2.14-2.2510.420.1929.553235091.0421100
2.25-2.3910.290.14410.450814920.8820100
2.39-2.5810.390.09915.853145100.8613100
2.58-2.8410.230.08218.551795040.7722100
2.84-3.259.90.0529.250015010.7643100
3.25-4.098.780.0346.746145030.7819699.2
4.09-42.5210.670.0280.954955140.661398.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ削減
PHENIX位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASERモデル構築
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U6L

4u6l


解像度: 1.9→42.52 Å / FOM work R set: 0.8441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 271 5.4 %
Rwork0.2065 4749 -
obs-5020 99.8 %
溶媒の処理Bsol: 94.051 Å2
原子変位パラメータBiso max: 82.75 Å2 / Biso mean: 35.55 Å2 / Biso min: 21.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.836 Å20 Å20 Å2
2--0.836 Å20 Å2
3----1.672 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 374 20 97 491
Biso mean--26.13 52.19 -
残基数----17
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.163
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0392.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.3509280.2823470X-RAY DIFFRACTION99.8
1.97-2.050.2663320.276469X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.140.2559250.2685463X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.250.302270.2865482X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.390.332230.2802469X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.580.2421290.269481X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.840.2564160.2413488X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.250.2299390.2161462X-RAY DIFFRACTION100
3.25-4.090.1846280.1615475X-RAY DIFFRACTION99.2
4.09-42.520.2287240.1697490X-RAY DIFFRACTION98.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1nco_xplor.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_201312.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る