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- PDB-4u5f: Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial ag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u5f
タイトルCrystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex, GluA2cryst2 construct
要素
  • Con-ikot-ikot
  • Glutamate receptor 2
キーワードTransport protein/Toxin / AMPA receptor / Transport protein-Toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoskeletal protein binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / toxin activity / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1800 / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1800 / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWF / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / Con-ikot-ikot / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Conus striatus (ニシキミナシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Chen, L. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism.
著者: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
E: Con-ikot-ikot
F: Con-ikot-ikot
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,94216
ポリマ－384,2436
非ポリマー2,69910
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.290, 365.420, 108.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 91184.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / Cell (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491
#2: タンパク質 Con-ikot-ikot


分子量: 9753.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus striatus (ニシキミナシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB20
#3: 化合物
ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸


分子量: 213.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO4 / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-FWF / N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide


分子量: 480.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H36N2O4S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.8-6.3, 0.1 M NaCl, 5%-6% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→146.79 Å / Num. obs: 78943 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 122.14 Å2 / Net I/σ(I): 8.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 3.7→19.993 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 3247 5.06 %
Rwork0.2501 --
obs0.2519 64195 93.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→19.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23520 0 180 0 23700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74932879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5458385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.75550.4062420.40241006X-RAY DIFFRACTION35
3.7555-3.81380.4086870.38581768X-RAY DIFFRACTION63
3.8138-3.87590.37881440.38752320X-RAY DIFFRACTION83
3.8759-3.94220.37781350.38142683X-RAY DIFFRACTION96
3.9422-4.01340.39281310.3792763X-RAY DIFFRACTION98
4.0134-4.08990.3571660.34582727X-RAY DIFFRACTION98
4.0899-4.17270.35971540.32822753X-RAY DIFFRACTION99
4.1727-4.26250.31381530.30412763X-RAY DIFFRACTION99
4.2625-4.36070.32171390.29332814X-RAY DIFFRACTION99
4.3607-4.46860.29551560.28252739X-RAY DIFFRACTION99
4.4686-4.5880.25841550.26712815X-RAY DIFFRACTION99
4.588-4.72130.28711480.26152783X-RAY DIFFRACTION98
4.7213-4.87150.2951520.24272756X-RAY DIFFRACTION99
4.8715-5.04290.28041530.23782770X-RAY DIFFRACTION99
5.0429-5.24140.25631270.23092836X-RAY DIFFRACTION99
5.2414-5.47520.26891730.22792784X-RAY DIFFRACTION99
5.4752-5.75740.26661570.232809X-RAY DIFFRACTION99
5.7574-6.10840.28771270.23432820X-RAY DIFFRACTION99
6.1084-6.56450.25391360.23022843X-RAY DIFFRACTION99
6.5645-7.1970.23861590.21542834X-RAY DIFFRACTION99
7.197-8.17540.26071610.20792806X-RAY DIFFRACTION98
8.1754-10.07580.25751470.18782832X-RAY DIFFRACTION96
10.0758-19.9930.26841450.21962924X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69860.7911-0.20782.6357-1.76560.8628-0.05620.39680.2087-0.280.3752-0.0223-0.04330.133900.70760.03320.1830.82360.10330.9297-59.79834.3914-17.9945
20.40540.26470.058-0.04320.36371.2109-0.1219-0.07390.4132-0.7923-0.1369-0.2438-0.0935-0.131901.18820.2111-0.17250.8159-0.11910.936-53.8053-24.8473-11.1479
3-0.21770.59880.37140.4403-0.113-1.48461.01621.35670.13241.5695-1.4773-0.5506-0.20760.791802.76880.5161-0.12971.38560.00631.8465-33.3516-76.443620.6647
40.2556-1.0714-0.6846-0.1236-1.02940.13030.04950.2649-0.2099-0.1712-0.0191-0.0185-0.14450.251100.94860.261-0.29050.9944-0.14411.1342-47.4494-33.98491.3959
