PDB-4u3q: Crystal Structure of Recombinant TP0435 from Treponema pallidum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u3q

タイトル

Crystal Structure of Recombinant TP0435 from Treponema pallidum

要素

17 kDa lipoprotein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / lipoprotein / disulfide-linked dimer / beta barrel

機能・相同性

Lipocalin - #640 / Copper resistance lipoprotein NlpE / NlpE N-terminal domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / plasma membrane / 17 kDa lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Insights into the potential function and membrane organization of the TP0435 (Tp17) lipoprotein from Treponema pallidum derived from structural and biophysical analyses.
著者: Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Norgard, M.V.

履歴

登録	2014年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u3q.cif.gz	124.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u3q.ent.gz	98.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qf2-d 1aj4-d 4ey0-3 1t2h-d 1czp-d 1lxd-d 6er7-3 3ogf-d 6ha7-2 2ipr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 17 kDa lipoprotein

B: 17 kDa lipoprotein

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.682, 85.682, 85.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	17 kDa lipoprotein 分子量: 13123.013 Da / 分子数: 2 / 断片: soluble domain (UNP residues 33-154) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) 株: Nichols / 遺伝子: tpp17, TP_0435 / プラスミド: pE-SUMOpro / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29722
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97912 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 9033 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 61.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 1.244 / Net I/av σ(I): 40.061 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 48918

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	4.2	0.549	1.75	419	0.715	89.1
2.44-2.49	4.5	0.454		427	0.668	96.4
2.49-2.53	4.8	0.427		440	0.682	98.4
2.53-2.59	5.2	0.401		488	0.722	100
2.59-2.64	5.5	0.376		428	0.693	100
2.64-2.7	5.6	0.31		471	0.776	100
2.7-2.77	5.6	0.214		436	0.807	100
2.77-2.85	5.6	0.183		483	0.864	100
2.85-2.93	5.7	0.132		438	0.86	100
2.93-3.02	5.7	0.111		468	0.904	100
3.02-3.13	5.7	0.092		447	0.972	100
3.13-3.26	5.7	0.073		454	0.99	100
3.26-3.41	5.6	0.059		448	1.3	100
3.41-3.58	5.7	0.05		461	1.394	100
3.58-3.81	5.6	0.049		458	1.663	100
3.81-4.1	5.6	0.045		452	2.017	100
4.1-4.52	5.5	0.038		446	2.185	100
4.52-5.17	5.4	0.036		463	2.133	100
5.17-6.51	5.5	0.034		448	2.048	100
6.51-50	5.7	0.031		458	2.062	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LHN

3lhn

解像度: 2.4→37.002 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	896	9.93 %	RANDOM
R_work	0.2307	8128	-	-
obs	0.2352	9024	99.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.66 Å² / B_iso mean: 82.8921 Å² / B_iso min: 44.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→37.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1473	0	0	1	1474
B_iso mean	-	-	-	44.68	-
残基数	-	-	-	-	192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	1999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.789	556

