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- PDB-4u5b: Crystal structure of GluA2 A622T, con-ikot-ikot snail toxin, part... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u5b
タイトルCrystal structure of GluA2 A622T, con-ikot-ikot snail toxin, partial agonist KA and postitive modulator (R,R)-2b complex
要素
  • Con-ikot-ikot
  • Glutamate receptor 2
キーワードTransport protein/toxin / AMPA receptor / Transport protein-toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...host cell postsynaptic membrane / ion channel regulator activity / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / toxin activity / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1800 / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1800 / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWF / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / Con-ikot-ikot / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Conus striatus (ニシキミナシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5037 Å
データ登録者Chen, L. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of AMPA receptor-cone snail toxin complexes illuminate activation mechanism.
著者: Chen, L. / Durr, K.L. / Gouaux, E.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
E: Con-ikot-ikot
F: Con-ikot-ikot
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,86716
ポリマ－385,1686
非ポリマー2,69910
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26960 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area139560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.520, 368.660, 109.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 91415.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491
#2: タンパク質 Con-ikot-ikot


分子量: 9753.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus striatus (ニシキミナシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB20
#3: 化合物
ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸


分子量: 213.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO4 / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-FWF / N,N'-[biphenyl-4,4'-diyldi(2R)propane-2,1-diyl]dipropane-2-sulfonamide


