PDB-4u04: Structure of a eukaryotic fic domain containing protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u04

タイトル

Structure of a eukaryotic fic domain containing protein

要素

Adenosine monophosphate-protein transferase FICD

キーワード

TRANSFERASE / Adenylation / TPR / FIC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein deadenylylation / protein adenylylhydrolase activity / AMPylase activity / protein adenylylation / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / protein adenylyltransferase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / negative regulation of GTPase activity / response to unfolded protein / Hsp70 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Cole, A.R. / Bunney, T.D. / Katan, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the human, FIC-domain containing protein HYPE and implications for its functions.
著者: Bunney, T.D. / Cole, A.R. / Broncel, M. / Esposito, D. / Tate, E.W. / Katan, M.

履歴

登録	2014年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u04.cif.gz	267.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u04.ent.gz	218.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u04_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u04_full_validation.pdf.gz	471 KB	表示
XML形式データ	4u04_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	4u04_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/4u04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/4u04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u07C 4u0sC 4u0uC 4u0zC 3cucS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i7h-1 4u0z-7 4u0s-d 3rfu-4 6mno-d 4z7u-2 4u07-d 6mng-d 4ifc-d 4u0z-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD

B: Adenosine monophosphate-protein transferase FICD

ヘテロ分子

79.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.186, 76.809, 93.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Adenosine monophosphate-protein transferase FICD / HYPE / AMPylator FICD / FIC domain-containing protein / Huntingtin yeast partner E / Huntingtin- ...HYPE / AMPylator FICD / FIC domain-containing protein / Huntingtin yeast partner E / Huntingtin-interacting protein 13 / HIP-13 / Huntingtin-interacting protein E 分子量: 39548.273 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 102-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FICD, HIP13, HYPE, UNQ3041/PRO9857 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9BVA6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 200mM Na K Tartrate, 100mM Bis-Tris Propane 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月29日
放射	モノクロメーター: double xtal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→47.193 Å / Num. all: 33248 / Num. obs: 33248 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 71.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.854 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3cuc

3cuc

解像度: 2.48→43.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9089 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.332 / SU R_free Blow DPI: 0.234

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2448	1688	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2179	-	-	-
obs	0.2193	33248	97.62 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.839 Å²	0 Å²	-22.3955 Å²
2-	-	4.6129 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.7739 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.509 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.48→43.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9775	0	36	158	9969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	9940	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.97	17898	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2175	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		114	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1531	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9940	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.5
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.53
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		699	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10759	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.48→2.56 Å / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3012	100	4.34 %
R_work	0.2573	2204	-
all	0.2591	2304	-
obs	-	-	97.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.2623	0.692	0.7082	0.9223	-2.718	2.6683	0.0076	-0.0705	-0.033	0.0029	-0.0045	-0.0293	0.0324	0.0003	-0.0031	0.2587	0.088	0.0978	-0.1678	0.184	-0.0633	-38.6568	-9.0736	22.2322
2	2.644	-1.4298	-1.1981	2.919	1.329	0.8547	-0.0665	0.02	-0.046	0.084	0.0297	0.0663	0.1986	-0.1801	0.0368	0.1547	-0.0375	0.2612	-0.2081	0.0755	-0.0458	-43.1024	-4.989	10.2455
3	0.8853	-1.1527	-0.2802	1.0749	2.3914	1.9984	-0.0415	0.0596	0.0579	0.0598	0.0007	0.1237	-0.1421	0.0335	0.0408	0.003	0.0257	0.0672	-0.1896	0.0588	0.0724	-33.3533	8.1514	-0.665
4	4.1436	-1.7639	-0.095	3.1917	0.2097	4.026	-0.0983	-0.1779	0.1101	0.1102	-0.0356	-0.0587	0.0819	0.0397	0.134	-0.0369	0.1007	-0.168	-0.0812	-0.127	0.017	-2.842	-10.2938	-4.7924
5	5.2571	-1.5023	-1.9622	4.4828	2.2384	2.0316	-0.1594	0.2942	0.0994	-0.1017	0.1003	-0.1519	0.1758	0.2277	0.0591	-0.0164	-0.0736	0.0903	-0.1989	0.0028	-0.0919	-11.6897	-13.5345	-17.021
6	2.5943	-1.2313	-1.4524	7.0491	1.6265	3.6271	-0.3815	0.215	-0.1115	0.1251	0.1289	0.5998	0.2043	-0.1772	0.2526	-0.1573	-0.0054	-0.1049	-0.1422	0.0279	-0.1651	-24.913	-8.1418	-8.6615
7	0.4544	0.8584	-0.6594	0.9161	-0.467	0.0297	0.0001	0.0143	0.038	0.0441	-0.0078	-0.0319	-0.0107	0.1092	0.0077	0.0322	-0.1147	0.1392	0.0018	-0.0726	0.0451	37.5312	-35.8314	-46.6368
8	1.99	-0.2583	-3.3921	6.6415	1.9976	4.8016	-0.1082	0.1619	0.4031	0.1206	0.0897	0.0203	-0.0497	0.1034	0.0185	0.1551	-0.1504	0.3016	-0.301	0.0747	-0.1562	25.6846	-39.694	-51.4281
9	2.4668	-1.8259	-2.3846	5.2519	2.4507	-0.8346	0.0168	0.132	-0.0569	0.0687	-0.0264	0.0185	0.0867	-0.0259	0.0097	0.1622	0.0239	0.283	-0.304	-0.0119	-0.0981	14.7515	-52.4141	-41.439
10	0.6193	0.1594	-0.6468	0.146	-0.1969	0.0999	-0.0006	-0.0254	0.0154	0.0133	0.0016	0.0015	-0.0255	-0.0132	-0.001	0.0228	-0.0228	0.0462	-0.0213	-0.0103	0.0895	6.324	-52.209	-16.4367
11	2.6922	0.5166	-0.0309	4.4654	-2.6409	1.2433	-0.0442	-0.0491	-0.0454	0.1102	0.0486	-0.2487	0.143	0.0246	-0.0044	0.1579	0.152	0.1278	-0.2189	0.024	-0.1132	7.6073	-31.2171	-12.189
12	1.6881	-2.1263	-0.0308	2.4714	1.7806	2.9907	-0.1734	-0.1479	-0.0941	0.1198	0.0316	0.0187	0.2105	-0.1854	0.1418	0.1571	-0.0149	0.2723	-0.2477	0.0444	-0.0784	-4.436	-30.237	-22.4223
13	3.0248	-2.8488	-1.5312	5.6947	0.8195	3.824	-0.1479	0.1094	-0.0124	-0.3017	-0.0046	-0.1573	0.2999	-0.1824	0.1524	0.123	-0.06	0.2911	-0.304	-0.0118	-0.1596	5.4148	-35.7037	-34.2722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|108 - A\|136 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|137 - A\|177 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|178 - A\|207 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|222 - A\|255 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|256 - A\|308 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|309 - A\|433 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|108 - B\|135 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|136 - B\|179 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|180 - B\|203 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|204 - B\|222 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|223 - B\|255 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|256 - B\|308 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|309 - B\|434 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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