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.5548	0.376	154	0.3331	1294	1448	95
2.5548-2.752	0.3789	150	0.3227	1376	1526	100
2.752-3.0288	0.3201	153	0.2727	1368	1521	100
3.0288-3.4668	0.2965	158	0.2639	1345	1503	100
3.4668-4.3667	0.236	139	0.2098	1373	1512	100
4.3667-37.0062	0.2531	142	0.2008	1372	1514	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8133	-0.5937	-0.644	5.307	-2.7846	1.7516	0.1561	0.9151	0.1356	-0.5814	-0.1881	0.2233	0.3535	-0.6498	-0.0641	0.6027	0.0498	0.0532	0.7892	0.0119	0.6594	-1.1298	-16.7848	-48.7545
2	2.9079	-0.1162	-1.6258	6.2912	2.2215	4.268	0.2064	-0.0239	0.4137	0.8285	0.1342	-0.3091	0.5172	-0.1043	-0.3325	0.8324	0.0228	0.0301	0.5218	0.0595	0.6074	4.2345	-16.9656	-36.5455
3	2.0115	1.9964	6.9325	9.0692	-7.1967	6.6117	1.2784	1.2196	-3.0982	0.0096	-1.727	1.0182	1.8227	0.1404	-0.4571	0.7515	-0.1105	0.1625	0.9139	-0.1646	2.009	-10.018	-24.6986	-47.0367
4	7.489	-1.1232	1.4359	6.4243	-2.5162	8.708	0.1173	-0.8983	-0.7694	0.8053	-0.6724	-0.4811	2.8437	-0.6685	0.7284	0.8703	0.0915	0.1805	0.5717	-0.0449	0.9495	-0.6525	-23.9974	-37.135
5	2.0725	-3.0757	2.547	7.9048	-5.578	6.8104	-0.0359	-0.0434	0.0261	0.3995	-0.6476	0.0595	-0.0338	-0.7124	0.1603	0.8724	0.0526	0.0862	0.7045	0.1658	0.5769	-5.6398	-20.2017	-38.4225
6	6.4456	1.0055	3.3569	6.117	2.0302	2.1273	-1.7481	0.4271	-0.7207	-0.507	-0.7233	0.4923	1.0952	-0.9842	2.0894	0.666	-0.0203	0.1642	0.6156	0.0975	0.9043	-6.6644	-12.2792	-43.3398
7	1.0481	-1.06	1.0341	3.9653	3.6529	8.5755	0.0169	-0.0882	-2.2124	0.0282	-0.5704	-0.3221	1.1883	-1.7605	0.2637	0.5637	-0.2018	0.1887	0.8871	0.2111	1.222	-14.2313	-14.8573	-33.7908
8	9.6829	-1.2664	-4.119	4.7497	1.0794	8.1094	-0.9834	0.2169	0.4469	-0.0452	0.3963	0.0027	0.3833	-0.4109	0.9878	0.7083	0.0132	-0.0727	0.5463	0.0655	0.6941	-4.8366	-7.3949	-39.873
9	2.444	-1.8574	0.676	6.5913	-0.7377	0.1875	0.2824	-1.2401	0.6043	1.0857	-0.03	0.8488	0.3014	-0.6278	-0.2812	0.8555	-0.0354	0.1034	1.0236	0.1038	0.5848	6.5079	-20.3942	-59.6216
10	7.8763	-0.7834	3.5625	7.33	1.3719	3.7715	0.069	-0.1667	-0.4108	-0.2003	-0.3231	0.7297	0.3612	0.0217	0.3158	0.5213	0.0757	0.0754	0.5712	-0.062	0.5759	-2.2579	-13.9708	-74.9984
11	3.4632	-0.7301	0.5666	3.0961	0.7	5.3428	0.5055	0.6832	-2.535	-0.3309	-0.1227	1.8934	0.3875	-0.2068	0.2566	0.7531	0.0622	-0.0045	0.773	-0.2313	1.5196	-1.3157	-22.3376	-74.8931
12	8.2612	2.4434	-4.5513	2.7756	1.5735	6.9607	0.4008	-0.6171	-1.8867	-0.4484	0.0459	0.3249	1.1763	0.9457	-0.2241	0.7838	0.1273	0.0664	0.4632	0.0724	1.017	8.6953	-23.3883	-70.2085
13	3.9984	-1.412	4.0434	1.473	-1.9454	5.6349	-0.1553	0.024	0.6403	0.5454	-0.8865	0.8694	0.8059	0.4197	0.75	0.6108	0.1168	0.2537	0.7864	-0.196	0.7646	5.9716	-19.3761	-74.9862
14	6.0361	1.7468	0.02	5.7544	2.1906	2.3212	-0.5182	-0.3203	0.3471	-0.199	0.8439	-0.1249	-0.2196	0.3602	-0.636	0.7023	0.0278	-0.0335	0.5909	0.0218	0.5965	7.9783	-11.562	-69.5107
15	4.7981	0.0144	-0.379	4.155	0.3797	3.9759	0.023	0.039	0.6356	-0.4474	0.2232	0.0738	-0.2985	-0.0577	-0.2296	0.7244	0.0132	-0.0523	0.5852	-0.1397	0.6269	10.8807	-9.4523	-75.4461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 28 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 73 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 78 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 84 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 94 through 100 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 110 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 111 through 121 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 122 through 130 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 20 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 21 through 64 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 65 through 73 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 74 through 83 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 84 through 100 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 101 through 110 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 111 through 130 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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