分子量: 480.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H36N2O4S2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.8-6.3, 0.1 M NaCl, 5%-6% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→90.44 Å / Num. obs: 79285 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 103.51 Å2 / Net I/σ(I): 7.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 3.5037→19.998 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 3281 5.03 %
Rwork0.2195 --
obs0.2216 65227 79.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5037→19.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23571 0 180 0 23751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76932959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6898401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0313810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5037-3.55570.306950.3875151X-RAY DIFFRACTION4
3.5557-3.6110.3392160.3484462X-RAY DIFFRACTION14
3.611-3.66980.3766520.3797838X-RAY DIFFRACTION25
3.6698-3.73270.4095620.3731390X-RAY DIFFRACTION41
3.7327-3.80010.4101920.31741968X-RAY DIFFRACTION58
3.8001-3.87270.34411390.31132383X-RAY DIFFRACTION71
3.8727-3.95110.39551460.30882718X-RAY DIFFRACTION82
3.9511-4.03640.28921500.27113170X-RAY DIFFRACTION93
4.0364-4.12950.28441930.25973222X-RAY DIFFRACTION97
4.1295-4.23180.23931700.24763280X-RAY DIFFRACTION97
4.2318-4.34510.24331740.2273267X-RAY DIFFRACTION97
4.3451-4.47150.2711740.22053238X-RAY DIFFRACTION96
4.4715-4.61420.23931890.21463250X-RAY DIFFRACTION96
4.6142-4.77690.25281840.20253235X-RAY DIFFRACTION96
4.7769-4.96540.24541610.19353264X-RAY DIFFRACTION96
4.9654-5.18760.22451730.19433227X-RAY DIFFRACTION95
5.1876-5.45590.22941750.19213263X-RAY DIFFRACTION95
5.4559-5.78990.261890.19963232X-RAY DIFFRACTION95
5.7899-6.22440.2691480.21223264X-RAY DIFFRACTION95
6.2244-6.8280.21971660.20523269X-RAY DIFFRACTION94
6.828-7.7650.24591750.19373259X-RAY DIFFRACTION94
7.765-9.59950.22941800.17983237X-RAY DIFFRACTION93
9.5995-19.99840.26351680.2123359X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61032.859-0.26338.7732-4.05464.06080.10850.87390.4974-0.78870.4730.4927-0.1714-0.1317-0.57810.81720.03830.22751.14650.04920.9552-60.120734.3908-18.1232
26.3153-0.88690.41918.4835-1.20919.33180.05571.47170.2908-1.9427-0.2932-0.1277-0.8163-0.02990.23691.21740.1742-0.09590.9501-0.07810.8915-54.4299-25.2191-11.1205
32.2921-1.0314-0.13436.8304-0.30591.1389-0.20091.0231-0.82691.2541-0.36120.08210.50570.2080.62422.11210.3271-0.22661.18690.03242.3327-34.221-77.101720.0856
47.7404-2.97372.16025.2619-0.81853.31160.33340.2215-0.7359-0.4354-0.0596-0.67310.39170.3578-0.33321.0050.161-0.13850.9173-0.05290.9365-48.1271-34.31341.453
54.90961.25812.46040.33350.24343.33511.21840.6459-2.072-1.5375-0.60930.21750.9466-0.4585-0.60212.56850.2269-0.11251.252-0.26081.7413-43.2172-84.60754.7385
62.10250.2628-0.50823.9071-3.0147.1410.1180.09110.23010.01430.1313-0.4349-0.46990.5027-0.27540.9482-0.05380.23471.1656-0.3030.901-28.479139.2475-2.3437
72.92070.2978-0.37017.3851-1.79085.1807-0.0399-0.35880.17630.1865-0.3746-1.5716-0.4950.97070.35250.78220.0173-0.29911.09380.18491.3726-12.9261-19.335526.3069
81.6067-1.27041.36136.0027-1.2936-0.25620.88840.70240.83180.680.56223.2980.03080.3115-1.40072.144-0.0948-0.15521.23330.39721.9806-35.9248-76.135238.0108
95.7699-4.1011.03827.9437-2.22122.19820.48990.1256-1.1271-0.3216-0.5228-0.00710.48050.52340.07810.92820.0591-0.32531.11770.06921.2919-12.877-35.221633.2723
100.50091.8995-1.30472.0043-1.77351.3473-0.9089-0.2114-0.7946-0.24911.1874-0.23180.106-0.5278-0.21171.6738-0.0673-0.30971.47930.00242.754-23.8852-81.486828.4025
113.9263-2.0292-0.18557.28551.91754.62860.0533-0.5608-0.1607-0.42380.0517-0.42570.22560.2957-0.08211.0449-0.06040.49731.2652-0.10131.0622-13.319536.370865.6621
123.03393.3118-0.32467.44863.21154.75020.0771-0.91690.69991.2367-0.33450.6983-0.43910.33370.30021.48540.24-0.41181.3998-0.10121.1154-31.588-20.281555.3115
137.60583.0591-1.3512.0723-2.3722-0.63180.4922-1.9866-1.2121-1.3309-1.37710.77790.6456-0.31360.60122.2544-0.2721-0.28361.25610.22532.1659-54.6622-75.774832.7524
147.62061.80262.28213.59680.14223.01250.2463-0.7866-0.87630.8558-0.1223-0.6040.22280.2155-0.09111.10930.0685-0.22350.97630.02290.9588-37.9099-30.907244.6837
158.3382-2.6976-0.91090.85651.03413.30880.023-0.6127-0.64722.5210.318-2.5187-0.78310.0421-0.1352.17570.1184-0.60461.3718-0.13251.3673-43.062-75.425748.6722
163.699-0.1754-0.27283.74193.75926.33020.1686-0.43510.47780.3913-0.01430.5343-0.5825-0.6338-0.17661.34410.0970.30971.1560.13430.8662-45.132642.738850.5022
174.55810.9482-0.70178.62110.17913.32550.0012-0.4330.10340.49590.09140.4649-0.3201-0.1762-0.0640.7160.0878-0.20530.7607-0.09420.879-73.138-19.756116.9278
181.5732-0.26520.0463-0.11480.2771-0.88870.0183-0.34920.05290.71970.1266-0.91630.3153-0.3957-0.25282.3580.2102-0.33791.144-0.18952.5865-53.1035-77.810615.0035
195.50181.61410.68196.092-1.30573.03470.3558-0.1497-1.1744-0.0637-0.05860.47610.631-0.465-0.32170.83440.1083-0.14870.9204-0.08171.0174-73.8243-35.800813.0468
20-0.0545-0.82640.43773.3176-1.05950.95550.18190.1421-1.30820.76790.1104-1.11460.6476-0.2532-0.4281.69130.14620.0531.6084-0.02763.4967-65.2571-81.080925.3975
218.1381-3.6687-1.65788.285-3.58985.7608-0.0284-0.00820.74920.2168-0.556-0.9068-0.33290.92210.53930.81870.013-0.3070.8627-0.03841.3273-49.5361-2.46787.9026
227.24120.6598-1.76669.61823.44912.5725-0.3281-0.24560.99330.89370.183-0.5782-0.90790.3190.17811.410.0291-0.63171.00510.03151.4475-35.785-0.462132.8384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:382)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 383:507)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 508:635)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 636:771)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 772:817)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:382)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 383:507)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 508:635)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 636:771)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 772:817)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 1:382)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 383:507)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 508:635)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 636:771)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 772:817)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 1:382)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 383:507)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 508:635)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 636:771)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 772:817)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain E)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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