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万見
- PDB-4u1q: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u1q
タイトルCrystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase SibL in complex with 3HK and SAH
要素SibL
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosyl-L-methionine binding / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Acetylserotonin O-methyltransferase, dimerisation domain / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3DJ / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / SibL
類似検索 - 構成要素
生物種Streptosporangium sibiricum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.085 Å
データ登録者liu, J.S. / Chen, S.C. / Yang, C.S. / Huang, C.H. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science CouncilNSC100-2313-B-241-006 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase SibL in complex with 3HK and SAH
著者: liu, J.S. / Chen, S.C. / Yang, C.S. / Huang, C.H. / Chen, Y.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SibL
B: SibL
C: SibL
D: SibL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,13012
ポリマ－155,6954
非ポリマー2,4348
水17,925995
1
A: SibL
B: SibL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0656
ポリマ－77,8482
非ポリマー1,2174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
2
C: SibL
D: SibL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0656
ポリマ－77,8482
非ポリマー1,2174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.304, 112.783, 143.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
SibL


分子量: 38923.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptosporangium sibiricum (バクテリア)
遺伝子: sibL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0LTM6
#2: 化合物
ChemComp-3DJ / (2S)-2-amino-4-(2-amino-3-hydroxyphenyl)-4-oxobutanoic acid / 3-ヒドロキシ-L-キヌレニン


分子量: 224.213 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O4
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.085→30 Å / Num. obs: 89602 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.085→2.18 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.085→29.529 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 2000 2.23 %Random selection
Rwork0.1712 ---
obs0.1722 89509 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.085→29.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10556 0 168 995 11719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08615032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7173888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0853-2.13740.26791250.19625502X-RAY DIFFRACTION88
2.1374-2.19520.25141440.19656228X-RAY DIFFRACTION100
2.1952-2.25970.29621420.18716235X-RAY DIFFRACTION100
2.2597-2.33270.23311430.18046269X-RAY DIFFRACTION100
2.3327-2.4160.23331430.18086248X-RAY DIFFRACTION100
2.416-2.51270.21441430.17576288X-RAY DIFFRACTION100
2.5127-2.6270.2481440.17716273X-RAY DIFFRACTION100
2.627-2.76540.23211440.17956296X-RAY DIFFRACTION100
2.7654-2.93850.26051430.18716266X-RAY DIFFRACTION100
2.9385-3.16510.22861440.19466308X-RAY DIFFRACTION100
3.1651-3.48320.25241450.18426317X-RAY DIFFRACTION100
3.4832-3.98620.18291430.15786318X-RAY DIFFRACTION99
3.9862-5.01810.16881460.14226353X-RAY DIFFRACTION99
5.0181-29.53230.18521510.16816608X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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