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- PDB-5klm: Crystal structure of 2-hydroxymuconate-6-semialdehyde derived int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5klm
タイトルCrystal structure of 2-hydroxymuconate-6-semialdehyde derived intermediate in NAD(+)-bound 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase N169D
要素2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase / kynurenine pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Yang, Y. / Davis, I. / Ha, U. / Wang, Y. / Shin, I. / Liu, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Pitcher-and-Catcher Mechanism Drives Endogenous Substrate Isomerization by a Dehydrogenase in Kynurenine Metabolism.
著者: Yang, Y. / Davis, I. / Ha, U. / Wang, Y. / Shin, I. / Liu, A.
履歴
登録2016年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
B: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
C: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
D: 2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,33812
ポリマ－224,5924
非ポリマー2,7468
水15,565864
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20940 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area59050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.378, 141.958, 171.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
2-aminomuconate 6-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 56148.027 Da / 分子数: 4 / 変異: N169D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nbaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83V33
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 864 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.08 M Na2HPO4 pH 9.1, 14% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 124700 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 42.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.047 / Net I/av σ(I): 20.206 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 989770
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.1-2.1880.962123050.7890.3640.45100
2.18-2.268.20.701123720.8630.2620.5171000.749
2.26-2.378.30.53123480.9080.1970.591000.566
2.37-2.498.30.404123960.9370.150.6831000.431
2.49-2.658.30.31124170.9530.1160.8631000.331
2.65-2.858.20.236124240.970.0891.0381000.252
2.85-3.148.10.17124870.9830.0651.361000.182
3.14-3.597.90.128124950.9880.051.8731000.137
3.59-4.527.20.088125760.9920.0362.01799.70.095
4.52-506.90.055128800.9960.0241.25998.80.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix.refine: 1.7.3_928精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I26

4i26


解像度: 2.102→45.617 Å / FOM work R set: 0.827 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 2000 1.61 %
Rwork0.1851 122601 -
obs0.1858 124601 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.576 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.51 Å2 / Biso mean: 46.13 Å2 / Biso min: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3622 Å2-0 Å20 Å2
2---7.2281 Å20 Å2
3---10.5903 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.102→45.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14685 0 180 864 15729
Biso mean--51.33 51.33 -
残基数----1932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09720687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.175394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.102-2.15460.32641250.25457666779187
2.1546-2.21280.28711430.237487278870100
2.2128-2.2780.30331430.224987558898100
2.278-2.35150.29451420.223287778919100
2.3515-2.43550.26881430.208787548897100
2.4355-2.5330.26171440.208888048948100
2.533-2.64830.27251430.200787788921100
2.6483-2.78790.26161440.215488338977100
2.7879-2.96250.25881440.20988258969100
2.9625-3.19120.23831440.192688238967100
3.1912-3.51230.22481450.182788739018100
3.5123-4.02020.20161450.16488999044100
4.0202-5.0640.1971460.15148916906299
5.064-45.62760.20781490.18339171932099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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