[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4u5r: Crystal structure of D106A mutant of RhCC (YP_702633.1) from Rhod... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u5r | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of D106A mutant of RhCC (YP_702633.1) from Rhodococcus jostii RHA1 at 1.55 Angstrom | |||||||||
![]() | RhCC | |||||||||
![]() | ISOMERASE / beta-alpha-beta structural motif / magnesium binding enzyme / tautomerase superfamily | |||||||||
Function / homology | Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Tautomerase cis-CaaD-like domain-containing protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Poddar, H. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Functional and structural characterization of an unusual cofactor-independent oxygenase. Authors: Baas, B.J. / Poddar, H. / Geertsema, E.M. / Rozeboom, H.J. / de Vries, M.P. / Permentier, H.P. / Thunnissen, A.M. / Poelarends, G.J. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 116.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 87.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 447.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 448.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4u5pSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
-
Components
#1: Protein | Mass: 17641.174 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-terminal His6-tagged / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-TRS / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.93 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Halogens, 100mM Tris Bicine, 30% PEGMME 550 PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 17, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→188.45 Å / Num. all: 74309 / Num. obs: 74309 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 14.86 Å2 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 5.08 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 197991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4U5P Resolution: 1.55→43.994 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 15.35 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.91 Å2 / Biso mean: 19.446 Å2 / Biso min: 7.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→43.994 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
|