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万見
- PDB-4tz3: Ensemble refinement of the E502A variant of sacteLam55A from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tz3
タイトルEnsemble refinement of the E502A variant of sacteLam55A from Streptomyces sp. SirexAA-E in complex with laminaritetraose
要素Putative secreted protein
キーワードHYDROLASE / exo-beta-1 / 3-glucanase / beta-1 / GH55 / laminaritetraose / secreted / biomass degradation
機能・相同性glucan 1,3-beta-glucosidase / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / Pectin lyase fold / extracellular region / beta-D-glucopyranose / Exo-beta-1,3-glucanase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Yik, E.J. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-07ER64494 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Active site and laminarin binding in glycoside hydrolase family 55.
著者: Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Deutsch, S. / Udell, H.S. / Yik, E.J. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9176
ポリマ－58,8841
非ポリマー1,0335
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.276, 100.210, 54.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
モデル数25

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要素

#1: タンパク質 Putative secreted protein


分子量: 58884.359 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-605 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
遺伝子: SACTE_4363 / プラスミド: PVP67K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2NFJ9
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, and 0.010 M MOPS pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (22% PEG 3350, 50mM NaCH02, and 100mM BTP pH 6.5). Cryoprotected with 22% ...詳細: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, and 0.010 M MOPS pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (22% PEG 3350, 50mM NaCH02, and 100mM BTP pH 6.5). Cryoprotected with 22% PEG 3350, 50mM NaCH02, 25mM laminaritetraose, 100mM BTP pH 6.5 and 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.9 % / 数: 191860 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 0.91 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 49764 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.885010.0410.2963.9
3.884.8810.0450.3934
3.393.8810.0610.6614
3.083.3910.0820.9414
2.863.0810.0910.9174
2.692.8610.1141.0773.9
2.552.6910.1281.0763.9
2.442.5510.1451.1153.9
2.352.4410.1621.143.9
2.272.3510.1691.1253.8
2.22.2710.1921.0983.8
2.132.210.2091.133.8
2.082.1310.2291.0673.8
2.032.0810.2511.0563.8
1.982.0310.2790.9983.8
1.941.9810.3210.9473.7
1.91.9410.3580.8983.8
1.861.910.4150.8273.7
1.831.8610.4870.7563.7
1.81.8310.5650.713.7
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 49764 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 0.908 / Net I/av σ(I): 11.767 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 191860
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.833.70.56524650.7198.9
1.83-1.863.70.48724820.75698.6
1.86-1.93.70.41524510.82798.7
1.9-1.943.80.35824700.89898.4
1.94-1.983.70.32124730.94799.2
1.98-2.033.80.27924630.99899.1
2.03-2.083.80.25125001.05699
2.08-2.133.80.22924521.06798.9
2.13-2.23.80.20924781.1399.2
2.2-2.273.80.19224631.09898.7
2.27-2.353.80.16925101.12598.9
2.35-2.443.90.16224641.1499
2.44-2.553.90.14524881.11599.4
2.55-2.693.90.12824861.07699
2.69-2.863.90.11425071.07799.4
2.86-3.0840.09124860.917100
3.08-3.3940.08225240.941100
3.39-3.8840.06125350.661100
3.88-4.8840.04525110.39399.7
4.88-503.90.04125560.29699.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.ensemble_refinement: 1.9_1692)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PEW

4pew


解像度: 1.9→28.332 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 14.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1513 1989 5.02 %
Rwork0.1131 37643 -
obs0.1151 39632 93.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso min: 99999 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→28.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4167 0 0 0 4167
残基数----0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94760.19371030.11391838194165
1.9476-2.00020.1731060.11482172227875
2.0002-2.05910.18521290.11212411254084
2.0591-2.12550.19661380.11122603274191
2.1255-2.20150.16431580.10842757291596
2.2015-2.28960.16891480.10762794294298
2.2896-2.39370.151410.09752842298399
2.3937-2.51990.15271550.09482870302599
2.5199-2.67760.16311470.09552861300899
2.6776-2.88420.14461570.102228793036100
2.8842-3.17410.15281500.110528753025100
3.1741-3.63260.15191510.110429083059100
3.6326-4.57350.11661490.115628963045100
4.5735-28.33510.15021570.143129373094100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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