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- PDB-4u3d: LpxC from A.Aaeolicus in complex with 4-[[4-[2-[4-(morpholinometh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u3d
タイトルLpxC from A.Aaeolicus in complex with 4-[[4-[2-[4-(morpholinomethyl)phenyl]ethynyl]phenoxy]methyl]tetrahydropyran-4-carbohydroxamic acid (compound 9)
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE / antibacterial / lpxc / gram negative bacteria / MMP / hydrophobe
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3BX / IMIDAZOLE / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Olivier, N.B.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Synthesis, Structure, and SAR of Tetrahydropyran-Based LpxC Inhibitors.
著者: Murphy-Benenato, K.E. / Olivier, N. / Choy, A. / Ross, P.L. / Miller, M.D. / Thresher, J. / Gao, N. / Hale, M.R.
履歴
登録2014年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6756
ポリマ－30,9901
非ポリマー6865
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • MONOMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.865, 65.865, 133.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 30989.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: lpxC, envA, aq_1772 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O67648, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 382分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-3BX / N-hydroxy-4-[(4-{[4-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]ethynyl}phenoxy)methyl]tetrahydro-2H-pyran-4-carboxamide


分子量: 450.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N2O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Protein solution: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 0.1 mM ZnSO4, 5% glycerol, 1 mM inhibitor. Well solution: 15% PEG 550 MME, 15% PEG 20K, 50 mM Imidazole and 50 mM MES (Morpheus buffer 1) ...詳細: Protein solution: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 0.1 mM ZnSO4, 5% glycerol, 1 mM inhibitor. Well solution: 15% PEG 550 MME, 15% PEG 20K, 50 mM Imidazole and 50 mM MES (Morpheus buffer 1), pH 6.5, 2% 1,6-Hexanediol; 2% 1-Butanol 1,2-Propanediol (racemic); 2% 2-Propanol; 2% 1,4-Butanediol; 2% 1,3-Propanediol
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月16日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.246→133.282 Å / Num. all: 89070 / Num. obs: 89070 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 12.26 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 5.763 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 958795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.25-1.3110.80.5371.3137480127360.1760.5374.395.8
1.31-1.3910.80.3891.8130346121130.1280.3896.296.5
1.39-1.4911.10.2422.9127073114510.0790.2429.897.1
1.49-1.6110.80.1644.3116024107520.0550.16414.797.7
1.61-1.76110.118610933599030.0390.11820.998.3
1.76-1.9710.70.0887.99727190620.030.0882998.8
1.97-2.2710.60.079.78551380330.0240.0737.799.2
2.27-2.7910.30.06110.97001667900.0210.06142.599.6
2.79-3.9410.40.05211.45491752880.0180.05247.399.9
3.94-133.28210.50.04213.73082029420.0140.04250100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GO4

2go4


解像度: 1.25→35.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9677 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9646 / SU R Cruickshank DPI: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.038 / SU Rfree Blow DPI: 0.038 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.037
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1683 4427 5.02 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.1581 88205 97.87 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.8 Å2 / Biso mean: 18.21 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2485 Å20 Å20 Å2
2--1.2485 Å20 Å2
3----2.4969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.121 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→35.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 41 377 2559
Biso mean--18.94 34.84 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes358HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2323HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion289SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3102SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2323HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3147HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.87
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2009 319 5 %
Rwork0.1831 6066 -
all0.184 6385 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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