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- PDB-4u4x: Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J-L483Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u4x
タイトルCrystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J-L483Y-N754S) in complex with glutamate and BPAM37 at 1.56 A resolution.
要素Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / BPAM37 ALLOSTERIC MODULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3C2 / ACETATE ION / GLUTAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Noerholm, A.B. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Positive Allosteric Modulators of 2-Amino-3-(3-hydroxy-5-methylisoxazol-4-yl)propionic Acid Receptors Belonging to 4-Cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-pyridothiadiazine Dioxides and ...タイトル: Positive Allosteric Modulators of 2-Amino-3-(3-hydroxy-5-methylisoxazol-4-yl)propionic Acid Receptors Belonging to 4-Cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-pyridothiadiazine Dioxides and Diversely Chloro-Substituted 4-Cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-Dioxides.
著者: Francotte, P. / Nrholm, A.B. / Deva, T. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Challal, S. / Thomas, J.Y. / Iop, F. / Louis, C. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. ...著者: Francotte, P. / Nrholm, A.B. / Deva, T. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Challal, S. / Thomas, J.Y. / Iop, F. / Louis, C. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. / Danober, L. / Kastrup, J.S. / Pirotte, B.
#1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis, pharmacological and structural characterization, and thermodynamic aspects of GluA2-positive allosteric modulators with a 3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide scaffold.
著者: Noerholm, A.B. / Francotte, P. / Olsen, L. / Krintel, C. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Challal, S. / Danober, L. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. / Pirotte, B. / Kastrup, J.S.
#2: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2012
タイトル: Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
著者: Krintel, C. / Frydenvang, K. / Olsen, L. / Kristensen, M.T. / de Barrios, O. / Naur, P. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,41520
ポリマ－58,4892
非ポリマー1,92618
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.290, 121.569, 47.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2 / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29244.678 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 413-527, UNP residues 653-796 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI 2 / 参照: UniProt: P19491

-
非ポリマー , 7種, 608分子

#2: 化合物 ChemComp-3C2 / 4-ethyl-3,4-dihydro-2H-pyrido[3,2-e][1,2,4]thiadiazine 1,1-dioxide


分子量: 213.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N3O2S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 24% PEG4000, 0.1 M ammoniumsulfate, 0.1 M phosphate-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→121.569 Å / Num. all: 81474 / Num. obs: 81474 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.12 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 10.059 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 310291
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.56-1.643.80.3411.844476117660.2020.3413.5100
1.64-1.743.80.2223.542565111660.1290.2224.9100
1.74-1.863.80.1414.540117104850.0820.1417.1100
1.86-2.013.80.0937.13750298070.0540.09310.9100
2.01-2.213.80.05712.13478290490.0330.05715.8100
2.21-2.473.80.0515.83125882220.0310.05119.6100
2.47-2.853.80.03912.82764872720.0230.03923.3100
2.85-3.493.80.03217.62362761720.0180.03229.299.8
3.49-4.933.80.02423.41846548340.0130.0243599.3
4.93-29.0363.60.01930985127010.0110.01931.496.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LB8, molA

