PDB-4u31: Sco GlgEI-V279S in Complex with maltose-C-phosphonate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u31

タイトル

Sco GlgEI-V279S in Complex with maltose-C-phosphonate

要素

Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitors Complex Maltose-C-phosphonate Maltosyl-transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.849 Å

データ登録者

Ronning, D.R. / Lindenberger, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis GlgE and complexes with non-covalent inhibitors.
著者: Lindenberger, J.J. / Kumar Veleti, S. / Wilson, B.N. / Sucheck, S.J. / Ronning, D.R.

履歴

登録	2014年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u31.cif.gz	303.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u31.ent.gz	241.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u31_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u31_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4u31_validation.xml.gz	59.9 KB	表示
CIF形式データ	4u31_validation.cif.gz	91.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u2yC 4u33C 4u3cC 4u2z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vt4-1 3zt7-1 4u2z-d 5vt4-2 4cn6-d 5lgv-d 5cvs-d 4u2y-d 3zss-1 5lgw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1

B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1

ヘテロ分子

154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.556, 113.556, 315.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1

分子量: 76394.547 Da / 分子数: 2 / 変異: V279S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(1S)-1,5-anhydro-1-(phosphonomethyl)-D-glucitol / alpha-maltose-c-phosphonate

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 420.304 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose-c-phosphonate

#3: 化合物

ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸

分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium citrate pH 7.0 and 10 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 175910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.66 Å² / Net I/σ(I): 37.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化

精密化

解像度: 1.849→42.685 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	2000	1.14 %
R_work	0.1643	173910	-
obs	0.1646	175910	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.67 Å² / B_iso mean: 24.4864 Å² / B_iso min: 9.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.849→42.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10276	0	100	1447	11823
B_iso mean	-	-	22.99	31.82	-
残基数	-	-	-	-	1297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	10767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.349	14730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.59	3933

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.849-1.8952	0.2242	141	0.1988	12264	12405
1.8952-1.9465	0.2088	140	0.1896	12213	12353
1.9465-2.0037	0.2134	141	0.1822	12300	12441
2.0037-2.0684	0.2221	143	0.181	12310	12453
2.0684-2.1423	0.2177	141	0.1721	12315	12456
2.1423-2.2281	0.2168	142	0.1731	12304	12446
2.2281-2.3295	0.2047	141	0.1714	12311	12452
2.3295-2.4523	0.2071	142	0.1738	12321	12463
2.4523-2.6059	0.2041	142	0.1737	12389	12531
2.6059-2.8071	0.2056	142	0.1757	12428	12570
2.8071-3.0895	0.1905	143	0.1792	12466	12609
3.0895-3.5364	0.2101	145	0.1711	12526	12671
3.5364-4.4547	0.1547	146	0.1402	12653	12799
4.4547-42.696	0.178	151	0.1388	13110	13261

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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