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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lfq | |||||||||
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Title | Pyrococcus RNA ligase | |||||||||
![]() |
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![]() | LIGASE/DNA / RNA repair / LIGASE / LIGASE-DNA complex | |||||||||
Function / homology | ![]() RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / manganese ion binding / endonuclease activity ...RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / : / tRNA-splicing ligase complex / GMP binding / RNA ligase (ATP) activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / manganese ion binding / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / GTP binding / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goldgur, Y. / Shuman, S. / Banerjee, A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of 3'-PO 4 /5'-OH RNA ligase RtcB in complex with a 5'-OH oligonucleotide. Authors: Banerjee, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 254.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 168.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 460.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4dwrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 55801.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 Gene: rtcB, PH1602 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: DNA chain | Mass: 1784.204 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-K / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.05 Å3/Da / Density % sol: 69.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: Morpheus G6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 26802 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 67.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 293064 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4DWR Resolution: 2.7→47.87 Å / SU ML: 0.3218 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.1111 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→47.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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