PDB-4u3w: X-ray crystal structure of 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u3w

タイトル

X-ray crystal structure of 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia

要素

2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase aminomuconate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9501 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystal structure of 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia
著者: Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u3w.cif.gz	395.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u3w.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u3w_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u3w_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	4u3w_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	4u3w_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e4gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oub-d 5klk-d 5kj5-d 7bzv-1 4npi-d 5kll-d 5klo-d 4oe2-d 4i25-d 5klm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00020.k TargetTrack: BuceA.00020.k

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

B: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.750, 87.690, 111.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 128.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ARG	ARG	chain A	A	A	12 - 496	21 - 505
2	GLN	GLN	chain B	B	B	13 - 496	22 - 505

#1: タンパク質	2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 54428.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: nbaE, BCAM2132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EFS9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus well A6 - 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.03 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 89287 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.47 % / B_iso Wilson estimate: 30.07 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 399625

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2		4.54	0.86	0.539	2.68	29946	6608	6584	0.612	99.6
2-2.06			0.916	0.397	3.6	29159	6447	6425	0.451	99.7
2.06-2.12			0.95	0.313	4.54	28192	6231	6214	0.356	99.7
2.12-2.18			0.958	0.261	5.53	27469	6075	6054	0.297	99.7
2.18-2.25			0.976	0.203	6.94	26653	5901	5876	0.231	99.6
2.25-2.33			0.981	0.167	8.37	25716	5693	5676	0.19	99.7
2.33-2.42			0.988	0.134	10.3	24858	5518	5494	0.153	99.6
2.42-2.52			0.99	0.116	11.63	23742	5280	5259	0.132	99.6
2.52-2.63			0.991	0.096	14	23019	5129	5104	0.11	99.5
2.63-2.76			0.994	0.08	16.19	21617	4834	4826	0.091	99.8
2.76-2.91			0.995	0.069	18.65	20647	4646	4618	0.078	99.4
2.91-3.08			0.996	0.058	22.3	19428	4390	4371	0.066	99.6
3.08-3.3			0.997	0.049	25.46	18113	4144	4120	0.056	99.4
3.3-3.56			0.997	0.044	28.71	16550	3814	3802	0.05	99.7
3.56-3.9			0.998	0.039	31.33	15318	3540	3520	0.045	99.4
3.9-4.36			0.998	0.037	33.37	13989	3227	3211	0.042	99.5
4.36-5.03			0.998	0.033	35.1	12339	2839	2822	0.038	99.4
5.03-6.17			0.998	0.033	34.26	10682	2444	2425	0.038	99.2
6.17-8.72			0.998	0.031	35.26	8099	1868	1855	0.035	99.3
	8.72		0.998	0.03	35	4089	1079	1031	0.034	95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: dev_1738)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E4G

4e4g

解像度: 1.9501→43.845 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2019	4394	4.92 %	RANDOM
R_work	0.1657	84864	-	-
obs	0.1675	89258	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.87 Å² / B_iso mean: 38.5573 Å² / B_iso min: 18.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9501→43.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7272	0	10	731	8013
B_iso mean	-	-	44.11	44.14	-
残基数	-	-	-	-	969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	7557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.461	10323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1174
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.602	2685

