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- PDB-4u0z: Eukaryotic Fic Domain containing protein with bound APCPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0z
タイトルEukaryotic Fic Domain containing protein with bound APCPP
要素Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
キーワードTRANSFERASE / TPR / FIC / APCPP / adenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / AMPylase activity / protein adenylylation / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / protein adenylyltransferase / negative regulation of GTPase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / response to unfolded protein / Hsp70 protein binding ...protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / AMPylase activity / protein adenylylation / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / protein adenylyltransferase / negative regulation of GTPase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / response to unfolded protein / Hsp70 protein binding / response to endoplasmic reticulum stress / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. ...Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Protein adenylyltransferase FICD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Cole, A.R. / Bunney, T.D. / Katan, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the human, FIC-domain containing protein HYPE and implications for its functions.
著者: Bunney, T.D. / Cole, A.R. / Broncel, M. / Esposito, D. / Tate, E.W. / Katan, M.
履歴
登録2014年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
B: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
C: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
D: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
E: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
F: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
G: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
H: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,62224
ポリマ－316,3868
非ポリマー4,23616
水14,700816
1
G: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子

A: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
手法PISA
2
A: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子

G: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area3740 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area30120 Å2
手法PISA
3
B: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
H: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30370 Å2
手法PISA
4
E: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子

C: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
手法PISA
5
C: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子

E: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30840 Å2
手法PISA
6
F: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子

D: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
手法PISA
7
D: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子

F: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1566
ポリマ－79,0972
非ポリマー1,0594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.100, 83.754, 130.023
Angle α, β, γ (deg.)89.92, 89.57, 89.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Adenosine monophosphate-protein transferase FICD / AMPylator FICD / FIC domain-containing protein / Huntingtin yeast partner E / Huntingtin- ...AMPylator FICD / FIC domain-containing protein / Huntingtin yeast partner E / Huntingtin-interacting protein 13 / HIP-13 / Huntingtin-interacting protein E


分子量: 39548.273 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 102-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FICD, HIP13, HYPE, UNQ3041/PRO9857 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BVA6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 200mM Na K Tartrate, 100mM Bis-Tris Propane 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→43.34 Å / Num. obs: 65073 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 55.82 Å2 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3cuc

3cuc


解像度: 2.95→43.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8842 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8616 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.418
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 3307 5.08 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2082 65073 95.02 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1178 Å22.6388 Å21.8468 Å2
2---26.9335 Å2-3.9114 Å2
3---16.8157 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20256 0 1072 816 22144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120963HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1128555HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7118SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes469HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3173HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20963HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2843SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24240SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 112 4.67 %
Rwork0.2316 2285 -
all0.2338 2397 -
obs--95.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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