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- PDB-4tzh: Structure of Leptospira interrogans LRR protein LIC12234 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzh
タイトルStructure of Leptospira interrogans LRR protein LIC12234
要素LIC12234
キーワードUNKNOWN FUNCTION / LRR PROTEIN / PATHOGEN / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Leucine rich repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Shepard, W. / Saul, F.A. / Haouz, A. / Picardeau, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of a novel subfamily of leucine-rich repeat proteins from the human pathogen Leptospira interrogans.
著者: Miras, I. / Saul, F. / Nowakowski, M. / Weber, P. / Haouz, A. / Shepard, W. / Picardeau, M.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIC12234
B: LIC12234
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,56420
ポリマ－43,5922
非ポリマー97218
水8,089449
1
A: LIC12234
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,34210
ポリマ－21,7961
非ポリマー5469
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LIC12234
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,22210
ポリマ－21,7961
非ポリマー4269
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.450, 65.560, 59.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LIC12234


分子量: 21796.080 Da / 分子数: 2 / 変異: M49L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: LIC_12234 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q72Q78*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG-8K, 200mM zinc acetate, 100mM cacodylate / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月8日
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→41.44 Å / Num. obs: 78102 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.39→1.46 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.39→41.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9667 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9618 / SU R Cruickshank DPI: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.06 / SU Rfree Blow DPI: 0.061 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 3951 5.06 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1706 78067 94.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1958 Å20 Å2-1.853 Å2
2---1.7833 Å20 Å2
3---1.9791 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.39→41.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3177 0 30 449 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013251HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.184441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1275SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes464HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3251HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion457SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4256SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.39→1.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 233 5.09 %
Rwork0.2552 4347 -
all0.2563 4580 -
obs--94.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05190.07670.44920.765-0.04442.1603-0.0355-0.08420.05270.0026-0.01180.086-0.0536-0.2570.0474-0.071-0.00820.0073-0.0488-0.0167-0.041339.582111.629623.6854
20.99710.17080.3510.4332-0.20852.1769-0.05380.1576-0.0039-0.05540.017-0.00830.0230.20860.0368-0.061-0.00490.017-0.0255-0.003-0.051150.801311.44062.4424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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