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- PDB-6ioz: Structural insights of idursulfase beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ioz
タイトルStructural insights of idursulfase beta
要素Iduronate 2-sulfatase
キーワードHYDROLASE / IDURSULFASE BETA / ALPHA-L-IDURONATE SULFATE SULFATASE / IDURONATE 2-SULFATASE 42KDA CHAIN / IDURONATE 2-SULFATASE 14KDA CHAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iduronate-2-sulfatase / MPS II - Hunter syndrome (HS-GAG degradation) / iduronate-2-sulfatase activity / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / glycosaminoglycan catabolic process / CS/DS degradation / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal lumen / lysosome ...iduronate-2-sulfatase / MPS II - Hunter syndrome (HS-GAG degradation) / iduronate-2-sulfatase activity / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / glycosaminoglycan catabolic process / CS/DS degradation / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / lysosomal lumen / lysosome / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iduronate-2-sulfatase / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Iduronate 2-sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kim, H. / Kim, D. / Hong, J. / Lee, K. / Seo, J. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights of idursulfase beta
著者: Kim, H. / Kim, D. / Hong, J. / Lee, K. / Seo, J. / Oh, B.H.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iduronate 2-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5139
ポリマ－58,6171
非ポリマー2,8978
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, size exclusion, mass spectrometry, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint40 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.825, 70.825, 285.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Iduronate 2-sulfatase / Alpha-L-iduronate sulfate sulfatase / Idursulfase


分子量: 58616.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDS, SIDS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P22304, iduronate-2-sulfatase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0 M LiCl 0.1M MES (pH 6.0) 20% w/v PEG 6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 12919 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 65.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 3.718 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.152.60.3164120.3280.1680.3631.53756.1
3.15-3.212.80.3254500.5910.1710.3721.95658.7
3.21-3.273.20.3034680.650.1420.3391.82560.5
3.27-3.343.10.2994990.8040.1460.3361.74165.1
3.34-3.413.20.2825430.7490.1410.3192.00370.9
3.41-3.493.30.2585070.9240.1170.2862.37566.6
3.49-3.584.20.2686100.8910.1080.2912.48178
3.58-3.684.70.2626240.8920.1050.2852.58382.5
3.68-3.784.80.2446330.9430.0960.2632.53383.5
3.78-3.915.50.2376570.9530.0870.2543.01885
3.91-4.045.90.226980.9730.080.2363.26290.3
4.04-4.216.20.2077220.9850.0730.223.28891.9
4.21-4.46.70.1957190.9910.0680.2073.71693.6
4.4-4.636.90.1877130.9770.0650.1994.23892.5
4.63-4.9290.1817470.9880.0560.194.2496.1
4.92-5.39.10.1787520.9750.0560.1873.92997.2
5.3-5.839.20.1737620.9890.0530.1813.97496.1
5.83-6.679.30.1567670.9870.0490.1643.87397.7
6.67-8.411.20.1327880.9940.0390.1374.20698.3
8.4-5011.40.0998480.9940.030.1044.997.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FQL

5fql


解像度: 3.1→47.616 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.66 / 位相誤差: 28.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 643 5.01 %
Rwork0.1972 12189 -
obs0.1996 12832 83.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.34 Å2 / Biso mean: 85.6507 Å2 / Biso min: 32.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→47.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4009 0 357 0 4366
Biso mean--138.57 --
残基数----501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7875971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3052581
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1002-3.33950.3224910.29311743183461
3.3395-3.67540.27711160.22552157227375
3.6754-4.2070.2361310.17172561269288
4.207-5.29920.20321470.16812762290995
5.2992-47.62180.24261580.19822966312498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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