ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XDSデータスケーリング XSCALEデータスケーリング PHASER位相決定 PDB_EXTRACT3.14 データ抽出 ARPモデル構築 PHENIX(phenix.refine: dev_1738)精密化 CNS精密化
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.6→33.752 Å / SU ML : 0.13 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.36 / 位相誤差 : 17.17 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1862 1909 5.23 % Random selection Rwork 0.1585 34570 - - obs 0.16 36479 99.57 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 58.02 Å2 / Biso mean : 19.8652 Å2 / Biso min : 6.41 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.6→33.752 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1743 0 4 296 2043 Biso mean - - 16.06 34.72 - 残基数 - - - - 218
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.007 1886 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.022 2580 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.042 291 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.005 326 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d13.559 685
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 14
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.6-1.64 0.2301 127 0.2047 2450 2577 100 1.64-1.6844 0.2322 136 0.1892 2420 2556 100 1.6844-1.7339 0.2223 144 0.1768 2456 2600 100 1.7339-1.7899 0.1832 121 0.1641 2444 2565 100 1.7899-1.8539 0.178 122 0.1616 2455 2577 100 1.8539-1.9281 0.1743 134 0.1541 2446 2580 100 1.9281-2.0158 0.1685 121 0.1535 2460 2581 100 2.0158-2.1221 0.2078 146 0.1489 2468 2614 100 2.1221-2.255 0.1722 147 0.1561 2444 2591 100 2.255-2.4291 0.1826 161 0.1614 2449 2610 100 2.4291-2.6734 0.2169 147 0.1669 2480 2627 100 2.6734-3.0601 0.2025 140 0.164 2469 2609 99 3.0601-3.8545 0.1645 120 0.1434 2539 2659 99 3.8545-33.7596 0.1699 143 0.1543 2590 2733 97
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 9) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.5553 0.0931 -0.1667 0.6812 -0.5854 1.6265 0.0731 0.1115 -0.0242 -0.1415 -0.1002 -0.1698 0.0849 0.1029 -0.0013 0.1178 0.048 0.0508 0.103 0.0331 0.1468 -38.0208 28.1925 21.3668 2 1.307 -0.0788 0.3478 1.8147 -1.1733 1.9499 0.0481 0.0501 0.022 -0.0213 -0.0804 -0.0155 -0.1406 -0.0689 0.0157 0.111 0.0458 0.0303 0.1081 0.0194 0.09 -46.0205 35.7389 26.8474 3 0.9792 0.7846 -0.7749 1.0019 0.3493 3.0971 0.1876 0.1825 -0.1034 0.121 0.0576 -0.323 -0.0047 0.1927 -0.109 0.2048 0.1118 0.0455 0.2745 0.0719 0.2513 -42.357 46.2155 8.7329 4 1.9435 0.1331 -0.3396 1.5826 0.2916 4.9737 0.1003 0.0302 0.2655 0.0331 -0.0995 -0.1346 -0.2955 -0.081 -0.0326 0.1353 0.0537 0.0463 0.1107 0.0421 0.1261 -42.8186 40.3643 21.2454 5 2.8917 0.1989 -0.1555 4.4048 -0.8175 4.362 0.1962 0.4519 -0.1922 -0.1457 -0.0294 0.2949 -0.1934 -0.527 -0.1217 0.1066 0.0591 -0.0006 0.1349 -0.011 0.1731 -51.8006 33.6645 18.0462 6 0.9536 0.686 0.0482 1.1873 0.2318 1.6199 -0.0026 -0.0817 0.0335 0.1238 0.0056 0.1199 -0.0068 -0.1597 0.0009 0.0773 0.0079 0.0373 0.0974 -0.0112 0.0949 -20.5116 28.9399 0.0366 7 0.4118 -0.7192 -0.2944 1.4376 1.0853 1.9425 -0.1626 0.0196 -0.115 0.1726 0.0511 0.2585 0.1701 -0.2993 0.1243 0.2039 -0.0265 0.0586 0.2435 -0.0655 0.1563 -15.602 45.0387 13.8562 8 3.6375 0.0941 -1.7276 3.0338 -0.6643 6.5507 0.15 0.0405 0.2707 -0.0114 0.0164 0.2357 -0.449 -0.0995 -0.1127 0.1277 0.0019 0.031 0.1165 -0.0567 0.1076 -16.4509 39.4064 1.4319 9 3.306 0.0346 0.1305 5.1977 0.4825 3.2379 0.0995 -0.3657 -0.3366 0.1427 -0.0783 -0.4071 -0.1884 0.3625 -0.0774 0.0811 -0.0205 -0.0166 0.0993 -0.0039 0.149 -8.1943 31.3704 4.3779
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 621 through 673 )A0 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 674 through 687 )A0 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 688 through 697 )A0 4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'A' and (resid 698 through 715 )A0 5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'A' and (resid 716 through 729 )A0 6 X-RAY DIFFRACTION 6 chain 'B' and (resid 621 through 687 )B0 7 X-RAY DIFFRACTION 7 chain 'B' and (resid 688 through 697 )B0 8 X-RAY DIFFRACTION 8 chain 'B' and (resid 698 through 715 )B0 9 X-RAY DIFFRACTION 9 chain 'B' and (resid 716 through 729 )B0