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- PDB-4u63: Crystal structure of a bacterial class III photolyase from Agroba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u63
タイトルCrystal structure of a bacterial class III photolyase from Agrobacterium tumefaciens at 1.67A resolution
要素DNA photolyase
キーワードLYASE / PHOTOLYASE / DNA REPAIR / METHENYLTETRAHYDROFOLATE / CYCLOPYRIMIDINE DIMER / FLAVIN / FAD / FLAVOPROTEIN / PHOTOREDUCTION / TRP TRIADE / Double-Stranded / DNA Damage / DNA / Ultraviolet Rays / Agrobacterium tumefaciens
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / FAD binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal ...DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Scheerer, P. / Zhang, F. / Kalms, J. / von Stetten, D. / Krauss, N. / Oberpichler, I. / Lamparter, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Class III Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Structure Reveals a New Antenna Chromophore Binding Site and Alternative Photoreduction Pathways.
著者: Scheerer, P. / Zhang, F. / Kalms, J. / von Stetten, D. / Krau, N. / Oberpichler, I. / Lamparter, T.
履歴
登録2014年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,74918
ポリマ－56,0391
非ポリマー2,71017
水9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • MONOMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area22490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.867, 81.867, 195.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA photolyase


分子量: 56038.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MRGSHHHHHHGSHVI - Expression Taq
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu1218 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: A9CJC9

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物 ChemComp-MHF / 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID / (6R)-5,10-メチレンテトラヒドロ葉酸


分子量: 457.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O6
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 3 M ammonium sulfate, 10% (v/v) glycerol, 75 mM sodium chloride, 12.5 mM tris (hydroxymethyl) amino methane, 1.25 mM ethylenediaminetetraacetic acid.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91842 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→34.3 Å / Num. all: 89158 / Num. obs: 89158 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U3C

1u3c


解像度: 1.67→34.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.115 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18047 4330 4.9 %RANDOM
Rwork0.1562 ---
obs0.15736 84703 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20.43 Å2-0 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----2.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.67→34.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3799 0 164 547 4510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9875800
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 297 -
Rwork0.243 6172 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05330.01750.01870.0937-0.00350.01-0.0015-0.00150.0009-0.0116-0.00130.0073-0.0039-0.00320.00280.01240.0035-0.00090.0059-0.00130.06435.3708-17.0159-37.586
229.377612.253222.78649.698111.803422.52750.9704-1.5761-0.01630.9612-0.81740.181.3274-1.55-0.1530.1412-0.0830.00660.11210.0170.04115.4178-20.3485-36.6257
30.6130.6335-0.16772.832-0.2390.0479-0.0050.0067-0.00510.04880.00570.0247-0.0015-0.002-0.00070.02050.0058-0.00090.0069-0.00150.058337.8533-14.6007-32.0403
40.1571-0.02930.02050.20420.20970.2439-0.0193-0.0776-0.09850.0242-0.00520.07260.0511-0.02450.02450.09520.0333-0.04320.05420.02170.122942.0903-12.1645-41.0314
50.0856-0.0034-0.02120.1643-0.06370.1416-0.0019-0.01850.002-0.01560.00080.0060.0099-0.00910.00110.01970.0068-0.00430.0087-0.0040.073937.6745-17.388-38.6462
64.866-3.04043.64278.73647.955818.04040.11160.1464-0.086-0.1503-0.26820.1968-0.0414-0.15730.15670.090.0043-0.00290.08730.03330.141918.2901-8.99-44.6567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 478
2X-RAY DIFFRACTION2B1001
3X-RAY DIFFRACTION3C1002
4X-RAY DIFFRACTION4D1001 - 1014
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 547
6X-RAY DIFFRACTION6E1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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