PDB-4u5c: Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial ag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u5c

タイトル

Crystal structure of GluA2, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist FW and postitive modulator (R,R)-2b complex

要素

Con-ikot-ikot
Glutamate receptor 2

キーワード

Transport protein/toxin / AMPA receptor / Transport protein-toxin complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate-gated calcium ion channel activity / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / receptor internalization / terminal bouton / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / toxin activity / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Conus striatus (ニシキミナシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.6883 Å

データ登録者

Chen, L. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism.
著者: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E.

履歴

登録	2014年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4u5c_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4u5bC 4u5dC 4u5eC 4u5fC 4u5gC 4u5hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u5e-d 4u5b-d 4u5f-d 4u5d-d 8229 4u4g-d 4u4f-d 3kg2-d 8230 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

E: Con-ikot-ikot

F: Con-ikot-ikot

ヘテロ分子

388 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.070, 364.780, 109.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and resid 8:383	A	8 - 383
2	1	1	chain B and resid 8:383	B	8 - 383
3	1	1	chain C and resid 8:383	C	8 - 383
4	1	1	chain D and resid 8:383	D	8 - 383
1	1	2	chain A and resid 393:505	A	393 - 505
2	1	2	chain B and resid 393:505	B	393 - 505
3	1	2	chain C and resid 393:505	C	393 - 505
4	1	2	chain D and resid 393:505	D	393 - 505
1	1	3	chain A and resid 635:769	A	635 - 769
2	1	3	chain B and resid 635:769	B	635 - 769
3	1	3	chain C and resid 635:769	C	635 - 769
4	1	3	chain D and resid 635:769	D	635 - 769
1	1	4	chain A and resid 523:544	A	523 - 544
2	1	4	chain C and resid 523:544	C	523 - 544
3	1	4	chain B and resid 523:544	B	523 - 544
4	1	4	chain D and resid 523:544	D	523 - 544
1	1	5	chain A and resid 610:622	A	610 - 622
2	1	5	chain B and resid 610:622	B	610 - 622
3	1	5	chain C and resid 610:622	C	610 - 622
4	1	5	chain D and resid 610:622	D	610 - 622
1	1	6	chain A and resid 790:816	A	790 - 816
2	1	6	chain B and resid 790:816	B	790 - 816
3	1	6	chain C and resid 790:816	C	790 - 816
4	1	6	chain D and resid 790:816	D	790 - 816
1	1	7	chain E and resid 1:100	E	1 - 100
2	1	7	chain F and resid 1:100	F	1 - 100

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質

Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...

分子量: 91385.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491

#2: タンパク質

Con-ikot-ikot

分子量: 9753.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Conus striatus (ニシキミナシ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB20

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-FWD / 2-AMINO-3-(5-FLUORO-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-PROPIONIC ACID / FLUORO-WILLARDIINE / 5-フルオロウィラルジイン

分子量: 217.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈FN₃O₄

#5: 化合物

ChemComp-FWF / N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide

分子量: 480.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₆N₂O₄S₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.8-6.3, 0.1 M NaCl, 5%-6% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6883→148.87 Å / Num. obs: 69997 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 116.87 Å² / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 3.6883→3.78 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

解像度: 3.6883→19.984 Å / FOM work R set: 0.8154 / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	3538	5.09 %
R_work	0.2073	66037	-
obs	0.2097	69575	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 523.79 Å² / B_iso mean: 139.79 Å² / B_iso min: 11.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.6883→19.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24271	0	180	0	24451
B_iso mean	-	-	122.84	-	-
残基数	-	-	-	-	3161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	24968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	33818
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	3843
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.362	8873

