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- PDB-4u14: Structure of the M3 muscarinic acetylcholine receptor bound to th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u14
タイトルStructure of the M3 muscarinic acetylcholine receptor bound to the antagonist tiotropium crystallized with disulfide-stabilized T4 lysozyme (dsT4L)
要素Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helix / G protein-coupled receptors (GPCRs) / T4 lysozyme / fusion protein / chimera protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / saliva secretion / quaternary ammonium group binding / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / saliva secretion / quaternary ammonium group binding / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / G protein-coupled serotonin receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / G alpha (q) signalling events / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated ion channel signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / smooth muscle contraction / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / positive regulation of vasoconstriction / peptidoglycan catabolic process / basal plasma membrane / calcium-mediated signaling / postsynaptic density membrane / positive regulation of insulin secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HK / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Thorsen, T.S. / Matt, R.A. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
資金援助 米国, デンマーク, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08311806 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1223785 米国
Mathers Foundation 米国
Benzon Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Modified T4 Lysozyme Fusion Proteins Facilitate G Protein-Coupled Receptor Crystallogenesis.
著者: Thorsen, T.S. / Matt, R. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0772
ポリマ－52,6851
非ポリマー3931
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21790 Å2
2
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子

A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1554
ポリマ－105,3702
非ポリマー7852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area2400 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area41170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.952, 54.952, 348.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 52684.773 Da / 分子数: 1
断片: UNP P08483 residues 57-259, 482-563, P00720 residues 1-161
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Chrm3, Chrm-3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08483, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-0HK / (1R,2R,4S,5S,7S)-7-{[hydroxy(dithiophen-2-yl)acetyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane / Tiotropium / チオトロピウム


分子量: 392.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22NO4S2 / コメント: アンタゴニスト*YM
配列の詳細The fusion protein is a chimeric of M3 and T4: T4L lysozyme was inserted into a intracellular loop ...The fusion protein is a chimeric of M3 and T4: T4L lysozyme was inserted into a intracellular loop of the receptor. The fusion protein is made of M 3 ( residues 57-259) - T4L (residues 1001-1161)- M3 (residues 482-563). These two proteins were numbered separately in order to maintain original (UNP P08483 and P00720) numbering.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.1
詳細: 45% PEG 300, 110 mM ammonium sulfate, 113.5 mM lithium citrate, 100 mM Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月10日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.57→31.62 Å / Num. obs: 6315 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 99.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 19754
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.57-3.730.8271.16201.12589.3
3.7-3.843.20.6711.46331.0394.3
3.84-4.023.30.4821.96141.01691.2
4.02-4.233.10.3872.36311.17489.4
4.23-4.493.10.27736051.18691.5
4.5-4.843.20.2293.36331.26690.6
4.84-5.333.20.1834.66221.2589.5
5.33-6.083.20.22546491.38789.5
6.1-7.663.10.1356.36341.07187.1
7.66-31.622.90.06611.86741.12893.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.57→31.62 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3253 320 5.07 %Random selection
Rwork0.2723 ---
obs0.2751 6315 89.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.57→31.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3416 0 26 0 3442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5614835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2121231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.018569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.57-4.49440.34641540.29012950X-RAY DIFFRACTION91
4.4944-31.62580.31371660.26213045X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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