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- PDB-4u6k: Crystal structure of DNA/RNA duplex containing 2'-4'-BNA-NC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6k
タイトルCrystal structure of DNA/RNA duplex containing 2'-4'-BNA-NC
要素
  • DNA (5'-D(*(NCU)P*(NTT)P*CP*TP*TP*CP*TP*(NTT)P*(NCU))-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA/RNA / DNA/RNA duplex / antisense / Bridged Nucleic Acid / DNA-RNA complex
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kondo, J. / Nomura, Y. / Kitahara, Y. / Obika, S. / Torigoe, H.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of a 2',4'-BNA(NC)[N-Me]-modified antisense gapmer in complex with the target RNA.
著者: Kondo, J. / Nomura, Y. / Kitahara, Y. / Obika, S. / Torigoe, H.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: computing / diffrn_radiation ...computing / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _computing.pdbx_data_reduction_ds / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ..._computing.pdbx_data_reduction_ds / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*(NCU)P*(NTT)P*CP*TP*TP*CP*TP*(NTT)P*(NCU))-3')
C: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*(NCU)P*(NTT)P*CP*TP*TP*CP*TP*(NTT)P*(NCU))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2257
ポリマ－11,7424
非ポリマー4833
水6,395355
1
A: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*(NCU)P*(NTT)P*CP*TP*TP*CP*TP*(NTT)P*(NCU))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1934
ポリマ－5,8712
非ポリマー3222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area3680 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*(NCU)P*(NTT)P*CP*TP*TP*CP*TP*(NTT)P*(NCU))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0323
ポリマ－5,8712
非ポリマー1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.920, 58.960, 102.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-214-

HOH

21A-284-

HOH

31B-150-

HOH

41C-204-

HOH

51C-277-

HOH

61C-282-

HOH

71C-292-

HOH

81D-155-

HOH

91D-165-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2981.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*(NCU)P*(NTT)P*CP*TP*TP*CP*TP*(NTT)P*(NCU))-3')


分子量: 2888.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8261.06
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Na Cacodylate, NaCl, Hexammine Cobalt, MPD

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.98
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21.60465, 1.60830, 0.98
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2013年5月25日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2013年5月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.604651
31.60831
Reflection冗長度: 3.6 % / 数: 117593 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.98 / D res high: 1.6 Å / D res low: 51.21 Å / Num. obs: 32414 / % possible obs: 95.7 / Rejects: 882
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.4551.2110.0411.133.58353
2.743.4510.0460.913.62137
2.392.7410.0690.813.6170
2.172.3910.0890.83.653
2.022.1710.1090.873.5944
1.92.0210.1460.93.6150
1.81.910.1720.983.5930
1.721.810.2061.073.644
1.661.7210.2361.123.650
1.61.6610.3231.233.6251
反射解像度: 1.5→25.61 Å / Num. obs: 21282 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.82 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 146347 / Scaling rejects: 1099
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.5-1.556.980.285.41475821101.092598
1.55-1.627.030.2146.31464420791.023798.2
1.62-1.696.970.167.61478821180.943397.8
1.69-1.786.920.1318.71460621050.854198.8
1.78-1.896.870.11310.41457021130.834498.6
1.89-2.046.830.09412.11475421470.838198.6
2.04-2.246.810.0717.31461721260.9213699
2.24-2.566.770.05922.7149032176117799.4
2.56-3.236.80.04234.21495921781.0715699.5
3.23-25.616.280.03749.21374821301.3836992.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.65 / 反射: 21207 / Reflection acentric: 19193 / Reflection centric: 2014
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
1.5-1.60.170.180.1339323660272
1.6-1.90.560.570.5163195849470
1.9-2.10.780.780.736003292308
2.1-2.70.870.870.7836143243371
2.7-4.30.940.940.9128552466389

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ削減
PHENIX位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
SOLVEモデル構築
d*TREKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→25.61 Å / FOM work R set: 0.8754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 2111 9.7 %
Rwork0.1982 19171 -
obs-21282 98 %
溶媒の処理Bsol: 45.5582 Å2
原子変位パラメータBiso max: 82.04 Å2 / Biso mean: 22.3891 Å2 / Biso min: 8.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.441 Å20 Å20 Å2
2--0.004 Å20 Å2
3----0.445 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→25.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 780 117 355 1252
Biso mean--18.05 35.17 -
残基数----32
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.013
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.1532
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.5162.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.550.26492140.25841895X-RAY DIFFRACTION98
1.55-1.620.33151970.24621880X-RAY DIFFRACTION98.2
1.62-1.690.20732120.20391910X-RAY DIFFRACTION97.8
1.69-1.780.23781940.20431909X-RAY DIFFRACTION98.8
1.78-1.890.22832020.20591912X-RAY DIFFRACTION98.6
1.89-2.040.22962270.20851923X-RAY DIFFRACTION98.6
2.04-2.240.21122070.19971920X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.560.22322230.19661951X-RAY DIFFRACTION99.4
2.56-3.230.20752110.20031967X-RAY DIFFRACTION99.5
3.23-25.610.19162240.17661904X-RAY DIFFRACTION92.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_201312.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4nco_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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