1lb8


解像度: 1.56→29.036 Å / FOM work R set: 0.8946 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1749 4083 5.02 %
Rwork0.1497 77304 -
obs0.151 81387 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.9 Å2 / Biso mean: 24.98 Å2 / Biso min: 9.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→29.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4072 0 192 590 4854
Biso mean--40.49 33.23 -
残基数----522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2525843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5921663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.56-1.57840.24461500.212626472797100
1.5784-1.59760.20541100.202526312741100
1.5976-1.61780.23031270.196426552782100
1.6178-1.63910.25211370.184626582795100
1.6391-1.66160.2151360.185726252761100
1.6616-1.68530.21841510.178526422793100
1.6853-1.71040.22961280.173426322760100
1.7104-1.73720.19151590.16526262785100
1.7372-1.76560.1991370.161926472784100
1.7656-1.79610.18261340.162226602794100
1.7961-1.82870.16171390.159626362775100
1.8287-1.86390.20761150.1626702785100
1.8639-1.90190.1741640.166126572821100
1.9019-1.94330.19791420.161926172759100
1.9433-1.98850.17631270.161426822809100
1.9885-2.03820.20071400.154926462786100
2.0382-2.09330.18411340.146826842818100
2.0933-2.15490.16821630.144526452808100
2.1549-2.22440.16311400.141326562796100
2.2244-2.30390.17311410.149426532794100
2.3039-2.39610.15411490.139526722821100
2.3961-2.50510.18711520.140526832835100
2.5051-2.63710.15421430.143526812824100
2.6371-2.80220.17151490.143826722821100
2.8022-3.01830.17661230.148827122835100
3.0183-3.32170.17691590.142926862845100
3.3217-3.80140.15231400.13882714285499
3.8014-4.78590.14341520.11822723287599
4.7859-29.04090.18321420.16332792293496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15060.044-0.29561.555-0.33162.10490.0978-0.050.2076-0.0788-0.0049-0.1192-0.31240.1551-0.06830.1505-0.03190.03340.0964-0.01350.1358-19.81716.944314.5713
24.5745-0.0087-0.83281.87380.07822.91920.08190.18240.0263-0.1296-0.0010.2499-0.1001-0.339-0.08140.11280.037-0.00840.09790.02080.0967-32.1095-1.13368.1817
30.4683-0.0149-0.38840.5655-0.08572.26420.00080.0199-0.0122-0.05230.00150.01370.0059-0.06560.00340.09040.001-0.00940.0914-0.00340.1203-28.8201-8.89919.0662
42.85160.6676-0.98523.56560.20163.2326-0.08660.1555-0.25250.04760.00030.22640.223-0.25270.0680.0561-0.0217-0.00180.1319-0.01920.1823-40.8468-13.554227.262
53.54690.3292-0.52461.63110.24021.52480.00920.0882-0.021-0.0254-0.04180.62610.111-0.31570.02480.068-0.0159-0.00180.1652-0.00980.232-45.2998-10.984426.2668
64.14141.5065-1.443.486-0.49644.3730.1679-0.03050.20320.3501-0.06760.3781-0.3128-0.3473-0.08240.12360.02730.0260.108-0.00810.1841-38.99620.843934.3375
71.1868-0.7553-1.14053.35411.75912.9238-0.0354-0.10630.03530.2020.1352-0.16540.00740.1526-0.10520.1080.0055-0.01210.11440.00680.1071-29.0825-5.383232.3924
82.9097-0.84630.8532.1536-0.89794.11180.01510.31920.0244-0.2037-0.0715-0.1590.06720.30610.02970.11160.00730.01980.0894-0.02080.1252-16.4818-8.9549.9482
92.8778-1.8395-4.8443.07813.33118.1793-0.0227-0.47580.15520.16990.2653-0.15080.05240.6363-0.26640.1256-0.0116-0.02830.2085-0.02950.1907-15.0403-0.647529.0641
101.56390.5737-0.08352.720.56220.65520.0148-0.0186-0.1431-0.031-0.0949-0.08110.10210.01240.0420.23490.04050.04050.11030.00190.1097-15.5131-39.468816.0992
111.2154-0.45370.32143.0153-0.69752.00010.01680.0844-0.1246-0.1696-0.06770.18140.07270.01430.00560.2243-0.01270.01110.0927-0.00540.1181-21.5944-40.206414.6172
121.24470.30320.09971.03270.13361.8611-0.0280.02890.0136-0.1251-0.0317-0.1180.22340.30180.0350.15150.06290.02890.14250.03080.1162-8.5434-26.677414.2107
132.8525-0.4014-0.33882.0472-0.72592.024-0.0412-0.31550.01770.1206-0.2845-0.45310.20130.59080.17110.14090.0645-0.00170.32570.08140.2197-1.12-24.3729.4585
142.5864-0.19610.21792.1117-0.00692.6958-0.03290.27960.1164-0.2478-0.00790.07560.13510.06590.03550.14180.0078-0.00530.07920.02080.0998-21.826-23.34789.3906
153.2725-0.13151.55332.6899-1.37594.64720.0052-0.3806-0.14390.37480.0236-0.0510.2453-0.0157-0.16050.2509-0.00340.04050.13950.02090.1345-24.4918-31.574227.7977
161.1378-0.3344-0.11890.87680.14220.7899-0.0518-0.0203-0.0060.01790.028-0.00780.08960.10360.03120.1283-0.00520.00330.12090.00570.0573-19.4388-16.363419.4729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 47 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 79 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 123 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 152 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 153 through 173 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 174 through 187 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 188 through 217 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 218 through 244 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 245 through 263 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 22 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 23 through 47 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 48 through 123 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 124 through 217 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 218 through 243 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 244 through 262 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 2 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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