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6721	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
1	2	B	6721	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
1	3	C	6721	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
1	4	D	6721	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
2	1	A	2068	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
2	2	B	2068	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
2	3	C	2068	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
2	4	D	2068	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
3	1	A	2482	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
3	2	B	2482	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
3	3	C	2482	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
3	4	D	2482	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
4	1	A	346	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
4	2	C	346	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
4	3	B	346	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
4	4	D	346	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
5	1	A	213	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
5	2	B	213	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
5	3	C	213	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
5	4	D	213	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
6	1	A	414	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
6	2	B	414	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
6	3	C	414	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
6	4	D	414	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
7	1	E	696	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL
7	2	F	696	X-RAY DIFFRACTION	12.401	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.6883-3.7385	0.3782	137	0.3434	2449	2586	93
3.7385-3.7915	0.3769	140	0.3142	2628	2768	98
3.7915-3.8477	0.3723	138	0.301	2630	2768	100
3.8477-3.9074	0.3321	137	0.3184	2641	2778	98
3.9074-3.971	0.3378	155	0.3034	2579	2734	98
3.971-4.0389	0.2999	150	0.2606	2646	2796	100
4.0389-4.1117	0.2626	143	0.2404	2608	2751	98
4.1117-4.1901	0.2686	154	0.2309	2667	2821	99
4.1901-4.2748	0.236	151	0.2124	2622	2773	98
4.2748-4.3668	0.2796	149	0.2006	2631	2780	99
4.3668-4.4673	0.258	123	0.2047	2660	2783	99
4.4673-4.5777	0.2407	142	0.1983	2625	2767	98
4.5777-4.6999	0.226	142	0.1915	2659	2801	100
4.6999-4.8364	0.2578	138	0.1841	2635	2773	98
4.8364-4.9901	0.2309	123	0.1768	2664	2787	98
4.9901-5.1655	0.2085	130	0.1758	2686	2816	100
5.1655-5.3685	0.2063	151	0.1787	2611	2762	98
5.3685-5.6077	0.2595	117	0.1782	2694	2811	98
5.6077-5.8961	0.2299	113	0.1891	2668	2781	98
5.8961-6.2549	0.2327	166	0.1935	2647	2813	98
6.2549-6.7207	0.2841	157	0.1896	2658	2815	98
6.7207-7.3661	0.2347	150	0.1835	2646	2796	97
7.3661-8.3629	0.2281	123	0.1725	2699	2822	97
8.3629-10.2911	0.1958	135	0.1733	2656	2791	95
10.2911-19.9844	0.2595	174	0.2243	2728	2902	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8032	1.5349	-0.5539	5.8149	-2.2998	3.5482	0.0092	0.4865	0.5773	-0.3592	0.4207	0.3037	-0.2548	-0.0807	-0.3646	0.4992	-0.0325	0.1699	0.7008	0.0662	0.6995	-60.9712	33.4146	-18.8714
2	3.055	1.3258	-0.1904	4.5188	-0.4003	3.9549	-0.0377	0.7456	-0.0477	-1.0943	-0.0545	-0.6538	0.2299	0.2588	0.1027	0.6977	0.1585	-0.0735	0.6741	-0.0876	0.7968	-54.8024	-25.1197	-11.5109
3	0.5704	-0.9317	0.7356	2.2734	-0.7575	0.4047	-0.3859	0.18	-0.595	1.5897	-0.9719	-1.262	0.1404	-0.2216	1.1399	3.0802	0.2002	0.0806	1.1201	0.0082	2.6685	-34.7477	-78.9164	20.8006
4	3.2543	-0.8762	0.4592	2.5005	0.5646	2.2875	0.3094	0.4402	-0.7632	0.0664	0.051	-0.7707	0.7978	0.7303	-0.3288	0.8698	0.2583	-0.2214	0.7948	-0.2235	1.1403	-49.2135	-34.72	0.969
5	-0.0097	-0.1591	0.2762	-0.004	-0.1575	0.0543	-0.3636	-0.2009	0.1025	0.1367	0.0578	0.4137	-0.1373	-0.3036	0.0192	2.5311	0.9206	0.3158	1.0993	0.2067	2.5553	-42.7474	-87.1408	5.5307
