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Yorodumi- PDB-4u4s: Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J-L483Y... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4u4s | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J-L483Y-N754S) in complex with glutamate and BPAM25 at 1.90 A resolution. | ||||||
Components | Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / ALLOSTERIC MODULATION / BPAM25 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationspine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / cellular response to amine stimulus / perisynaptic space / Activation of AMPA receptors / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / response to lithium ion / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / cellular response to amine stimulus / perisynaptic space / Activation of AMPA receptors / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / response to lithium ion / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor activity / cellular response to glycine / AMPA glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / immunoglobulin binding / asymmetric synapse / ionotropic glutamate receptor complex / conditioned place preference / regulation of receptor recycling / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of long-term synaptic depression / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / dendrite membrane / ionotropic glutamate receptor binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / dendritic shaft / SNARE binding / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / postsynaptic density membrane / cerebral cortex development / modulation of chemical synaptic transmission / receptor internalization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / signaling receptor activity / presynapse / amyloid-beta binding / growth cone / presynaptic membrane / scaffold protein binding / perikaryon / dendritic spine / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein kinase binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Noerholm, A.B. / Deva, T. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2014Title: Positive Allosteric Modulators of 2-Amino-3-(3-hydroxy-5-methylisoxazol-4-yl)propionic Acid Receptors Belonging to 4-Cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-pyridothiadiazine Dioxides and Diversely ...Title: Positive Allosteric Modulators of 2-Amino-3-(3-hydroxy-5-methylisoxazol-4-yl)propionic Acid Receptors Belonging to 4-Cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-pyridothiadiazine Dioxides and Diversely Chloro-Substituted 4-Cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-Dioxides. Authors: Francotte, P. / Nrholm, A.B. / Deva, T. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Challal, S. / Thomas, J.Y. / Iop, F. / Louis, C. / Botez-Pop, I. / Lestage, ...Authors: Francotte, P. / Nrholm, A.B. / Deva, T. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Challal, S. / Thomas, J.Y. / Iop, F. / Louis, C. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. / Danober, L. / Kastrup, J.S. / Pirotte, B. #1: Journal: J. Med. Chem. / Year: 2013Title: Synthesis, pharmacological and structural characterization, and thermodynamic aspects of GluA2-positive allosteric modulators with a 3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide scaffold. Authors: Noerholm, A.B. / Francotte, P. / Olsen, L. / Krintel, C. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Challal, S. / Danober, L. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. / Pirotte, B. / Kastup, J.S. #2: Journal: Biochem. J. / Year: 2012Title: Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2. Authors: Krintel, C. / Frydenvang, K. / Olsen, L. / Kristensen, M.T. / de Barrios, O. / Naur, P. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 4u4s.cif.gz | 230.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4u4s.ent.gz | 184.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4u4s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4u4s_validation.pdf.gz | 511.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4u4s_full_validation.pdf.gz | 516.6 KB | Display | |
| Data in XML | 4u4s_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 4u4s_validation.cif.gz | 37.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4s | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4u4xC ![]() 1lb8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 29244.678 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 413-527, UNP residues 653-796 / Mutation: yes Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: AMPA RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN, GLUA2 S1S2J-L483Y-N754S, UNP RESIDUES 413-527 AND 653-796; CRYSTALLIZED WITH ALLOSTERIC MODULATOR BPAM-25. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED ...Details: AMPA RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN, GLUA2 S1S2J-L483Y-N754S, UNP RESIDUES 413-527 AND 653-796; CRYSTALLIZED WITH ALLOSTERIC MODULATOR BPAM-25. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (118-119). THE FIRST TWO RESIDUES (GLY, ALA) ARE CLONING REMNANTS. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 424 molecules 














| #2: Chemical | | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-PEG / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.79 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 280 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 22% PEG4000, 0.2 M ammoniumsulfate, 0.1 M phosphate-citrate. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.9→34.87 Å / Num. all: 45062 / Num. obs: 45062 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 5.736 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 210081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1LB8, mol A Resolution: 1.9→34.014 Å / FOM work R set: 0.8634 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.08 / Phase error: 19.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 95.31 Å2 / Biso mean: 21.28 Å2 / Biso min: 4.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→34.014 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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