50.47520.70691.18420.22530.5512-0.10170.96311.7783-0.0122-0.16050.46320.86640.4842-0.979103.59250.221-0.1674-0.3293-0.39891.3405-41.3742-85.18254.5171
6-0.05740.4678-0.5495-0.9176-0.72513.2979-0.06080.1884-0.0243-0.07250.2777-0.1326-0.14490.329700.9124-0.13560.17961.1552-0.19270.8257-28.357739.4652-2.2584
70.0011-0.2078-0.15741.0012-0.216-0.0206-0.2344-0.43880.09980.4923-0.0843-0.43010.06080.301600.65850.0435-0.46460.96810.08631.796-12.463-19.016926.3056
8-0.4236-0.06240.36960.0956-0.9603-1.06781.6186-1.1581.18360.0769-0.64722.7261-0.40830.7827-03.0487-0.27870.15351.1870.30342.0933-35.7324-75.131537.9806
90.1445-0.3181-0.51540.5127-0.9285-0.91840.0951-0.2146-0.2974-0.0394-0.4320.6599-0.1920.248401.17580.1484-0.42821.21580.09891.5291-12.5256-34.912833.2487
10-1.1202-0.3917-0.86770.0253-0.0969-0.4525-1.17810.0954-0.5709-0.22310.11440.0584-1.2373-0.459-02.3157-0.2829-0.20041.63-0.1522.8166-21.8759-83.186830.0971
111.0867-0.7063-1.03511.75490.83671.70940.0443-0.4107-0.0809-0.42670.0466-0.1480.23180.0985-01.0937-0.03820.3251.2297-0.10831.0961-13.255736.472765.6308
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13-0.37680.4732-0.98320.01310.2299-0.4910.4617-1.9352-0.8327-1.913-2.0738-0.3466-1.3932-0.10302.8454-0.314-0.52131.64240.09341.8375-53.6173-75.133732.6047
140.8482-0.5226-0.17180.3082-0.1863-0.8812-0.0155-0.3310.32460.3207-0.0531-0.20560.04040.1896-01.4570.0209-0.46361.4028-0.05741.3733-37.3836-30.700944.6285
151.1667-1.16250.28780.2434-0.1766-0.459-0.2321-0.3893-0.3293-0.02651.1587-0.53270.0072-0.0488-02.4458-0.2496-0.28191.8554-0.00781.9047-42.3805-74.742948.8301
160.6029-0.1022-0.4312-1.26170.86361.83320.0788-0.20010.2510.26620.12160.1953-0.0377-0.2843-01.28080.07470.19261.174-0.06660.8606-44.874542.770450.4638
171.1551-0.33050.20921.1440.0243-0.1613-0.1317-0.07320.0041-0.11670.41540.23140.47870.1459-00.77780.1358-0.23540.6672-0.06050.8634-72.2265-19.010817.0899
18-0.48420.86170.19420.38691.0613-0.38850.60450.5044-0.08380.6184-0.2286-0.4919-0.0439-0.4598-02.70750.2497-0.01891.1116-0.06272.0154-50.7762-77.333415.0309
19-0.0315-0.950.29820.2186-0.54230.47390.20530.0723-0.3862-0.12710.0461-0.00670.2091-0.144-00.86940.1737-0.23670.6495-0.03210.9705-72.9291-35.540713.0763
20-0.21750.2975-0.0588-0.12030.11440.13850.12670.062-0.58-0.20290.14070.7639-0.46120.071801.00350.28420.06230.9238-0.13912.2532-63.7339-79.758125.5162
210.39560.1279-0.47990.3230.3468-0.42290.0671-0.44070.37970.2682-0.3019-0.57570.10980.2311-00.77270.1435-0.17280.8472-0.0131.3801-48.9127-2.20137.8646
220.4107-0.631-0.23240.88930.09880.2354-0.18630.15490.08390.2560.138-0.43130.34740.3778-01.22890.113-0.5560.9409-0.18061.6337-35.3256-0.249232.7565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:382 )A6 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 391:507 )A391 - 507
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 508:635 )A508 - 635
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 636:771 )A636 - 771
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 772:814 )A772 - 814
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 6:382 )B6 - 382
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 383:507 )B383 - 507
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 508:635 )B508 - 635
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 636:771 )B636 - 771
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 772:814 )B772 - 814
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 6:381 )C6 - 381
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 390:507 )C390 - 507
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 508:635 )C508 - 635
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 636:771 )C636 - 771
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 772:814 )C772 - 814
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 6:381 )D6 - 381
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 387:507 )D387 - 507
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 508:635 )D508 - 635
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 636:771 )D636 - 771
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 772:814 )D772 - 814
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 2:86 )E2 - 86
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN F AND RESID 2:86 )F2 - 86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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