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- PDB-4u1l: HLA class I micropolymorphisms determine peptide-HLA landscape an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u1l
タイトルHLA class I micropolymorphisms determine peptide-HLA landscape and dictate differential HIV-1 escape through identical epitopes
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-81 alpha chain
  • Protein Nef
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / HLA / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / host cell Golgi membrane / TAP binding ...symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host autophagy / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / host cell Golgi membrane / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / SH3 domain binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / virion component / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Protein Nef / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
Model detailsHLA-B8101 carrying RM9 peptide
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Sewell, A.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/H001085/1 英国
引用ジャーナル: Retrovirology / 年: 2015
タイトル: A molecular switch in immunodominant HIV-1-specific CD8 T-cell epitopes shapes differential HLA-restricted escape.
著者: Klverpris, H.N. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Carlson, J. / Beck, K. / Schauenburg, A.J. / Rizkallah, P.J. / Buus, S. / Sewell, A.K. / Goulder, P.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-81 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Protein Nef
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-81 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,65229
ポリマ－90,0666
非ポリマー1,58623
水5,873326
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-81 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,78213
ポリマ－45,0333
非ポリマー74910
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, B-81 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Protein Nef
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,87016
ポリマ－45,0333
非ポリマー83713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.020, 49.060, 107.840
Angle α, β, γ (deg.)91.130, 93.530, 95.700
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA0 - 2761 - 277
21PROPRODD0 - 2761 - 277
12METMETBB0 - 991 - 100
22METMETEE0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Chains A, B and C form one biological entity. A second copy in the a.u. is formed by chains D, E and F

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-81 alpha chain / B'DT / MHC class I antigen B*81


分子量: 32058.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q31610, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Protein Nef / RM9


分子量: 1095.360 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 69-77 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q90VG9, UniProt: P03407*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 349分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.0, 15% PEG 4000 and 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月30日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→53.8 Å / Num. obs: 56594 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 112351
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.06-2.1120.4072.3824141390.8110.36796.9
9.21-53.82.10.03812.512986230.9960.03397.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 42.04 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å53.8 Å
Translation2.5 Å53.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS0.1.16データ削減
Aimless2.1.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
GDAデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I4W

4i4w


解像度: 2.06→53.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2186 / WRfactor Rwork: 0.1781 / FOM work R set: 0.8439 / SU B: 6.193 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.1849 / SU Rfree: 0.1569 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2087 2874 5.1 %RANDOM
Rwork0.1727 53719 --
obs0.1746 56593 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.53 Å2 / Biso mean: 48.678 Å2 / Biso min: 8.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20.06 Å2-0.52 Å2
2---1.47 Å2-0.37 Å2
3---2.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→53.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6348 0 100 326 6774
Biso mean--44.64 37.57 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0196639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.9498979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.185313895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1325774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42323.278360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.116151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2231566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8552.9453102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8552.9453101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3144.3953874
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A144470.14
12D144470.14
21B57720.11
22E57720.11
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 231 -
Rwork0.236 3904 -
all-4135 -
obs--96.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02950.5751-0.29493.40370.76611.09050.00110.09240.0599-0.27110.013-0.0355-0.0394-0.0141-0.0140.03270.014-0.01860.03480.00970.2019-11.638620.215724.539
21.5799-0.96270.46491.3637-1.34686.35580.2281.011-0.3312-0.8495-0.19950.2134-0.0939-0.2767-0.02850.9899-0.1638-0.0181.0084-0.05030.3963-9.736326.7005-11.3236
34.50580.208-2.18432.3106-1.81364.6679-0.20840.5943-0.3399-0.7514-0.0373-0.60590.21020.37590.24570.4054-0.07020.18890.3718-0.09580.42055.368817.15133.3248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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