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4150	X-RAY DIFFRACTION	4.715	TORSIONAL
1	2	B	4150	X-RAY DIFFRACTION	4.715	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9501-1.9722	0.2732	137	0.2422	2841	2978	100
1.9722-1.9954	0.328	130	0.2297	2805	2935	100
1.9954-2.0198	0.2513	130	0.2143	2835	2965	100
2.0198-2.0453	0.2342	146	0.211	2827	2973	100
2.0453-2.0723	0.2649	161	0.2065	2769	2930	100
2.0723-2.1006	0.2263	138	0.2009	2834	2972	100
2.1006-2.1307	0.2584	142	0.198	2821	2963	100
2.1307-2.1625	0.265	168	0.1942	2792	2960	100
2.1625-2.1962	0.2274	136	0.1915	2846	2982	100
2.1962-2.2323	0.2571	134	0.1797	2828	2962	100
2.2323-2.2707	0.2247	166	0.1782	2788	2954	100
2.2707-2.312	0.2189	147	0.1702	2843	2990	100
2.312-2.3565	0.2014	140	0.1634	2807	2947	100
2.3565-2.4046	0.2046	163	0.1594	2814	2977	100
2.4046-2.4569	0.1977	146	0.1713	2814	2960	100
2.4569-2.514	0.2328	136	0.166	2815	2951	100
2.514-2.5769	0.223	137	0.1642	2835	2972	100
2.5769-2.6466	0.2115	141	0.1619	2838	2979	100
2.6466-2.7244	0.2118	167	0.1694	2809	2976	100
2.7244-2.8123	0.2238	161	0.1741	2813	2974	100
2.8123-2.9128	0.2137	140	0.1796	2832	2972	100
2.9128-3.0294	0.2359	128	0.18	2863	2991	100
3.0294-3.1673	0.226	152	0.1768	2835	2987	100
3.1673-3.3342	0.2101	148	0.1769	2807	2955	100
3.3342-3.543	0.2239	164	0.1735	2849	3013	100
3.543-3.8164	0.2004	143	0.1633	2825	2968	100
3.8164-4.2002	0.1565	152	0.1442	2848	3000	100
4.2002-4.8073	0.1535	156	0.1258	2846	3002	100
4.8073-6.0542	0.1557	138	0.1458	2878	3016	100
6.0542-43.8561	0.1646	147	0.1531	2907	3054	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7464	0.365	-0.2377	1.1556	0.5161	2.0716	-0.0702	0.0007	-0.0582	-0.0761	-0.0569	0.1962	-0.2407	-0.4497	-0.0416	0.2258	0.0969	-0.0216	0.2674	-0.0795	0.202	53.1161	2.8082	14.4547
2	1.2041	-0.9871	-0.6888	0.9917	0.6077	0.4823	-0.0086	0.0292	0.0112	-0.0275	0.0243	-0.0187	-0.1701	0.0381	-0.0018	0.3272	0.0484	-0.0058	0.3305	-0.035	0.288	52.371	11.7107	26.5069
3	0.8835	-0.2881	-0.2801	1.7247	1.0099	1.7983	0.0416	0.0115	0.0853	-0.2857	0.1768	-0.1093	-0.3631	0.4576	-0.1341	0.2546	-0.1047	0.0454	0.4101	-0.039	0.2379	79.6827	18.9489	31.1291
4	2.0912	-0.747	0.7773	-0.4888	-0.2253	-0.288	0.0661	0.0131	0.1553	-0.0852	0.0563	-0.0923	-0.3071	0.1452	-0.113	0.503	0.0157	0.0611	0.545	-0.0454	0.4527	52.5486	24.6557	32.8908
5	2.2868	-0.2388	0.8182	1.3332	-0.3536	1.0579	-0.7577	-0.096	0.6686	0.2394	0.1495	-0.4053	-1.122	0.3378	-0.4202	0.4141	-0.2665	-0.0773	0.199	0.1194	0.3391	54.5175	56.356	21.7215
6	1.2459	-0.8424	0.9911	0.813	-0.6378	1.8959	-0.186	-0.0932	0.0317	0.0782	0.1355	0.0168	-0.1953	-0.1539	0.103	0.2972	-0.0939	-0.0069	0.2591	-0.0081	0.2519	50.9125	44.2868	30.2576
7	2.0727	0.7498	0.8445	0.3705	0.2158	0.3194	-0.1359	0.2482	-0.1269	-0.0929	0.0996	-0.2312	-0.1809	0.2807	0.0308	0.3822	-0.0166	0.0111	0.4337	0.0486	0.3818	45.2966	40.7528	17.1254
8	1.0768	0.1393	0.4094	0.9436	0.015	2.039	-0.1571	-0.0579	0.0067	-0.0775	0.0513	-0.0018	-0.0684	0.0571	0.0932	0.1806	0.0743	0.0166	0.1565	0.0314	0.1552	26.0159	38.9131	11.7089
9	3.8368	-1.6223	2.3628	-0.3153	-0.7505	0.705	-0.107	-0.0134	0.034	-0.0187	0.127	-0.0229	-0.157	-0.1036	0.0423	0.4989	-0.0449	-0.0148	0.4972	0.0381	0.4182	47.9596	33.4554	31.3663

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 71 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 252 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 253 through 453 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 454 through 496 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 101 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 102 through 206 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 207 through 299 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 300 through 453 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 454 through 496 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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