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8	2.2212	0.4088	-0.9913	0.1057	-0.5518	0.3198	0.671	-0.8101	-0.1997	-0.4433	-0.2646	1.6912	1.1913	0.8091	-0.2623	3.0781	-0.3482	-0.0297	1.1906	0.4203	2.525	-38.236	-76.5978	38.4581
9	3.4671	-0.6338	-0.5031	5.4679	-0.9498	1.347	-0.1433	0.3828	-0.3702	-0.3528	-0.4403	0.0467	0.1126	0.709	0.4644	0.9778	0.053	-0.319	1.0029	0.1154	0.8158	-12.8927	-35.6626	32.7525
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14	4.6127	0.0033	-0.222	3.0817	-0.8122	3.3554	0.1802	-0.85	-0.6846	0.5753	-0.2026	0.4651	0.2892	0.0405	0.078	0.9325	-0.0645	-0.1819	0.7975	0.1576	0.8912	-37.9441	-30.7564	44.0701
15	0.3365	-0.1331	0.0215	0.0264	0.0092	-0.0315	-0.1572	-1.3578	-0.6979	-0.3171	-0.3249	-0.1906	1.0122	-0.5791	0.3953	2.7462	-0.4548	-0.0252	1.4918	0.323	2.2297	-48.5662	-82.9734	50.3715
16	1.7667	0.1718	-0.4104	2.9102	2.1105	4.9191	0.1781	-0.0565	0.2919	0.1249	0.0197	0.318	-0.3528	-0.7203	-0.2138	0.9294	0.0154	0.2127	1.0358	0.0652	0.6237	-45.3541	41.1569	49.7094
17	2.6721	-0.5285	-0.0398	4.7426	0.0902	2.9429	-0.1633	-0.3331	0.0792	0.7082	-0.0074	0.3765	-0.2141	0.0068	0.1368	0.6199	0.0586	-0.1699	0.4956	-0.1111	0.723	-73.9089	-19.6443	16.6446
18	1.0457	0.5237	-0.2591	0.1938	-0.2197	0.4439	-0.0426	0.362	0.2912	0.5203	-0.8931	-0.0461	0.7276	-0.9777	0.7052	3.1956	0.6453	-0.1738	1.1747	-0.0786	2.9642	-52.6208	-80.5863	15.0369
19	4.054	1.1446	0.237	4.0186	-1.083	2.5379	0.2605	-0.393	-0.7475	0.1036	-0.1145	0.0306	0.5364	-0.3961	-0.1389	0.6926	0.0006	-0.2478	0.5779	-0.0403	0.8516	-75.0178	-35.7299	12.176
20	1.7648	-0.4044	-0.3542	0.1351	0.3375	2.4605	-0.7604	-0.1758	-0.7969	0.0867	0.116	1.2246	0.2292	0.2731	0.4659	1.6772	0.1889	0.1279	1.2871	-0.0483	2.1566	-65.8756	-78.7815	24.8915
21	5.2848	-1.6337	0.3473	6.4658	-1.2174	5.2148	0.5084	-0.0532	0.2687	-0.0837	-0.4079	-0.5019	0.3064	0.5722	-0.0389	0.5716	-0.0057	-0.2921	0.5714	0.0054	0.9002	-50.4202	-3.1355	7.4394
22	5.7284	0.3447	0.3396	5.7914	-0.7999	4.7788	0.0496	-0.2424	0.3725	0.9057	-0.3368	-0.2778	-0.915	0.3969	0.1739	0.9999	-0.006	-0.5402	0.7416	-0.1236	1.329	-35.4113	-1.1286	31.5733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:382)	A	1 - 382
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 383:507)	A	383 - 507
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 508:635)	A	508 - 635
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 636:771)	A	636 - 771
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 772:817)	A	772 - 817
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:382)	B	1 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 383:507)	B	383 - 507
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 508:635)	B	508 - 635
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 636:771)	B	636 - 771
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 772:817)	B	772 - 817
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 1:382)	C	1 - 382
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 383:507)	C	383 - 507
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 508:635)	C	508 - 635
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 636:771)	C	636 - 771
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 772:817)	C	772 - 817
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 1:382)	D	1 - 382
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 383:507)	D	383 - 507
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 508:635)	D	508 - 635
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 636:771)	D	636 - 771
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 772:817)	D	772 - 817
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E)	E	0
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain F)	F	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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