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万見
- PDB-4tz7: Crystal structure of type I phosphatidylinositol 4-phosphate 5-ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tz7
タイトルCrystal structure of type I phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase alpha from Zebrafish
要素Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
キーワードTRANSFERASE / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / lipid kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hu, J. / Qin, Y. / Wang, J. / Li, L. / Wu, D. / Ha, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Resolution of structure of PIP5K1A reveals molecular mechanism for its regulation by dimerization and dishevelled.
著者: Hu, J. / Yuan, Q. / Kang, X. / Qin, Y. / Li, L. / Ha, Y. / Wu, D.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8691
ポリマ－44,8691
非ポリマー00
水00
1
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha

A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7392
ポリマ－89,7392
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area29670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.946, 88.946, 157.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha / Uncharacterized protein


分子量: 44869.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-431 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: pip5k1aa, pip5k1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q503I3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 8877 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.6 % / Net I/σ(I): 30.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.31→33.309 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 39.925 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26766 982 10 %RANDOM
Rwork0.20664 ---
obs0.21261 8877 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å20 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.31→33.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 0 0 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9673174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82834790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7615299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.34523.235102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.59215350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2487.2741208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.257.2721207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7810.8981503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.77810.8991504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9827.6321135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9797.6331136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.911.2861671
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.7658.5562639
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.76858.5062634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.31→3.395 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 76 -
Rwork0.254 609 -
obs--96.07 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9591 Å / Origin y: 111.0543 Å / Origin z: 19.1663 Å
111213212223313233
T0.197 Å2-0.2104 Å20.0292 Å2-0.4903 Å2-0.1515 Å2--0.1093 Å2
L5.0059 °2-2.4547 °20.2379 °2-3.0252 °20.7286 °2--3.787 °2
S-0.0216 Å °-1.0528 Å °0.3421 Å °0.4723 Å °0.1137 Å °-0.3245 Å °-0.0169 Å °-0.1481 Å °-0.0922 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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