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万見
- PDB-4u66: Induced Dimer Structure of Methionine Sulfoxide Reductase U16C fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u66
タイトルInduced Dimer Structure of Methionine Sulfoxide Reductase U16C from Clostridium Oremlandii
要素Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA FOLD / PEPTIDE-METHIONINE (S)-S-OXIDE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine:thioredoxin-disulfide S-oxidoreductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein modification process
類似検索 - 分子機能
: / Selenoprotein methionine sulfoxide reductase A, helical domain / Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Alkaliphilus oremlandii OhILAs (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Lee, E.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Evidence for the Dimerization-Mediated Catalysis of Methionine Sulfoxide Reductase A from Clostridium oremlandii
著者: Lee, E.H. / Lee, K. / Kwak, G.H. / Park, Y.S. / Lee, K.J. / Hwang, K.Y. / Kim, H.Y.
履歴
登録2014年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
C: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4776
ポリマ－71,1893
非ポリマー2883
水86548
1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子

A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6514
ポリマ－47,4592
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area2640 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
2
B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
C: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6514
ポリマ－47,4592
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.564, 102.564, 227.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA / Protein-methionine-S-oxide reductase / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase


分子量: 23729.600 Da / 分子数: 3 / 変異: U16C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkaliphilus oremlandii OhILAs (バクテリア)
遺伝子: msrA, Clos_1947 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A8MI53, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M TRIS-HCL, 1.2M AMMONIUM SULFATE, 12%(V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月20日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 26615 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 50.47 Å2 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rejects: 0 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASERモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB DNTRY 4LWJ

4lwj


解像度: 2.9→29.82 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1800 6.84 %Random selection
Rwork0.248 24500 --
obs0.251 26300 94.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.73 Å2 / Biso mean: 77.93 Å2 / Biso min: 24.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4887 0 15 48 4950
Biso mean--99.42 54.83 -
残基数----611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.97830.4411250.40261710183588
2.9783-3.06590.38681270.37431710183789
3.0659-3.16480.37951320.33961797192992
3.1648-3.27770.33641340.32141824195894
3.2777-3.40880.28081350.28151852198795
3.4088-3.56370.29981390.25151886202596
3.5637-3.75120.24861400.22881897203797
3.7512-3.98580.24241400.2121910205097
3.9858-4.29270.25521410.19411910205196
4.2927-4.72310.2271420.1971923206597
4.7231-5.40310.25141440.20491964210897
5.4031-6.7940.27121450.25092000214598
6.794-29.82690.25881560.23032117227398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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